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- PDB-7pkw: Crystal structure of VIRB8-like OrfG central and C-terminal domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pkw
タイトルCrystal structure of VIRB8-like OrfG central and C-terminal domains of Streptococcus thermophilus ICESt3 (Gram positive conjugative type IV secretion system).
要素Putative transfer protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / VirB8-like protein / Type IV secretion system / T4SS
機能・相同性Conjugative transposon protein TcpC / TcpC, C-terminal / Conjugative transposon protein TcpC / membrane / Putative transfer protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.835 Å
データ登録者Favier, F. / Didierjean, C. / Cappele, J. / Douzi, B. / Leblond-Bourget, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of VIRB8-like OrfG central and C-terminal domains of Streptococcus thermophilus ICESt3 (Gram positive conjugative type IV secretion system).
著者: Favier, F. / Didierjean, C. / Cappele, J. / Douzi, B. / Leblond-Bourget, N.
#1: ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of OrfG: The VirB8-like Component of the Conjugative Type IV Secretion System of ICE
著者: Cappele, J. / Mohamad Ali, A. / Leblond-Bourget, N. / Mathiot, S. / Dhalleine, T. / Payot, S. / Savko, M. / Didierjean, C. / Favier, F. / Douzi, B.
履歴
登録2021年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1644
ポリマ－30,8841
非ポリマー2803
水3,855214
1
A: Putative transfer protein
ヘテロ分子

A: Putative transfer protein
ヘテロ分子

A: Putative transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,49312
ポリマ－92,6533
非ポリマー8419
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z+1/2,-x+3/2,-y+11
crystal symmetry operation12_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
Buried area13870 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area36900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.920, 124.920, 124.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Space group name HallP4bd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+3/4,z+1/4,-y+1/4
#4: z+3/4,y+1/4,-x+1/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+3/4,x+1/4,-z+1/4
#20: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-714-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative transfer protein


分子量: 30884.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
プラスミド: PLYSS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70CA4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, 1.26 M; cacodylate buffer pH 6.5, 100 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.835→50 Å / Num. obs: 29698 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 77.4 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 48.17
反射 シェル解像度: 1.835→1.95 Å / 冗長度: 77 % / Mean I/σ(I) obs: 4.62 / Num. unique obs: 4676 / CC1/2: 0.9448 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.0.078精密化
XDS20190315データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP7.0.078位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6zgn, 3ub1

6zgn

3ub1


解像度: 1.835→44.17 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21469 1485 5 %random
Rwork0.18322 ---
obs0.18477 28213 99.89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.835→44.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1967 0 17 214 2198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01562177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.71232962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2748801
LS精密化 シェル解像度: 1.835→1.883 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 105 5 %
Rwork0.339 2020 -
obs--98.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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