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- PDB-7pga: Chimeric carminomycin-4-O-methyltransferase (DnrK) with regions f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pga
タイトルChimeric carminomycin-4-O-methyltransferase (DnrK) with regions from 10-hydroxylase RdmB and 10-decarboxylase TamK
要素Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Carminomycin-4-O-methyltransferase variant / Chimeragenesis / aclacinomycin 10-hydroxylase / tsukubarubicin 10-decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


carminomycin 4-O-methyltransferase / daunorubicin biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxy-lyase activity / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chem-VAK / Methyltransferase domain-containing protein / Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK / Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces peucetius (バクテリア)
Streptomyces tsukubensis (バクテリア)
Streptomyces purpurascens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Dinis, P. / MetsaKetela, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2023
タイトル: Evolution-inspired engineering of anthracycline methyltransferases.
著者: Dinis, P. / Tirkkonen, H. / Wandi, B.N. / Siitonen, V. / Niemi, J. / Grocholski, T. / Metsa-Ketela, M.
履歴
登録2021年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
B: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
C: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
D: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,18912
ポリマ－160,0024
非ポリマー3,1878
水2,540141
1
A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
B: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5946
ポリマ－80,0012
非ポリマー1,5944
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area25640 Å2
手法PISA
2
C: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
D: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5946
ポリマ－80,0012
非ポリマー1,5944
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area25870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.470, 102.640, 121.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK,Methyltransferase domain-containing protein,Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB / COMT / Anthracycline 4-O-methyltransferase / O-methyltransferase / 15-demethoxy-epsilon-rhodomycin ...COMT / Anthracycline 4-O-methyltransferase / O-methyltransferase / 15-demethoxy-epsilon-rhodomycin 10-hydroxylase / 15-demethoxyaclacinomycin T


分子量: 40000.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア), (組換発現) Streptomyces tsukubensis (strain DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993) (バクテリア), (組換発現) ...由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア), (組換発現) Streptomyces tsukubensis (strain DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993) (バクテリア), (組換発現) Streptomyces purpurascens (バクテリア)
遺伝子: dnrK, STSU_011780, STSU_11775, rdmB / 株: DSM 42081 / NBRC 108919 / NRRL 18488 / 9993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
参照: UniProt: Q06528, UniProt: I2N5E8, UniProt: Q54527, carminomycin 4-O-methyltransferase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-VAK / methyl (1R,2R,4S)-2-ethyl-2,4,5,7-tetrahydroxy-6,11-dioxo-1,2,3,4,6,11-hexahydrotetracene-1-carboxylate / Aklavinone / アクラビノン


分子量: 412.389 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C22H20O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate, pH 4.6; 8% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryocooling / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9679 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9679 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→49.8 Å / Num. obs: 58153 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 30.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.38→9.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.963 / Num. unique obs: 5430

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TW2

1tw2


解像度: 2.77→45.89 Å / SU ML: 0.3598 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.1002
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 1998 5.41 %
Rwork0.2005 34929 -
obs0.2034 36927 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→45.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10173 0 224 141 10538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004710619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.892514521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05521710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4153793
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.840.34611440.27482527X-RAY DIFFRACTION99.85
2.84-2.920.34291430.24422499X-RAY DIFFRACTION99.89
2.92-30.27231440.23372515X-RAY DIFFRACTION99.11
3-3.10.31441420.23022482X-RAY DIFFRACTION98.61
3.1-3.210.3031450.22952522X-RAY DIFFRACTION98.41
3.21-3.340.30551410.22742466X-RAY DIFFRACTION98.64
3.34-3.490.28581410.23122494X-RAY DIFFRACTION98.69
3.49-3.670.30031430.20272506X-RAY DIFFRACTION98.44
3.67-3.90.23871420.18662467X-RAY DIFFRACTION97.94
3.9-4.210.23121360.18282376X-RAY DIFFRACTION93.49
4.21-4.630.18431390.15432441X-RAY DIFFRACTION95.2
4.63-5.30.2051450.16422530X-RAY DIFFRACTION99.33
5.3-6.670.21791460.20362546X-RAY DIFFRACTION99.67
6.67-45.890.19441470.17022558X-RAY DIFFRACTION98.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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