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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pl7 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast Otu2 OTU domain | ||||||||||||
要素 | OTU domain-containing protein 2 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / deubiquitination / translation (翻訳 (生物学)) / 40S ribosomal subunit (リボソーム) | ||||||||||||
機能・相同性 | : / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / protein metabolic process / Papain-like cysteine peptidase superfamily / cysteine-type deubiquitinase activity / 細胞質 / OTU domain-containing protein 2 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ivic, N. / Cheng, J. / Becker, T. / Ikeuchi, K. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of yeast Otu2 OTU domain 著者: Ikeuchi, K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pl7.cif.gz | 81.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pl7.ent.gz | 60.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pl7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7pl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7pl7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4bouS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19449.162 Da / 分子数: 1 / 変異: C178S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: OTU2, YHL013C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38747 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M KSCN 0.1 M BisTris propane pH 6.5 20% PEG 3350 20% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日 / 詳細: Si(111) monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.59→42.772 Å / Num. obs: 11976 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.091 % / Biso Wilson estimate: 62.783 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 0.808 / Net I/σ(I): 13.95 / Num. measured all: 84923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BOU 解像度: 2.6→42.772 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.09 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.99 Å2 / Biso mean: 74.6578 Å2 / Biso min: 31.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→42.772 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 10.4451 Å / Origin y: 31.7461 Å / Origin z: 56.3871 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 148 through 307) |