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- PDB-7pln: Structure of the APCbeta domain of Plasmodium vivax perforin-like... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pln
タイトルStructure of the APCbeta domain of Plasmodium vivax perforin-like protein 1
要素Sporozoite micronemal protein essential for cell traversal, putative
キーワードCELL INVASION / Membrane binding domain / beta prism fold / APCbeta fold
機能・相同性membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Sporozoite micronemal protein essential for cell traversal, putative
機能・相同性情報
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Williams, S.I. / Ni, T. / Yu, X. / Gilbert, R.J.C.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011224/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N000331/1 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural, Functional and Computational Studies of Membrane Recognition by Plasmodium Perforin-Like Proteins 1 and 2
著者: Williams, S.I. / Yu, X. / Ni, T. / Gilbert, R.J. / Stansfeld, P.J.
履歴
登録2021年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sporozoite micronemal protein essential for cell traversal, putative
B: Sporozoite micronemal protein essential for cell traversal, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5692
ポリマ－59,5692
非ポリマー00
水00
1
A: Sporozoite micronemal protein essential for cell traversal, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7851
ポリマ－29,7851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sporozoite micronemal protein essential for cell traversal, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7851
ポリマ－29,7851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.740, 42.020, 87.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Sporozoite micronemal protein essential for cell traversal, putative


分子量: 29784.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PvPLP1 APCbeta domain polypeptide
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVC01_030012400, PVT01_030012800 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1G4H7E1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Tri-potassium citrate / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→63.01 Å / Num. obs: 9099 / % possible obs: 98.39 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 85.93 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1942 / Rpim(I) all: 0.04997 / Rrim(I) all: 0.291 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 3.15→3.263 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5668 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 790 / CC1/2: 0.695 / CC star: 0.906 / Rpim(I) all: 0.371 / % possible all: 84.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 5OUO

5ouo


解像度: 3.15→63.01 Å / SU ML: 0.4818 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.1208
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 431 4.74 %
Rwork0.2124 8666 -
obs0.2153 9097 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 84.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→63.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3684 0 0 0 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01183765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42495111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6432504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.610.3661440.27162741X-RAY DIFFRACTION95.18
3.61-4.540.29241540.21752897X-RAY DIFFRACTION99.97
4.54-63.010.22191330.19133028X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.900807212513 Å / Origin y: 14.6180109927 Å / Origin z: -22.3290329102 Å
111213212223313233
T0.634846333779 Å20.0381663839748 Å20.038724018269 Å2-0.477106230195 Å20.0298981180081 Å2--0.434494369935 Å2
L7.39433767734 °21.17560137353 °20.851209045819 °2-1.29549029403 °20.167835677462 °2--1.45389810242 °2
S-0.0701087670743 Å °0.224732404878 Å °0.00202032609607 Å °0.0137284401838 Å °0.026121134769 Å °-0.0672149559488 Å °-0.00397353481644 Å °-0.17621267296 Å °0.0730034015582 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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