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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7phj | |||||||||
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タイトル | LpxC Inhibitors With Fluoroproline As A Novel Zinc-Binding Group Can Serve As A Novel Class of Antibiotic With Activity Against Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacteria | |||||||||
要素 | UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Elastase / Inhibitor / Fluoroproline / Zinc-Binding Group / Antibiotic / Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacteria | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / iron ion binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Ryan, M.D. / Pallin, T.D. / Lamers, M.B.A.C. / Leonard, P.M. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: LpxC Inhibitors With Fluoroproline As A Novel Zinc-Binding Group Can Serve As A Novel Class of Antibiotic With Activity Against Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacteria 著者: Ryan, M.D. / Pallin, T.D. / Mullins, T. / Blench, T. / Fraser, I. / Dallow, J. / Ahmed, N. / Ellwood, C. / Gaines, S. / Flores, J. / Blackwell, Y. / Garcia, C.T. / Spence, G. / Reeve, A. / ...著者: Ryan, M.D. / Pallin, T.D. / Mullins, T. / Blench, T. / Fraser, I. / Dallow, J. / Ahmed, N. / Ellwood, C. / Gaines, S. / Flores, J. / Blackwell, Y. / Garcia, C.T. / Spence, G. / Reeve, A. / Panchal, T. / Dominguez-Fernandez, B. / Leonard, P.M. / Lamers, M.B.A.C. / Arduin, A. / Fotinou, C. / Gancia, E. / Clark, D.E. / Bush, E. / Betts, J. / Richards, C. / Rea-Davies, T. / Keefe, A.D. / Zhang, Y. / Soutter, H.T. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Habeshian, S. / Hunt, A. / Sigel, E.A. / Troast, D.M. / DeJonge, B.L.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7phj.cif.gz | 75.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7phj.ent.gz | 54.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7phj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7phj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7phj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7phnC 7pj2C 7pjgC 7pk8C 7pkkC 7pkmC 7pzsC 7pzuC 7pzvC 7pzwC 7pzxC 7q01C 3p3gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33995.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: lpxC, asmB, envA, b0096, JW0094 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A725, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-7PX / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M Na citrate tribasic.2H2O, 0.1 M Tris pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→103.35 Å / Num. obs: 19366 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.55 Å / Num. unique obs: 2141 / CC1/2: 0.766 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3p3g 解像度: 2.45→76.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.546 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.305 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.45→76.12 Å
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拘束条件 |
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