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万見
- PDB-7pjj: Structure of the Family-3 Glycosyl Hydrolase BcpE2 from Streptomy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pjj
タイトルStructure of the Family-3 Glycosyl Hydrolase BcpE2 from Streptomyces scabies
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Versatile Beta-glucosidase / O-heteroside hydrolase / Genetic compensation
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily ...Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces scabiei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.086 Å
データ登録者Jadot, C. / Herman, R. / Deflandre, B. / Rigali, S. / Kerff, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Structure and Function of BcpE2, the Most Promiscuous GH3-Family Glucose Scavenging Beta-Glucosidase.
著者: Deflandre, B. / Jadot, C. / Planckaert, S. / Thiebaut, N. / Stulanovic, N. / Herman, R. / Devreese, B. / Kerff, F. / Rigali, S.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structure and function of BcpE2, the most promiscuous GH3-family beta-glucosidase for scavenging glucose from heterosides
著者: Deflandre, B. / Jadot, C. / Planckaert, S. / Thiebaut, N. / Stulanovic, N. / Herman, R. / Devreese, B. / Kerff, F. / Rigali, S.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4092
ポリマ－88,3171
非ポリマー921
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area310 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area28980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.62, 109.62, 164.18
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase / carbohydrate hydrolase


分子量: 88316.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces scabiei (strain 87.22) (バクテリア)
株: 87.22 / 遺伝子: SCAB_64101 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: C9ZDY4, beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: methylpentane-2,4-dio (MDP) 45%, 0.1M TrisHCl pH 8.5, 0.2M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.086→47.5 Å / Num. obs: 21414 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.273 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.086→3.27 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 2.22 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3286 / CC1/2: 0.301 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I3G

4i3g


解像度: 3.086→47.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.428
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2702 1071 -RANDOM
Rwork0.2228 ---
obs0.2252 21414 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 90.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.1889 Å20 Å20 Å2
2---8.1889 Å20 Å2
3---16.3778 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.086→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5904 0 6 8 5918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00911852HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg121412HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3515SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1907HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6035HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion808SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9094SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.63
LS精密化 シェル解像度: 3.09→3.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3772 21 -
Rwork0.3843 --
obs0.384 429 77.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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