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- PDB-7pka: Synechocystis sp. PCC6803 glutathione transferase Chi 1, GSOH bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pka
タイトルSynechocystis sp. PCC6803 glutathione transferase Chi 1, GSOH bound
要素Glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / Glutathione transferase / glutathione / cyanobacteria / chi class
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione binding / glutathione transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-Hydroxy-Glutathione / : / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Didierjean, C. / Mocchetti, E. / Hecker, A. / Favier, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and functions of glutathione transferase Chi 1 from cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
著者: Mocchetti, E. / Hecker, A. / Mathiot, S. / Favier, F. / Cassier-Chauvat, C. / Chauvat, F. / Didierjean, C.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase
B: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6195
ポリマ－42,9332
非ポリマー6863
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.613, 92.613, 193.561
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase


分子量: 21466.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: gst / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55139
#2: 化合物 ChemComp-GS8 / S-Hydroxy-Glutathione


分子量: 323.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O7S
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: Protein solution: 44 mg/mL protein, 12 mM GSH, 30mM Tris pH 8, 200 mM NaCl; Reservoir solution: 16% (w/v) PEG 8000, 40 mM Potassium phosphate monobasic 2, 20% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980111 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980111 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→48.39 Å / Num. obs: 45994 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 26.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.023 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 25.3 % / Rmerge(I) obs: 1.749 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3829 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.343 / Χ2: 0.93 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSVERSION Jan 31, 2020データ削減
AimlessVersion 0.7.4データスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LSZ

3lsz


解像度: 2.16→31.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 2275 -RANDOM
Rwork0.2159 ---
obs0.2167 45898 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.1517 Å20 Å20 Å2
2---12.1517 Å20 Å2
3---24.3035 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→31.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 43 304 3209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083068HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.954178HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1034SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes516HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3068HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion396SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2716SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.31
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.18 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3936 45 -
Rwork0.3247 --
obs0.328 918 90.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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