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- PDB-7pji: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa guaB (IMP dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pji
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa guaB (IMP dehydrogenase) bound to ATP and GDP at 1.65A resolution
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / IMP dehydrogenase / guaB
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / INOSINIC ACID / : / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Fernandez-Justel, D. / Buey, R.M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-109671GB-I00 スペイン
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Diversity of mechanisms to control bacterial GTP homeostasis by the mutually exclusive binding of adenine and guanine nucleotides to IMP dehydrogenase.
著者: Fernandez-Justel, D. / Marcos-Alcalde, I. / Abascal, F. / Vidana, N. / Gomez-Puertas, P. / Jimenez, A. / Revuelta, J.L. / Buey, R.M.
#1: ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2021
タイトル: Unexpected diversity of ferredoxin-dependent thioredoxin reductases in cyanobacteria.
著者: Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Gonzalez-Holgado, G. / Martinez-Julvez, M. / Gonzalez-Lopez, A. / Velazquez-Campoy, A. / Medina, M. / Buchanan, B.B. / Balsera, M.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,05916
ポリマ－104,0992
非ポリマー2,96014
水11,638646
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,23864
ポリマ－416,3978
非ポリマー11,84156
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_444x-1/2,y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation6_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_544-y+1/2,x-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation8_454y-1/2,-x+1/2,z-1/21
Buried area62850 Å2
ΔGint-446 kcal/mol
Surface area123540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.947, 120.947, 145.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 52049.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: guaB, CAZ10_17565, CGU42_10690, CSB93_2499, DT376_00630, DY940_09800, DZ962_03005, E4V10_03770, ECC04_008545, F7O94_09425, H2O03_23015, HW05_11140, IPC1164_08420, IPC116_03070, IPC1295_ ...遺伝子: guaB, CAZ10_17565, CGU42_10690, CSB93_2499, DT376_00630, DY940_09800, DZ962_03005, E4V10_03770, ECC04_008545, F7O94_09425, H2O03_23015, HW05_11140, IPC1164_08420, IPC116_03070, IPC1295_13460, IPC1298_02025, IPC1323_03035, IPC1481_30840, IPC1505_09885, IPC1509_02385, IPC151_02390, IPC36_21115, IPC582_15390, IPC620_11170, IPC737_18950, IPC90_16110, NCTC12924_06429, NCTC13621_00582, NCTC13628_01024, PA52Ts2_5150, PAMH19_1311, RW109_RW109_02018
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q6I8, IMP dehydrogenase

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非ポリマー , 7種, 660分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Condition D11 of the commercial screening Morpheus (Gorrec, 2009): 0.02M Sodium formate; 0.02M Ammonium acetate; 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.02M Potassium sodium tartrate ...詳細: Condition D11 of the commercial screening Morpheus (Gorrec, 2009): 0.02M Sodium formate; 0.02M Ammonium acetate; 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.02M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.02M Sodium oxamate, 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350 in 0.1M of the buffer system Tris (base), bicine, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.000008 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50.7 Å / Num. obs: 84861 / % possible obs: 67.8 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 25.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 13.18
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.76 / Mean I/σ(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 4228 / CC1/2: 0.287 / CC star: 0.668 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 1.827 / % possible all: 7.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3689精密化
PHENIXdev_3689精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AVF

4avf


解像度: 1.65→50.7 Å / SU ML: 0.1407 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.44
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 4286 5.06 %
Rwork0.1723 80342 -
obs0.1734 84628 67.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→50.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6416 0 184 647 7247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00686693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04599100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05791092
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.43682406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.670.316640.246540X-RAY DIFFRACTION1.09
1.67-1.690.3808100.2264205X-RAY DIFFRACTION5.13
1.69-1.710.214300.2602591X-RAY DIFFRACTION15.03
1.71-1.730.3249610.26841015X-RAY DIFFRACTION25.88
1.73-1.750.3049620.2441183X-RAY DIFFRACTION29.9
1.75-1.780.3363610.23711438X-RAY DIFFRACTION35.94
1.78-1.80.2514800.24071512X-RAY DIFFRACTION38.86
1.8-1.830.2415860.23631691X-RAY DIFFRACTION43.11
1.83-1.860.24111140.22631861X-RAY DIFFRACTION47.07
1.86-1.890.27431060.2251976X-RAY DIFFRACTION50.76
1.89-1.920.22011250.22182155X-RAY DIFFRACTION55.09
1.92-1.960.22721110.22512330X-RAY DIFFRACTION58.82
1.96-20.25391170.21152511X-RAY DIFFRACTION63.23
2-2.040.23191560.19642748X-RAY DIFFRACTION69.64
2.04-2.080.22681800.19352897X-RAY DIFFRACTION73.79
2.08-2.130.24231500.18753079X-RAY DIFFRACTION77.88
2.13-2.180.2391710.18123169X-RAY DIFFRACTION80.77
2.18-2.240.24031700.1843339X-RAY DIFFRACTION83.97
2.24-2.310.19171690.1813451X-RAY DIFFRACTION87.55
2.31-2.380.20771990.17753642X-RAY DIFFRACTION91.71
2.38-2.470.21012000.18063826X-RAY DIFFRACTION96.92
2.47-2.570.19682230.18183922X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.680.1981990.17793986X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.820.21412170.17553931X-RAY DIFFRACTION100
2.82-30.20562350.183949X-RAY DIFFRACTION99.98
3-3.230.20752080.17393947X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.560.18762270.15863963X-RAY DIFFRACTION100
3.56-4.070.15732200.14423938X-RAY DIFFRACTION100
4.07-5.130.14242170.13513998X-RAY DIFFRACTION99.98
5.13-50.70.20151780.18684049X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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