PDB-7pi1: Bacillus subtilis PabB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pi1

タイトル

Bacillus subtilis PabB

要素

Aminodeoxychorismate synthase component 1

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

aminodeoxychorismate synthase / 4-amino-4-deoxychorismate synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.729 Å

データ登録者

Rooms, L.D. / Race, P.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Bacillus subtilis PabB, component 1.
著者: Rooms, L.D. / Race, P.R. / Devine, A. / Willis, C.L. / Back, C.R. / Burton, N. / Sudol, A.

履歴

登録	2021年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pi1.cif.gz	689.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pi1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pi1_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pi1_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7pi1_validation.xml.gz	73.9 KB	表示
CIF形式データ	7pi1_validation.cif.gz	107.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/7pi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/7pi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Aminodeoxychorismate synthase component 1

BBB: Aminodeoxychorismate synthase component 1

CCC: Aminodeoxychorismate synthase component 1

DDD: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

223 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric after separation via size exclusion.
55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

DDD: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.084, 170.698, 224.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aminodeoxychorismate synthase component 1 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 1 分子量: 55464.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: pabB, pab, BSU00740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28820, aminodeoxychorismate synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.06 M magnesium chloride hexahydrate, 0.06 M calcium chloride dihydrate, 20 % v/v PEG 500 MME, 10 % w/v PEG 20000, 0.01 M tris (base); BICINE, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.729→51.08 Å / Num. obs: 206370 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.91 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 1.729→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 10035 / CC_1/2: 0.256

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Model used not yet deposited

解像度: 1.729→50.826 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.118

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	10342	5.014 %
R_work	0.1989	195901	-
all	0.201	-	-
obs	-	206243	99.891 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.435 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.044 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.054 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.729→50.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14629	0	64	1125	15818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	15075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	13809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.482	1.644	20372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.328	1.576	32096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.356	5	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.664	22.704	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.073	15	2633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.831	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	16898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	12348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	6979
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	6799
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.114	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.179	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.476	3.502	7331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.474	3.501	7330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.806	5.234	9138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.806	5.235	9139
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.39	3.985	7744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.39	3.983	7742
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.505	5.791	11226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.505	5.791	11226
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.631	41.255	16714
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.575	40.909	16448

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.729-1.774	0.388	761	0.374	14115	X-RAY DIFFRACTION	98.5818
1.774-1.822	0.376	728	0.368	14028	X-RAY DIFFRACTION	99.9932
1.822-1.875	0.362	697	0.361	13609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.875-1.933	0.349	689	0.349	13154	X-RAY DIFFRACTION	100
1.933-1.996	0.335	697	0.326	12803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.066	0.309	668	0.294	12426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.066-2.144	0.291	617	0.274	12029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.144-2.231	0.268	599	0.251	11573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.231-2.33	0.255	610	0.225	11078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.443	0.243	562	0.205	10598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.443-2.575	0.255	537	0.198	10113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.575-2.731	0.248	489	0.188	9576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.731-2.919	0.214	495	0.171	9026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.919-3.152	0.219	455	0.167	8426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.152-3.452	0.204	405	0.161	7804	X-RAY DIFFRACTION	100
3.452-3.857	0.197	387	0.15	7064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.857-4.449	0.175	298	0.133	6319	X-RAY DIFFRACTION	100
4.449-5.439	0.18	288	0.138	5377	X-RAY DIFFRACTION	100
5.439-7.648	0.217	229	0.182	4250	X-RAY DIFFRACTION	100
7.648-50.826	0.213	131	0.177	2533	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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