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万見
- PDB-7pll: Structure of the murine cortactin C-SH3 domain in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pll
タイトルStructure of the murine cortactin C-SH3 domain in complex with a Pyk2 proline-rich ligand
要素
  • Pyk2-PRR2 peptide
  • Src substrate cortactin
キーワードCELL INVASION / SH3 domain / cortactin / Pyk2 / signaling / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


lamellipodium organization / site of polarized growth / Arp2/3 complex binding / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / modification of postsynaptic structure / mitotic spindle midzone / regulation of cell projection assembly / regulation of mitophagy / profilin binding / postsynaptic actin cytoskeleton ...lamellipodium organization / site of polarized growth / Arp2/3 complex binding / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / modification of postsynaptic structure / mitotic spindle midzone / regulation of cell projection assembly / regulation of mitophagy / profilin binding / postsynaptic actin cytoskeleton / positive regulation of smooth muscle contraction / regulation of actin filament polymerization / positive regulation of chemotaxis / substrate-dependent cell migration, cell extension / focal adhesion assembly / podosome / proline-rich region binding / dendritic spine maintenance / regulation of axon extension / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of actin filament polymerization / cortical cytoskeleton / neuron projection morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway / clathrin-coated pit / voltage-gated potassium channel complex / ruffle / receptor-mediated endocytosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / actin filament / cell motility / intracellular protein transport / actin filament binding / cell junction / cell migration / lamellipodium / cell cortex / actin cytoskeleton organization / postsynapse / dendritic spine / focal adhesion / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hs1/Cortactin / Cortactin, SH3 domain / Repeat in HS1/Cortactin / Cortactin repeat profile. / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Src substrate cortactin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Sokolik, C.G. / Samson, A.O. / Gil-Henn, H. / Chill, J.H.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation964/19 イスラエル
引用
ジャーナル: Oncogene / 年: 2023
タイトル: A novel Pyk2-derived peptide inhibits invadopodia-mediated breast cancer metastasis.
著者: Twafra, S. / Sokolik, C.G. / Sneh, T. / Srikanth, K.D. / Meirson, T. / Genna, A. / Chill, J.H. / Gil-Henn, H.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: A novel Pyk2-derived peptide inhibits invadopodia-mediated breast cancer metastasis
著者: Twafra, S. / Sokolik, C.G. / Sneh, T. / Srikanth, K.D. / Meirson, T. / Genna, A. / Chill, J.H. / Gil-Henn, H.
履歴
登録2021年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Src substrate cortactin
B: Pyk2-PRR2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9972
ポリマ－8,9972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1080 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5560 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Src substrate cortactin


分子量: 6802.532 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain, UNP Residues 490-546 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: murine sequence of cortactin SH3 domain / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cttn, Ems1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60598
#2: タンパク質・ペプチド Pyk2-PRR2 peptide


分子量: 2194.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-1H TOCSY
123isotropic12D 1H-1H NOESY
133isotropic11H-15N HSQC
143isotropic13D HN(CA)CB
155isotropic12D 1H-1H TOCSY
165isotropic12D 1H-1H NOESY
175isotropic12D 1H-1H COSY
185isotropic13D 12C13C filtered-edited NOESY
193isotropic12D 1H-1H TOCSY
1103isotropic12D 1H-1H NOESY
1116isotropic12D 1H-1H TOCSY
1126isotropic12D 1H-1H NOESY
1134isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution30.8 mM cortactin C-terminal SH3 domain, 0.8 mM Pyk2-PRR2 peptide, 30 mM sodium phosphate, 0.01 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2Ounlabeled SH3 in complex with PRR2complex_393% H2O/7% D2O
solution40.5 mM Pyk2-PRR2 peptide, 30 mM sodium phosphate, 0.01 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2Ounlabeled PRR2peptide_only93% H2O/7% D2O
solution50.8 mM 2H,13C,15N cortactin C-terminal SH3 domain, 0.8 mM Pyk2-PRR2 peptide, 30 mM sodium phosphate, 0.01 % w/v sodium azide, 100% D2ODCN-SH3 in complex with PRR2complex_1_D2O100% D2O
solution60.8 mM cortactin C-terminal SH3 domain, 0.8 mM Pyk2-PRR2 peptide, 30 mM sodium phosphate, 0.01 % w/v sodium azide, 100% D2Ounlabeled SH3 in complex with PRR2complex_3_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMcortactin C-terminal SH3 domainnone3
0.8 mMPyk2-PRR2 peptidenone3
30 mMsodium phosphatenone3
0.01 % w/vsodium azidenone3
0.5 mMPyk2-PRR2 peptidenone4
30 mMsodium phosphatenone4
0.01 % w/vsodium azidenone4
0.8 mMcortactin C-terminal SH3 domain2H,13C,15N5
0.8 mMPyk2-PRR2 peptidenone5
30 mMsodium phosphatenone5
0.01 % w/vsodium azidenone5
0.8 mMcortactin C-terminal SH3 domainnone6
0.8 mMPyk2-PRR2 peptidenone6
30 mMsodium phosphatenone6
0.01 % w/vsodium azidenone6
試料状態イオン強度: 123 mM / Ionic strength err: 2 / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0 / 温度: 296 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX700 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX700 / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
TALOS+Shen, Grishaev, Baxstructure calculation
TopSpin3.6.1Bruker Biospinchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TopSpin3.6.1Bruker Biospinpeak picking
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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