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- PDB-7pjd: The X-ray structure of juvenile hormone diol kinase from the silk... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pjd
タイトルThe X-ray structure of juvenile hormone diol kinase from the silk worm Bombyx mori.
要素Juvenile hormone diol kinase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand / calcium binding / kinase / juvenile hormone metabolism. METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Juvenile hormone diol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Guo, J. / Cooper, J. / Keegan, R.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: The X-ray structure of juvenile hormone diol kinase from the silkworm Bombyx mori.
著者: Guo, J. / Keegan, R.M. / Rigden, D.J. / Erskine, P.T. / Wood, S.P. / Li, S. / Cooper, J.B.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Juvenile hormone diol kinase
B: Juvenile hormone diol kinase
C: Juvenile hormone diol kinase
D: Juvenile hormone diol kinase
E: Juvenile hormone diol kinase
F: Juvenile hormone diol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,79224
ポリマ－125,0716
非ポリマー72118
水8,053447
1
A: Juvenile hormone diol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9654
ポリマ－20,8451
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Juvenile hormone diol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9654
ポリマ－20,8451
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Juvenile hormone diol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9654
ポリマ－20,8451
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Juvenile hormone diol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9654
ポリマ－20,8451
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Juvenile hormone diol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9654
ポリマ－20,8451
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Juvenile hormone diol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9654
ポリマ－20,8451
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.640, 79.430, 100.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Juvenile hormone diol kinase


分子量: 20845.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: JHDK / プラスミド: pET16b
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q6URH4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein concentration: 10mg/ml in 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 with 25 % (v/v) PEG 3350 as precipitant. The protein was dialysed against 1mM Ca2+ in phosphate-buffered saline before crystallisation.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50.59 Å / Num. obs: 71164 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.99-2.046.91.5933617552370.6450.651.7221.399.9
8.9-50.596.60.02956078480.9990.0120.03149.199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5f6t, 4ndd

5f6t

4ndd


解像度: 1.99→50.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 14.517 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 3471 4.9 %RANDOM
Rwork0.1904 ---
obs0.1932 67669 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.58 Å2 / Biso mean: 41.702 Å2 / Biso min: 26.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20.73 Å2
2--0.78 Å2-0 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→50.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8733 0 18 447 9198
Biso mean--39.3 45.23 -
残基数----1092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0139046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0188259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.62512260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4291.59419130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12251109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.74125.42476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19151559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0331518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0210442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022070
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.042 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 256 -
Rwork0.357 4973 -
all-5229 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5472-0.2127-0.69051.29920.06593.18140.09890.07440.09480.0056-0.12570.0159-0.1341-0.09840.02670.0773-0.0157-0.05550.0368-0.00520.282126.9067-15.285330.7511
22.9957-0.07511.06482.10890.85751.79750.064-0.06630.04210.1048-0.05380.00490.0602-0.0261-0.01020.0803-0.0117-0.03970.00640.02470.2354-5.1481-21.534529.2845
33.03990.87680.3743.56050.77441.29320.1193-0.1222-0.16360.2053-0.1339-0.06450.08590.05240.01460.1244-0.0142-0.01040.03630.04910.2492-2.32511.7993.2141
41.7099-0.6118-0.52832.34270.05712.21630.02430.29970.0274-0.2558-0.04930.1776-0.0582-0.21740.0250.1204-0.0114-0.07290.0997-0.00240.360629.88835.87413.0117
52.22010.31990.96412.2737-0.4811.9813-0.08270.0484-0.19910.1034-0.0716-0.0050.29980.04870.15420.14810.0407-0.00830.0716-0.04240.346815.655925.561836.3422
62.6596-0.1171.84191.86240.11282.5405-0.1338-0.0778-0.06120.0083-0.0261-0.02010.11990.07110.15990.13960.0076-0.01340.0540.02540.325749.250622.723432.6324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 303
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 303
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 303
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 303
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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