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- PDB-7pge: copper transporter PcoB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pge
タイトルcopper transporter PcoB
要素Copper resistance protein B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transporter
機能・相同性Copper resistance B precursor / Copper resistance protein B precursor (CopB) / intracellular copper ion homeostasis / cell outer membrane / copper ion binding / THIOCYANATE ION / Copper resistance protein B
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, P. / Gourdon, P.E.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: PcoB is a defense outer membrane protein that facilitates cellular uptake of copper.
著者: Li, P. / Nayeri, N. / Gorecki, K. / Becares, E.R. / Wang, K. / Mahato, D.R. / Andersson, M. / Abeyrathna, S.S. / Lindkvist-Petersson, K. / Meloni, G. / Missel, J.W. / Gourdon, P.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: PcoB is a defense outer membrane protein that facilitate cellular uptake of copper
著者: Ping, L. / Pontus, G.
履歴
登録2021年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Copper resistance protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9704
ポリマ－24,3761
非ポリマー5943
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.489, 75.538, 91.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Copper resistance protein B


分子量: 24375.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pcoB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47453
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, NaSCN, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→43.53 Å / Num. obs: 30731 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 38.19 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.47
反射 シェル解像度: 1.972→2.043 Å / Num. unique obs: 4965 / CC1/2: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→43.53 Å / SU ML: 0.2399 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 27.0962
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 1482 5.04 %RANDOM
Rwork0.2205 27935 --
obs0.2221 29417 99.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1599 0 40 47 1686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0762263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0669229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9738247
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.2851310.30482532X-RAY DIFFRACTION99.78
2.06-2.140.32311360.27362538X-RAY DIFFRACTION99.93
2.14-2.220.27081380.2712577X-RAY DIFFRACTION99.67
2.22-2.330.31381250.2832507X-RAY DIFFRACTION98.58
2.33-2.450.25541350.242551X-RAY DIFFRACTION99.08
2.45-2.60.27991320.24112514X-RAY DIFFRACTION98.69
2.6-2.80.21451390.23222568X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.080.29051390.23432556X-RAY DIFFRACTION99.81
3.08-3.530.26111340.20422545X-RAY DIFFRACTION99.89
3.53-4.450.27511340.1932534X-RAY DIFFRACTION99.29
4.45-43.530.20071390.20512513X-RAY DIFFRACTION97.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.637536815621.731783176941.011592066324.88931213431.826437372813.1003647386-0.00850296347779-0.04952429752080.00922822240984-0.724578881512-0.5454569693330.785262400972-0.535804945533-1.057660545640.0921289056630.465581634018-0.0672047084657-0.004296025103830.3578170726150.04416239719740.464384782791-2.26047295512-19.8143431052-0.299755360739
21.660142563480.1861735885571.077856513071.988613677360.9793057414590.013620283935-0.202520543161-0.624926458195-0.422467515984-0.197263257679-0.06643978013250.0694211887529-0.476077226679-0.2723713839850.1359883972130.596564382416-0.093240462633-0.01106251112720.5917783082010.02339862828510.652563342481-3.07139700586-18.69923918836.75610117465
34.549718475282.373364914620.5945655594564.90092557021.546662942932.4542974682-0.0158780585846-0.2358522818930.008741623192980.322599150338-0.254021926959-0.389652952085-0.7740556897980.2079469202840.07813103036090.677292852249-0.118084994086-0.04097182139070.427606691550.08231764714840.568244348053-6.36178072104-25.77119335354.71437133556
44.239878386281.2984996017-1.144764731453.10443938706-0.104356367232.571058377050.0346820439343-0.245352012058-0.5070547745620.1556120410810.0624768247416-0.30491503243-0.2448581597470.5646277281260.05058021898940.374019439801-0.056171723008-0.01239350540070.2645467111450.003773469224980.289188698303-15.4722512517-27.68459555144.27559178358
52.483683673832.81366721827-1.831106993263.1048120154-2.409339888750.739976339032-0.0404885825799-0.129681812615-0.209705118489-0.248629645511-0.146949083401-0.1634665465330.1739894042090.3327834797520.05234543807310.464287460758-0.04764864256510.009540221191170.357324429323-0.005420132989440.294827041509-14.5740510392-17.15771808530.516158987887
64.348923358951.35741447795-2.566578856612.92706923465-0.6937893752831.082713507370.31185055567-0.4446203142490.3709404455390.342777963402-0.0442086064440.449725618373-0.1651468075320.3083373631910.03055656942940.373148131234-0.0588974469676-0.005901775905870.284949781738-0.05060110669770.19857506087-14.9793027593-13.68326533336.66425546975
74.209807372740.326706144923-0.7080140620082.38269835371-0.07586612158921.059069129250.1000360919510.10075887381-0.0894277269524-0.102972755904-0.148087594530.168319470358-0.03795741996280.08193950708420.008040636984950.359340893444-0.021352723039-0.02122499169230.2120620441430.0262697307160.211760285874-5.17462368378-10.02845312811.72363729101
80.404988367337-0.3961088025150.5086934472650.9093634385670.09816429192622.244200178860.41564822558-0.622054264924-0.173715048140.785004809822-0.7008362187040.258815215545-0.5297508675520.910263045424-0.04916850006040.676736391398-0.2861044566130.08734623054390.676511228919-0.05878382759410.341161634915-13.9466848905-9.6580208826824.9520041282
93.620183073921.08369326396-0.7384864752252.8159377937-0.4246410074990.681955368994-0.209348902393-0.01115171132670.05044899625550.3575620815740.2243539408240.0840320926260.410946763440.5193663427160.07359056714070.362211015856-0.0400337139808-0.04711907140510.3263518156820.06944117707420.191526331528-2.54460449827-11.94995666943.6563179832
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 90 through 103 )90 - 1031 - 14
22chain 'B' and (resid 104 through 119 )104 - 11915 - 30
33chain 'B' and (resid 120 through 139 )120 - 13931 - 50
44chain 'B' and (resid 140 through 182 )140 - 18251 - 93
55chain 'B' and (resid 183 through 215 )183 - 21594 - 126
66chain 'B' and (resid 216 through 239 )216 - 239127 - 141
77chain 'B' and (resid 240 through 268 )240 - 268142 - 170
88chain 'B' and (resid 269 through 283 )269 - 283171 - 185
99chain 'B' and (resid 284 through 296 )284 - 296186 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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