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- PDB-7pjk: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pjk
タイトルCereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with a benzotriazole analog of thalidomide
要素Cereblon isoform 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / THALIDOMIDE ANALOGUES
機能・相同性CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / (3S)-3-(benzotriazol-2-yl)piperidine-2,6-dione / Cereblon isoform 4
機能・相同性情報
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Heim, C. / Hartmann, M.D. / Maiwald, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2022
タイトル: Replacing the phthalimide core in thalidomide with benzotriazole.
著者: Krasavin, M. / Bubyrev, A. / Kazantsev, A. / Heim, C. / Maiwald, S. / Zhukovsky, D. / Dar'in, D. / Hartmann, M.D. / Bunev, A.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cereblon isoform 4
B: Cereblon isoform 4
C: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7678
ポリマ－41,1113
非ポリマー6575
水1,08160
1
A: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9993
ポリマ－13,7041
非ポリマー2962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9993
ポリマ－13,7041
非ポリマー2962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7692
ポリマ－13,7041
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.779, 59.435, 88.189
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 19 - 123 / Label seq-ID: 20 - 124

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Cereblon isoform 4


分子量: 13703.577 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)
遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-7SE / (3S)-3-(benzotriazol-2-yl)piperidine-2,6-dione


分子量: 230.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M (NH4)2HPO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→35.44 Å / Num. obs: 21052 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.99→2.11 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 1.81 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 3305 / CC1/2: 0.583 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4v2y

4v2y


解像度: 1.99→35.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 10.789 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2544 1049 5 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2107 20002 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.06 Å2 / Biso mean: 51.966 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.12 Å2-0 Å20 Å2
2--1.64 Å2-0 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→35.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2059 0 37 60 2156
Biso mean--48.1 55.89 -
残基数----265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0132186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3051.6362955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1261.5764491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5655265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.64620.088114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.98415319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2051517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02588
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3065 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.041 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 70 -
Rwork0.313 1411 -
obs--96.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.20280.58681.37952.45431.54155.57590.02290.1089-0.2982-0.05560.01620.12780.12020.0545-0.03910.04260.0187-0.02210.0175-0.02540.059419.27317.672.12
23.3996-1.82780.03124.468-0.72732.9766-0.013-0.0888-0.04730.09720.0152-0.1018-0.00580.189-0.00220.086-0.00880.00380.0155-0.00010.006232.0217.65123.891
32.94651.93941.50766.53161.78274.19170.0027-0.013-0.37610.2543-0.26680.94180.463-1.00060.26410.3225-0.1060.15330.4504-0.11810.492432.096-3.468-6.265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 123
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 202
3X-RAY DIFFRACTION2B19 - 123
4X-RAY DIFFRACTION2B201 - 202
5X-RAY DIFFRACTION3C19 - 123
6X-RAY DIFFRACTION3C201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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