PDB-7pgz: Structure of dark-adapted AsLOV2 Q513L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pgz

タイトル

Structure of dark-adapted AsLOV2 Q513L

要素

NPH1-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / flavin / light-oxygen-voltage / optogenetics / photoreceptor / phototropin

機能・相同性

機能・相同性情報

blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Avena sativa (エンバク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.9 Å

データ登録者

Gelfert, R. / Weyand, M. / Moeglich, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Signal transduction in light-oxygen-voltage receptors lacking the active-site glutamine.
著者: Dietler, J. / Gelfert, R. / Kaiser, J. / Borin, V. / Renzl, C. / Pilsl, S. / Ranzani, A.T. / Garcia de Fuentes, A. / Gleichmann, T. / Diensthuber, R.P. / Weyand, M. / Mayer, G. / Schapiro, I. / Moglich, A.

履歴

登録	2021年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pgz.cif.gz	111.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pgz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/7pgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/7pgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pgxC 7pgyC 7ph0C 2v0uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (6) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: NPH1-1

ヘテロ分子

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.610, 54.550, 66.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	NPH1-1 分子量: 16838.037 Da / 分子数: 1 / 変異: Q513L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AsLOV2 Q513L / 由来: (組換発現) Avena sativa (エンバク) / 遺伝子: NPH1-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CmpX13 / 参照: UniProt: O49003

-
非ポリマー , 5種, 233分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.7999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月13日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.9→42.17 Å / Num. obs: 95419 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 0.9→0.95 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 15086 / CC_1/2: 0.371 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V0U

2v0u

解像度: 0.9→42.165 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / WR_factor R_free: 0.126 / WR_factor R_work: 0.102 / SU B: 0.683 / SU ML: 0.016 / Average fsc free: 0.9235 / Average fsc work: 0.9297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1393	4771	5 %
R_work	0.115	90644	-
all	0.116	-	-
obs	-	95415	98.934 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.258 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.337 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.127 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.9→42.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1185	0	119	215	1519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.987	1.663	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.479	1.595	4552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.119	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.134	23.305	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.158	15	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.693	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.34	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.024	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.31	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.863	0.776	858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.856	0.774	856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.071	1.171	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.07	1.172	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.718	1.06	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.719	1.059	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.947	1.486	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.946	1.486	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.41	10.5	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.243	9.925	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.278	3	3893

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
0.9-0.924	0.328	334	0.331	6357	0.331	7066	0.672	0.679	94.6929	0.33
0.924-0.949	0.288	342	0.284	6492	0.284	6855	0.779	0.792	99.6937	0.276
0.949-0.977	0.269	334	0.252	6342	0.253	6688	0.843	0.856	99.8206	0.237
0.977-1.007	0.247	324	0.219	6150	0.221	6509	0.884	0.895	99.4623	0.194
1.007-1.04	0.206	312	0.181	5942	0.182	6289	0.92	0.932	99.4435	0.153
1.04-1.076	0.165	305	0.146	5781	0.147	6136	0.955	0.958	99.1851	0.116
1.076-1.117	0.136	290	0.118	5517	0.119	5885	0.968	0.973	98.6746	0.092
1.117-1.162	0.121	276	0.104	5236	0.105	5706	0.975	0.979	96.6001	0.08
1.162-1.214	0.102	270	0.09	5148	0.09	5432	0.985	0.986	99.7423	0.069
1.214-1.273	0.106	261	0.083	4959	0.084	5221	0.984	0.987	99.9809	0.065
1.273-1.342	0.102	248	0.077	4712	0.078	4961	0.986	0.989	99.9798	0.061
1.342-1.423	0.11	237	0.071	4498	0.073	4736	0.984	0.99	99.9789	0.058
1.423-1.521	0.099	221	0.07	4203	0.071	4427	0.988	0.991	99.9322	0.058
1.521-1.643	0.1	208	0.069	3940	0.071	4152	0.988	0.991	99.9037	0.06
1.643-1.799	0.11	189	0.076	3594	0.078	3842	0.985	0.99	98.4643	0.069
1.799-2.011	0.11	167	0.085	3178	0.086	3475	0.984	0.989	96.259	0.083
2.011-2.322	0.112	155	0.085	2941	0.086	3106	0.987	0.989	99.678	0.089
2.322-2.841	0.134	131	0.098	2499	0.099	2630	0.98	0.986	100	0.107
2.841-4.009	0.113	105	0.112	1990	0.112	2095	0.985	0.985	100	0.132
4.009-42.165	0.232	62	0.188	1165	0.19	1232	0.958	0.962	99.5942	0.25

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