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万見
- PDB-7pgx: Structure of dark-adapted AsLOV2 wild type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pgx
タイトルStructure of dark-adapted AsLOV2 wild type
要素NPH1-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / flavin / light-oxygen-voltage / optogenetics / photoreceptor / phototropin
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Avena sativa (エンバク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.001 Å
データ登録者Gelfert, R. / Weyand, M. / Moeglich, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)MO2192/8-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Signal transduction in light-oxygen-voltage receptors lacking the active-site glutamine.
著者: Dietler, J. / Gelfert, R. / Kaiser, J. / Borin, V. / Renzl, C. / Pilsl, S. / Ranzani, A.T. / Garcia de Fuentes, A. / Gleichmann, T. / Diensthuber, R.P. / Weyand, M. / Mayer, G. / Schapiro, I. / Moglich, A.
履歴
登録2021年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: NPH1-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,70119
ポリマ－16,8531
非ポリマー1,84818
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.500, 56.420, 66.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 NPH1-1


分子量: 16853.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Avena sativa (エンバク) / 遺伝子: NPH1-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CmpX13 / 参照: UniProt: O49003

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非ポリマー , 8種, 201分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→43.07 Å / Num. obs: 67933 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1→1.06 Å / Num. unique obs: 10104 / CC1/2: 0.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2v0u

2v0u


解像度: 1.001→43.065 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / WRfactor Rfree: 0.13 / WRfactor Rwork: 0.1 / SU B: 0.928 / SU ML: 0.02 / Average fsc free: 0.9226 / Average fsc work: 0.9271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1472 3394 5.001 %
Rwork0.1141 64477 -
all0.116 --
obs-67871 93.109 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.143 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.175 Å20 Å20 Å2
2--0.777 Å2-0 Å2
3----0.602 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.001→43.065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1186 0 117 183 1486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.81.6642305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4711.5893869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7815221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.53522.407108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29515318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6841517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.21420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2697
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.2731
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0320.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0270.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.250.238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1970.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9350.89731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8630.887728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1281.342938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1271.343939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2481.273960
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.251.273957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.41.7721341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3991.7721342
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.9512.7821907
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.59812.0861857
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.49233353
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.001-1.0270.3082240.3242570.31953490.6550.64583.77270.314
1.027-1.0550.32300.25943700.26151800.7630.7888.80310.241
1.055-1.0860.2372290.2243500.22150500.860.86390.67330.193
1.086-1.1190.2022230.18642370.18648850.8970.90191.29990.154
1.119-1.1560.1752190.1641540.16147730.9280.93391.61950.126
1.156-1.1960.1622130.1440570.14146190.9470.95392.44430.11
1.196-1.2410.1512070.12539360.12644510.9540.96193.08020.096
1.241-1.2920.1422010.11138090.11242870.9640.97193.53860.084
1.292-1.3490.1111940.09836800.09941180.9770.97794.07480.073
1.349-1.4150.1181870.08935570.09139690.9750.9894.33110.067
1.415-1.4920.1171780.08433820.08537470.9780.98495.00930.063
1.492-1.5820.1161690.07332200.07535510.9830.98895.43790.058
1.582-1.6910.1111620.06630700.06833640.9860.9996.07610.055
1.691-1.8260.1051500.06428640.06631250.9880.99296.4480.056
1.826-20.1191410.06926790.07229070.9850.99297.00720.066
2-2.2360.1041290.07524490.07726420.9870.9997.57760.075
2.236-2.580.1291150.08821710.0923420.9810.98897.60890.092
2.58-3.1580.136980.10418740.10520120.980.98598.01190.114
3.158-4.4540.132790.11614880.11715870.9770.98298.73980.141
4.454-43.0650.275460.2188730.2219360.9430.95198.18380.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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