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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pef | ||||||
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Title | Crystal structure of IpgC in complex with DMSO | ||||||
![]() | Chaperone protein IpgC | ||||||
![]() | CHAPERONE / IpgC / Shigella / DMSO | ||||||
Function / homology | Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / identical protein binding / cytoplasm / Chaperone protein IpgC![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of IpgC in complex with DMSO Authors: Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 219 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 178.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 436.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 436.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6scbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 24 - 149 / Label seq-ID: 16 - 141
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 16310.492 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-DMS / | #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 30 % PEG 4000, 0.1 M TRIS pH 8, 0.3 M magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2020 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8266 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.54→50 Å / Num. obs: 46180 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.7 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.9 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.54→1.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7299 / CC1/2: 0.891 / Rsym value: 0.89 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6scb Resolution: 1.54→47.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.423 / SU ML: 0.028 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.014 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 47.59 Å2 / Biso mean: 25.77 Å2 / Biso min: 18.52 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.54→47.52 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 8492 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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