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万見
- PDB-7plr: Crystal structure of the N-terminal endonuclease domain of La Cro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7plr
タイトルCrystal structure of the N-terminal endonuclease domain of La Crosse virus L-protein bound to compound Baloxavir
要素RNA-directed RNA polymerase L
キーワードTRANSFERASE / complex / inhibitor / endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, orthobunyavirus / : / Virus, RNA-directed RNA polymerase L, thumb ring domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Baloxavir acid / FORMIC ACID / : / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Bunyavirus La Crosse (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Feracci, M. / Hernandez, S. / Vincentelli, R. / Ferron, F. / Reguera, J. / Canard, B. / Alvarez, K.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-ASTR-0010-01, PaNuVi フランス
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Biophysical and structural study of La Crosse virus endonuclease inhibition for the development of new antiviral options.
著者: Feracci, M. / Hernandez, S. / Garlatti, L. / Mondielli, C. / Vincentelli, R. / Canard, B. / Reguera, J. / Ferron, F. / Alvarez, K.
履歴
登録2021年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: RNA-directed RNA polymerase L
BBB: RNA-directed RNA polymerase L
DDD: RNA-directed RNA polymerase L
GGG: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,16622
ポリマ－86,8904
非ポリマー2,27618
水1,13563
1
AAA: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5558
ポリマ－21,7231
非ポリマー8327
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8874
ポリマ－21,7231
非ポリマー1653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
DDD: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3625
ポリマ－21,7231
非ポリマー6394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
GGG: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3625
ポリマ－21,7231
非ポリマー6394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.738, 124.738, 295.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11DDD-322-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBDDDGGG

#1: タンパク質
RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 21722.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bunyavirus La Crosse (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5HC98, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-E4Z / Baloxavir acid


分子量: 483.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H19F2N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 3.4M Sodium Formate 0.1M Tris - HCl pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→108.03 Å / Num. obs: 40890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.69 Å / 冗長度: 39.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1987 / CC1/2: 0.912 / Rpim(I) all: 0.19 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia20.6.475-g7ac7bb6b-dials-2.2データ削減
DIALS2.2.10-g6dafd9427-releaseデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OA4

7oa4


解像度: 2.64→108.026 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.181 / SU B: 9.949 / SU ML: 0.201 / Average fsc free: 0.9069 / Average fsc work: 0.9178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.277 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2539 2041 5.003 %
Rwork0.2136 38758 -
all0.216 --
obs-40799 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 55.557 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.811 Å20.406 Å20 Å2
2--0.811 Å2-0 Å2
3----2.632 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→108.026 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6132 0 130 63 6325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0136464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2041.6498811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0891.58413865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5035748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.30722.778396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.438151103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7581545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1580.25480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.23148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.070.23107
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1380.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1260.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2750.213
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0560.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6485.8242971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6485.8252972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6878.7293711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6868.7313712
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.726.0343493
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7186.0333492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8538.9995095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8538.9995096
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.60866.97079
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.59866.8737074
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc workWRfactor Rwork
2.64-2.7090.3371450.31228210.31329660.8180.8350.289
2.709-2.7830.3371340.28427270.28728610.8590.8820.254
2.783-2.8630.3251230.27726750.27927980.8710.8830.247
2.863-2.9510.2861200.26926040.26927240.8950.8940.234
2.951-3.0480.2931420.25825150.2626570.8950.9070.224
3.048-3.1550.2971310.26624090.26825400.880.890.231
3.155-3.2740.2731330.23923650.24124980.9130.9220.208
3.274-3.4080.2841040.24322650.24523690.8880.920.213
3.408-3.5590.2731250.2421890.24223140.9040.9160.213
3.559-3.7320.2711190.21420760.21721950.9160.9310.189
3.732-3.9340.2241080.20520050.20621130.9410.9390.18
3.934-4.1720.233960.18519040.18720000.9340.9490.161
4.172-4.460.241920.17317940.17718860.9410.960.153
4.46-4.8170.19860.16416760.16517620.9670.9670.144
4.817-5.2750.2421020.17815300.18216320.9570.9650.156
5.275-5.8960.265780.19614180.19914960.9340.9580.172
5.896-6.8050.228610.19512720.19713330.9390.9530.173
6.805-8.3260.246540.17911020.18211560.9470.9610.163
8.326-11.740.182470.1538710.1559180.9750.9790.149
11.74-108.0260.263410.2885410.2865820.9520.9290.283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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