PDB-7pgy: Structure of light-adapted AsLOV2 wild type

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pgy

タイトル

Structure of light-adapted AsLOV2 wild type

要素

NPH1-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / flavin / light-oxygen-voltage / optogenetics / photoreceptor / phototropin

機能・相同性

機能・相同性情報

blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Avena sativa (エンバク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.09 Å

データ登録者

Gelfert, R. / Weyand, M. / Moeglich, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Signal transduction in light-oxygen-voltage receptors lacking the active-site glutamine.
著者: Dietler, J. / Gelfert, R. / Kaiser, J. / Borin, V. / Renzl, C. / Pilsl, S. / Ranzani, A.T. / Garcia de Fuentes, A. / Gleichmann, T. / Diensthuber, R.P. / Weyand, M. / Mayer, G. / Schapiro, I. / Moglich, A.

履歴

登録	2021年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pgy.cif.gz	111.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pgy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pgy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pgy_validation.pdf.gz	1002.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pgy_full_validation.pdf.gz	1002.6 KB	表示
XML形式データ	7pgy_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	7pgy_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/7pgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/7pgy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pgxC 7pgzC 7ph0C 2v0uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (6) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: NPH1-1

ヘテロ分子

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.610, 56.010, 66.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	NPH1-1 分子量: 16853.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Avena sativa (エンバク) / 遺伝子: NPH1-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CmpX13 / 参照: UniProt: O49003

-
非ポリマー , 7種, 210分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.09→42.845 Å / Num. obs: 55866 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.09→1.16 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. unique obs: 8789 / CC_1/2: 0.45 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2v0u

2v0u

解像度: 1.09→42.845 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.987 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / WR_factor R_free: 0.145 / WR_factor R_work: 0.107 / SU B: 2.085 / SU ML: 0.038 / Average fsc free: 0.8499 / Average fsc work: 0.8664 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1612	2100	3.759 %
R_work	0.1226	53766	-
all	0.124	-	-
obs	-	55866	99.217 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.033 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.553 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.451 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.09→42.845 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1186	0	89	195	1470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.821	1.668	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.447	1.595	4353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.121	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.19	22.661	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.813	15	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.137	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.29	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.199	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.103	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.108	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.073	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.599	1.332	868
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.499	1.323	864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.838	2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.837	2.001	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.531	1.653	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.535	1.653	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.687	2.362	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.687	2.361	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.214	16.519	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.002	15.814	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.023	3	3819

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.09-1.118	0.387	151	0.328	3869	0.33	4111	0.51	0.599	97.7864	0.323
1.118-1.149	0.281	148	0.299	3789	0.298	4009	0.549	0.594	98.204	0.288
1.149-1.182	0.254	143	0.269	3683	0.269	3881	0.701	0.718	98.5828	0.254
1.182-1.218	0.263	142	0.255	3619	0.255	3807	0.715	0.75	98.7917	0.236
1.218-1.258	0.265	136	0.226	3480	0.227	3658	0.832	0.827	98.8518	0.204
1.258-1.302	0.23	133	0.199	3413	0.2	3571	0.88	0.878	99.2999	0.172
1.302-1.352	0.197	128	0.174	3273	0.175	3418	0.903	0.9	99.5026	0.147
1.352-1.407	0.189	123	0.161	3164	0.162	3308	0.889	0.91	99.3652	0.13
1.407-1.469	0.17	120	0.124	3064	0.126	3197	0.948	0.951	99.5934	0.098
1.469-1.541	0.147	114	0.1	2911	0.102	3034	0.966	0.97	99.7034	0.077
1.541-1.624	0.143	109	0.08	2806	0.082	2921	0.97	0.981	99.7946	0.062
1.624-1.722	0.131	103	0.066	2634	0.069	2745	0.979	0.987	99.7086	0.053
1.722-1.841	0.129	98	0.067	2499	0.07	2601	0.978	0.988	99.8462	0.056
1.841-1.988	0.123	91	0.072	2335	0.074	2433	0.982	0.988	99.7123	0.065
1.988-2.178	0.108	84	0.071	2135	0.072	2225	0.986	0.991	99.7303	0.066
2.178-2.434	0.124	76	0.085	1966	0.086	2047	0.982	0.987	99.7557	0.085
2.434-2.809	0.122	69	0.09	1749	0.092	1825	0.981	0.986	99.6164	0.094
2.809-3.436	0.112	58	0.103	1483	0.103	1541	0.984	0.985	100	0.113
3.436-4.844	0.141	46	0.108	1188	0.109	1235	0.983	0.986	99.919	0.132
4.844-42.845	0.297	28	0.203	706	0.207	740	0.943	0.959	99.1892	0.251

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 7種, 210分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-非ポリマー , 7種, 210分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 7種, 210分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)