+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pji | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa guaB (IMP dehydrogenase) bound to ATP and GDP at 1.65A resolution | ||||||
![]() | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / IMP dehydrogenase / guaB | ||||||
機能・相同性 | ![]() IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fernandez-Justel, D. / Buey, R.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Diversity of mechanisms to control bacterial GTP homeostasis by the mutually exclusive binding of adenine and guanine nucleotides to IMP dehydrogenase. 著者: Fernandez-Justel, D. / Marcos-Alcalde, I. / Abascal, F. / Vidana, N. / Gomez-Puertas, P. / Jimenez, A. / Revuelta, J.L. / Buey, R.M. #1: ![]() タイトル: Unexpected diversity of ferredoxin-dependent thioredoxin reductases in cyanobacteria. 著者: Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Gonzalez-Holgado, G. / Martinez-Julvez, M. / Gonzalez-Lopez, A. / Velazquez-Campoy, A. / Medina, M. / Buchanan, B.B. / Balsera, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 555.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 403.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pmzC ![]() 4avfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 52049.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: guaB, CAZ10_17565, CGU42_10690, CSB93_2499, DT376_00630, DY940_09800, DZ962_03005, E4V10_03770, ECC04_008545, F7O94_09425, H2O03_23015, HW05_11140, IPC1164_08420, IPC116_03070, IPC1295_ ...遺伝子: guaB, CAZ10_17565, CGU42_10690, CSB93_2499, DT376_00630, DY940_09800, DZ962_03005, E4V10_03770, ECC04_008545, F7O94_09425, H2O03_23015, HW05_11140, IPC1164_08420, IPC116_03070, IPC1295_13460, IPC1298_02025, IPC1323_03035, IPC1481_30840, IPC1505_09885, IPC1509_02385, IPC151_02390, IPC36_21115, IPC582_15390, IPC620_11170, IPC737_18950, IPC90_16110, NCTC12924_06429, NCTC13621_00582, NCTC13628_01024, PA52Ts2_5150, PAMH19_1311, RW109_RW109_02018 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 7種, 660分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/IMP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/IMP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ACT / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Condition D11 of the commercial screening Morpheus (Gorrec, 2009): 0.02M Sodium formate; 0.02M Ammonium acetate; 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.02M Potassium sodium tartrate ...詳細: Condition D11 of the commercial screening Morpheus (Gorrec, 2009): 0.02M Sodium formate; 0.02M Ammonium acetate; 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.02M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.02M Sodium oxamate, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350 in 0.1M of the buffer system Tris (base), bicine, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000008 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50.7 Å / Num. obs: 84861 / % possible obs: 67.8 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 25.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 13.18 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.76 / Mean I/σ(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 4228 / CC1/2: 0.287 / CC star: 0.668 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 1.827 / % possible all: 7.09 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4AVF 解像度: 1.65→50.7 Å / SU ML: 0.1407 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.44 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→50.7 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|