PDB-7ph0: Structure of light-adapted AsLOV2 Q513L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ph0

タイトル

Structure of light-adapted AsLOV2 Q513L

要素

NPH1-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / flavin / light-oxygen-voltage / optogenetics / photoreceptor / phototropin

機能・相同性

機能・相同性情報

blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Avena sativa (エンバク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.979 Å

データ登録者

Gelfert, R. / Weyand, M. / Moeglich, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Signal transduction in light-oxygen-voltage receptors lacking the active-site glutamine.
著者: Dietler, J. / Gelfert, R. / Kaiser, J. / Borin, V. / Renzl, C. / Pilsl, S. / Ranzani, A.T. / Garcia de Fuentes, A. / Gleichmann, T. / Diensthuber, R.P. / Weyand, M. / Mayer, G. / Schapiro, I. / Moglich, A.

履歴

登録	2021年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ph0.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ph0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ph0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ph0_validation.pdf.gz	977.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ph0_full_validation.pdf.gz	980 KB	表示
XML形式データ	7ph0_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	7ph0_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7ph0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/7ph0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pgxC 7pgyC 7pgzC 2v0uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (6) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: NPH1-1

ヘテロ分子

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.280, 56.040, 66.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	NPH1-1 分子量: 16838.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Avena sativa (エンバク) / 遺伝子: NPH1-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CmpX13 / 参照: UniProt: O49003

-
非ポリマー , 6種, 225分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.979→42.925 Å / Num. obs: 76537 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 0.98→1.04 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 12003 / CC_1/2: 0.28 / % possible all: 7.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V0U

2v0u

解像度: 0.979→42.925 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.987 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.981 / WR_factor R_free: 0.134 / WR_factor R_work: 0.104 / SU B: 0.95 / SU ML: 0.021 / Average fsc free: 0.912 / Average fsc work: 0.917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1357	3827	5 %
R_work	0.1121	72710	-
all	0.113	-	-
obs	-	76537	99.633 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.415 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.306 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.979→42.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1185	0	62	217	1464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.036	1.666	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.509	1.592	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.951	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.683	22.5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.55	15	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.164	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.396	0.2	383
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.272	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.398	1.243	914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.399	1.237	911
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.874	1.86	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.873	1.86	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.392	1.543	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.392	1.546	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.792	2.21	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.791	2.213	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.369	15.24	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.26	14.536	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.666	3	3966

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
0.979-1.005	0.384	266	0.382	5064	0.382	5576	0.58	0.601	95.5882	0.387
1.005-1.032	0.301	273	0.323	5189	0.322	5470	0.685	0.695	99.8537	0.322
1.032-1.062	0.265	267	0.26	5057	0.261	5329	0.84	0.841	99.9062	0.246
1.062-1.095	0.237	257	0.214	4898	0.215	5159	0.897	0.903	99.9225	0.189
1.095-1.131	0.188	252	0.172	4773	0.173	5028	0.935	0.935	99.9403	0.142
1.131-1.17	0.15	243	0.144	4623	0.144	4868	0.956	0.957	99.9589	0.115
1.17-1.215	0.146	235	0.121	4478	0.123	4713	0.969	0.969	100	0.095
1.215-1.264	0.126	226	0.104	4289	0.105	4515	0.975	0.977	100	0.08
1.264-1.32	0.121	217	0.089	4117	0.091	4335	0.977	0.982	99.9769	0.069
1.32-1.385	0.108	208	0.076	3950	0.078	4160	0.983	0.987	99.9519	0.06
1.385-1.459	0.116	198	0.068	3766	0.071	3966	0.984	0.989	99.9496	0.056
1.459-1.548	0.105	188	0.063	3578	0.065	3766	0.986	0.991	100	0.054
1.548-1.655	0.097	177	0.064	3360	0.066	3538	0.988	0.992	99.9717	0.058
1.655-1.787	0.117	166	0.071	3142	0.073	3308	0.983	0.99	100	0.067
1.787-1.957	0.119	153	0.078	2923	0.08	3076	0.985	0.99	100	0.079
1.957-2.188	0.111	139	0.08	2624	0.082	2763	0.987	0.991	100	0.087
2.188-2.525	0.106	123	0.088	2348	0.089	2474	0.986	0.989	99.8787	0.103
2.525-3.09	0.129	105	0.106	2003	0.107	2108	0.983	0.985	100	0.127
3.09-4.358	0.118	84	0.105	1592	0.105	1678	0.985	0.988	99.8808	0.137
4.358-42.925	0.194	50	0.204	936	0.204	989	0.967	0.97	99.6967	0.307

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 6種, 225分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-非ポリマー , 6種, 225分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 6種, 225分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)