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- PDB-7pi0: Unstacked compact Dunaliella PSII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pi0
タイトルUnstacked compact Dunaliella PSII
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type ...) x 3
  • (Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic, ...) x 2
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Oxygen-evolving enhancer protein ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 14
  • Hypothetical protein
  • PSII 6.1 kDa protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / green algae / photosystem II / thylakoid / oxygen evolving complex / cryo-EM / stacking
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II ...oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / : / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 ...Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LPX / Chem-LUT / Chem-NEX / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / SPHINGOSINE / Chem-SQD / Chem-XAT / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Z / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Caspy, I. / Fadeeva, M. / Mazor, Y. / Nelson, N.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
Israel Science Foundation199/21 イスラエル
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structure of photosystem II reveals conformational flexibility of stacked and unstacked supercomplexes.
著者: Ido Caspy / Maria Fadeeva / Yuval Mazor / Nathan Nelson /
要旨: Photosystem II (PSII) generates an oxidant whose redox potential is high enough to enable water oxidation , a substrate so abundant that it assures a practically unlimited electron source for life on ...Photosystem II (PSII) generates an oxidant whose redox potential is high enough to enable water oxidation , a substrate so abundant that it assures a practically unlimited electron source for life on earth . Our knowledge on the mechanism of water photooxidation was greatly advanced by high-resolution structures of prokaryotic PSII . Here, we show high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of eukaryotic PSII from the green alga at two distinct conformations. The conformers are also present in stacked PSII, exhibiting flexibility that may be relevant to the grana formation in chloroplasts of the green lineage. CP29, one of PSII associated light-harvesting antennae, plays a major role in distinguishing the two conformations of the supercomplex. We also show that the stacked PSII dimer, a form suggested to support the organisation of thylakoid membranes , can appear in many different orientations providing a flexible stacking mechanism for the arrangement of grana stacks in thylakoids. Our findings provide a structural basis for the heterogenous nature of the eukaryotic PSII on multiple levels.
履歴
登録2021年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年12月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / em_imaging / em_software / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _em_imaging.nominal_cs / _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _software.version / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Ligand identity / 詳細: Changed water molecules as requested by reviewer / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 3.02024年9月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / em_3d_fitting_list / em_admin / em_software / entity / entity_name_com / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / refine / refine_ls_restr / software / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _refine.ls_d_res_high / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
V: Photosystem II reaction center protein Ycf12
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
P: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
T: Photosystem II reaction center protein T
W: PSII 6.1 kDa protein
X: Hypothetical protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
N: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 3, chloroplastic
G: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 2, chloroplastic
R: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic, CP29
S: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic, CP26
Y: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1, chloroplastic
U: Photosystem II extrinsic protein U
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
v: Photosystem II reaction center protein Ycf12
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
p: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
t: Photosystem II reaction center protein T
w: PSII 6.1 kDa protein
x: Hypothetical protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
n: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 3, chloroplastic
g: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 2, chloroplastic
r: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic, CP29
s: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic, CP26
y: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1, chloroplastic
u: Photosystem II extrinsic protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,088,679404
ポリマ－813,21350
非ポリマー275,466354
水31,0581724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Photosystem II ... , 14種, 28分子 AaBbVvCcDdHhIiJjKkLlMmTtZzUu

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 37291.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY08, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 53321.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRM6
#3: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3217.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY13
#4: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 49128.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXY3
#5: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 38965.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRK9, photosystem II
#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / PsbH


分子量: 7124.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRP3
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein / PsbI


分子量: 3929.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXX5
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J


分子量: 3737.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K / PsbK


分子量: 4159.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXX2
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L / PsbL


分子量: 4417.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY19
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M


分子量: 3307.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T / PsbT


分子量: 3478.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY04
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z / PsbZ


分子量: 6430.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXZ2
#25: タンパク質・ペプチド Photosystem II extrinsic protein U


分子量: 3219.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#6: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 8743.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY01
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 3549.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRP4

-
Oxygen-evolving enhancer protein ... , 2種, 4分子 OoPp

#14: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic


分子量: 25874.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#15: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic


分子量: 20425.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 WwXx

#17: タンパク質・ペプチド PSII 6.1 kDa protein


分子量: 4698.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#18: タンパク質・ペプチド Hypothetical protein


分子量: 2854.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)

-
Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type ... , 3種, 6分子 NnGgYy

#20: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 3, chloroplastic


分子量: 24075.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#21: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 2, chloroplastic


分子量: 23719.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#24: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1, chloroplastic


分子量: 23537.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)

-
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic, ... , 2種, 4分子 RrSs

#22: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic, CP29


分子量: 21163.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)
#23: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic, CP26


分子量: 26233.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし)

-
糖 , 2種, 10分子

#36: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#38: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

+
非ポリマー , 25種, 2068分子

#26: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#27: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#28: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#29: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#30: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#31: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#32: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#33: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#34: 化合物 ChemComp-C7Z / (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル


分子量: 568.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#35: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#37: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#39: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#40: 化合物
ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#41: 化合物
ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#42: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#43: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#44: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#45: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#46: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#47: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#48: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#49: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#50: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#51: 化合物 ChemComp-LPX / (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル


分子量: 453.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44NO7P
#52: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1724 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dunaliella salina Photosystem II complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 51.81 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 13586

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解析

CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 401467
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39357 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 6KAC

6kac


Accession code: 6KAC / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.43 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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