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万見
- PDB-7pk5: Phosphodiesterase PdeL (EAL domain of crystals comprising full-le... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pk5
タイトルPhosphodiesterase PdeL (EAL domain of crystals comprising full-length protein)
要素Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeL
キーワードHYDROLASE / c-di-GMP / phosphodiesterase / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase / regulation of single-species biofilm formation / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon ...: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Fadel, J. / Schirmer, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphodiesterase PdeL (EAL domain of crystals comprising full-length protein)
著者: Schirmer, T. / Fadel, F.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeL
D: Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeL
B: Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeL
C: Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,6794
ポリマ－166,6794
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area42020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.408, 170.209, 93.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeL


分子量: 41669.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: pdeL, yahA, b0315, JW0307 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P21514, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Tris 7.5 8 % w/v PEG 20,000 8 % v/v PEG 500 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→48.41 Å / Num. obs: 16934 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 120886 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
4.4-4.927.30.8073520148010.8850.3180.8682.299.8
9.84-48.417.10.0461111115670.9990.0190.0532.799

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.4 Å48.41 Å
Translation4.4 Å48.41 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4lyk

4lyk


解像度: 4.4→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.829 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.703 / SU B: 0.023 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.184 / ESU R Free: 1.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3972 838 5 %RANDOM
Rwork0.3731 ---
obs0.3743 15989 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 186.58 Å2 / Biso mean: 112.145 Å2 / Biso min: 73.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å26.34 Å2
2---21.94 Å2-0 Å2
3---20.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7888 0 0 0 7888
残基数----1012
LS精密化 シェル解像度: 4.4→4.511 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 82 -
Rwork0.395 1119 -
all-1201 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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