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- PDB-7pek: Crystal structure of Triosephosphate Isomerase C216A mutant from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pek
タイトルCrystal structure of Triosephosphate Isomerase C216A mutant from Schizosaccharomyces pombe (SpTIM C216A)
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / TIM / TIM barrel / Glycolytic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycolysis / Gluconeogenesis / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / canonical glycolysis / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Romero-Romero, S. / Garza-Ramos, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Triosephosphate Isomerase from Schizosaccharomyces pombe (SpTIM C216A)
著者: Romero-Romero, S. / Garza-Ramos, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V.
履歴
登録2021年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,57718
ポリマ－108,3914
非ポリマー1,18614
水15,853880
1
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8569
ポリマ－54,1962
非ポリマー6617
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
2
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7219
ポリマ－54,1962
非ポリマー5257
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.010, 149.010, 99.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 27097.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C216A mutation
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tpi1, tpi, SPCC24B10.21 / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07669, triose-phosphate isomerase

-
非ポリマー , 5種, 894分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2.4 M Ammonium sulphate, 0.1 M Bicine pH:9.0, 11.1 mg/mL protein concentration

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→47.12 Å / Num. obs: 110326 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 33.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09564 / Rpim(I) all: 0.03707 / Rrim(I) all: 0.1027 / Net I/σ(I): 13.49
反射 シェル解像度: 1.74→1.806 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.241 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 10711 / CC1/2: 0.312 / CC star: 0.654 / Rpim(I) all: 0.8809 / Rrim(I) all: 0.912 / % possible all: 97.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FF7

4ff7


解像度: 1.74→47.12 Å / SU ML: 0.2408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.7494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 2100 1.9 %
Rwork0.1767 108191 -
obs0.1772 110291 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7412 0 65 880 8357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00727584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.071110280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05611185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00761328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.82881037
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.780.34531350.34686939X-RAY DIFFRACTION96.36
1.78-1.830.35951400.31297215X-RAY DIFFRACTION99.95
1.83-1.880.3051390.29497177X-RAY DIFFRACTION99.97
1.88-1.930.34211400.28427207X-RAY DIFFRACTION100
1.93-20.29751400.25227212X-RAY DIFFRACTION99.99
2-2.070.25971390.22137199X-RAY DIFFRACTION99.97
2.07-2.150.29491410.2017260X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.250.20781400.18427195X-RAY DIFFRACTION99.97
2.25-2.370.21251410.18527265X-RAY DIFFRACTION99.96
2.37-2.510.25071390.18767174X-RAY DIFFRACTION99.96
2.51-2.710.22911410.18237264X-RAY DIFFRACTION99.95
2.71-2.980.2071400.17877228X-RAY DIFFRACTION99.99
2.98-3.410.19391410.16627245X-RAY DIFFRACTION99.99
3.41-4.30.16571410.13917282X-RAY DIFFRACTION99.91
4.3-47.120.16431430.15287329X-RAY DIFFRACTION99.45
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.9728917254 Å / Origin y: -15.0552597992 Å / Origin z: 34.9495210898 Å
111213212223313233
T0.20402472322 Å2-0.0233762802224 Å20.0529894450584 Å2-0.228946902268 Å2-0.0246976976159 Å2--0.276132251443 Å2
L0.195127283761 °20.0392991894676 °20.0204158651514 °2-0.327045665621 °2-0.347747226719 °2--1.21217755602 °2
S0.008682894733 Å °-0.0528485138002 Å °-0.0173099134501 Å °0.00223639050805 Å °0.00785088952127 Å °0.0728309441927 Å °-0.0230605401505 Å °0.0553302818685 Å °-0.0112153856907 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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