PDB-7pef: Crystal structure of IpgC in complex with DMSO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pef

タイトル

Crystal structure of IpgC in complex with DMSO

要素

Chaperone protein IpgC

キーワード

CHAPERONE / IpgC / Shigella / DMSO

機能・相同性

Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / identical protein binding / cytoplasm / Chaperone protein IpgC

機能・相同性情報

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of IpgC in complex with DMSO
著者: Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2021年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pef.cif.gz	219 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pef.ent.gz	178.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pef_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pef_full_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示
XML形式データ	7pef_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	7pef_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6scbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperone protein IpgC

B: Chaperone protein IpgC

ヘテロ分子

32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.477, 57.477, 159.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 24 - 149 / Label seq-ID: 16 - 141

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Chaperone protein IpgC 分子量: 16310.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipgC, ippI, CP0129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2U4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30 % PEG 4000, 0.1 M TRIS pH 8, 0.3 M magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.8266 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8266 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.548
1	1	-h,-k,l	2	0.452

反射

解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 46180 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.9

反射シェル

解像度: 1.54→1.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7299 / CC_1/2: 0.891 / R_sym value: 0.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
Coot	0.8.9	モデル構築
XDS	1.02	データ削減
XDS	1.02	データスケーリング
PHASER	7.0.047	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6scb

6scb

解像度: 1.54→47.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.423 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	2261	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1613	-	-	-
obs	0.1624	43918	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.59 Å² / B_iso mean: 25.77 Å² / B_iso min: 18.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	19.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	19.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-39.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.54→47.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2168	0	11	170	2349
B_iso mean	-	-	27.45	30.67	-
残基数	-	-	-	-	270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.168	1.953	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.893	3.003	4798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.642	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.663	25.13	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.316	15	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.432	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	540

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8492 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.54→1.58 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	153	-
R_work	0.248	3133	-
obs	-	-	98.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9677	0.0605	0.8676	1.9997	0.1329	3.3888	-0.1197	-0.09	0.1125	-0.0622	0.0334	-0.2813	0.0557	0.1493	0.0863	0.1567	0.0378	-0.0027	0.1379	0.0036	0.309	7.7672	-40.2541	24.8281
2	6.3659	-2.3632	2.3482	4.5764	1.2258	2.0598	0.0899	-0.2478	-0.3571	0.1278	0.0099	0.1517	0.1496	-0.1361	-0.0998	0.2005	-0.004	0.0343	0.1429	-0.0021	0.2916	-2.3313	-41.256	21.0748
3	3.8715	-2.1438	-0.521	5.4885	2.349	1.7154	0.1248	0.1866	-0.0918	0.0735	-0.1306	0.1432	0.0895	-0.2531	0.0058	0.0551	-0.0152	0.0076	0.1623	0.0147	0.2504	-9.9891	-29.3556	19.0284
4	1.6829	0.7665	-0.4216	0.5644	-0.9897	3.0606	-0.0044	0.0073	-0.0092	-0.0157	-0.0074	-0.0065	0.0518	0.0397	0.0118	0.0011	0.0035	0.0067	0.0726	0.0045	0.2632	1.5276	-29.5549	19.8673
5	3.9815	0.5599	1.3293	1.9682	-2.0407	6.9538	-0.0158	-0.1166	0.0672	0.1628	0.1284	0.1545	-0.0756	-0.3948	-0.1127	0.0636	0.029	0.015	0.1386	0.0029	0.2624	-3.9265	-17.8482	17.5216
6	1.2411	-3.8906	1.7914	12.1996	-5.6148	2.5896	-0.0471	-0.0053	0.036	0.1255	0.0168	-0.0985	-0.0851	-0.0072	0.0303	0.1637	0.0033	-0.0027	0.1465	-0.0049	0.2678	2.2296	-14.2947	15.0323
7	1.5312	-0.4311	0.2966	1.5529	-0.7052	2.4616	-0.0452	-0.0332	0.0913	0.0614	0.0587	-0.0129	-0.0401	-0.0631	-0.0135	0.0049	-0.0087	-0.0055	0.0759	0.0122	0.2733	4.5295	-18.8261	7.217
8	0.9977	-1.8046	-1.2108	5.1876	2.4999	4.6069	0.106	0.1553	0.1708	-0.4242	-0.0084	-0.1777	-0.3618	0.0833	-0.0976	0.058	-0.0282	-0.0091	0.1281	0.0351	0.2789	6.1939	-16.8923	-1.7951
9	0.5336	-0.9934	-0.387	8.3609	1.3779	1.3669	0.0078	0.0965	0.0786	-0.119	0.0098	0.0657	0.0099	-0.1119	-0.0175	0.0802	0.0099	-0.0252	0.1521	0.0062	0.2558	-2.0945	-18.8603	-4.1886
10	6.454	2.038	-0.2424	1.1658	-1.4494	3.651	0.1468	-0.3484	0.023	0.0965	-0.0899	0.0352	-0.1268	0.0512	-0.0568	0.0417	0.0263	-0.0121	0.2155	0.0151	0.2667	11.1103	-23.9712	22.1371
11	5.8155	2.1187	-4.507	1.3746	-1.2731	4.8869	-0.0663	0.3749	0.3024	-0.1066	0.0901	0.3774	-0.0628	-0.2484	-0.0238	0.2463	0.0715	-0.0129	0.2152	-0.0079	0.3836	15.2068	-9.4612	24.8817
12	4.4873	-2.7248	0.5212	3.9563	-0.3192	2.7158	0.0235	-0.0167	0.2253	-0.0701	0.0219	-0.2044	-0.1275	0.208	-0.0454	0.1045	-0.0273	0.0078	0.1229	0.0122	0.2623	32.6789	-14.702	17.3992
13	4.673	-0.0306	1.1488	0.8224	-0.372	2.9397	0.0425	-0.0677	-0.1169	-0.0045	-0.0028	0.0187	-0.0124	0.0335	-0.0397	0.0721	-0.0193	-0.0088	0.0933	0.0071	0.2341	24.8305	-19.8496	19.9703
14	2.3363	0.4854	0.2014	2.0954	1.4092	3.0269	-0.0481	-0.0418	-0.0277	0.1081	0.0515	-0.1253	-0.004	0.2178	-0.0035	0.0116	-0.0018	0.0014	0.0791	0.0044	0.2664	23.0217	-25.5205	10.694
15	3.4595	-1.751	5.9501	8.7823	-0.6727	10.9662	-0.2414	-0.1999	0.091	0.418	-0.0238	0.3546	-0.4349	-0.4706	0.2653	0.3197	0.1593	0.0113	0.23	0.0104	0.2982	14.945	-16.4799	3.0366
16	1.02	-0.4351	0.6055	4.6732	-0.1911	2.2456	0.036	0.0807	-0.1632	-0.0254	-0.008	-0.0258	0.3156	0.1347	-0.028	0.0797	-0.0156	0.0189	0.1062	-0.0125	0.2575	20.9485	-32.31	0.4605
17	3.6264	-1.2007	1.0753	4.0223	-1.5828	4.4903	0.1165	0.1686	-0.0511	-0.3134	-0.0478	0.2912	0.2673	-0.2059	-0.0687	0.0766	-0.01	-0.0038	0.1207	-0.0229	0.2571	17.2766	-26.5817	-7.2146
18	2.0173	-0.5444	0.6788	5.7309	-0.2642	3.9981	-0.015	0.0928	-0.1494	0.0001	-0.0148	-0.0727	0.2047	0.1966	0.0298	0.0757	0.0102	0.0208	0.135	0.0026	0.2571	25.5043	-27.0402	-8.8505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	33 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	79 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	86 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	90 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	122 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	135 - 151
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	9 - 21
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	22 - 33
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	34 - 51
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	52 - 68
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	69 - 98
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	99 - 103
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	104 - 124
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	125 - 134
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	135 - 150

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)