PDB-7pe0: Crystal structure of IpgC in complex with J52

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pe0

タイトル

Crystal structure of IpgC in complex with J52

要素

Chaperone protein IpgC

キーワード

CHAPERONE / IpgC / Shigella / J52

機能・相同性

Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / identical protein binding / cytoplasm / Chem-483 / Chaperone protein IpgC

機能・相同性情報

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of IpgC in complex with J52
著者: Gardonyi, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2021年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pe0.cif.gz	127 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pe0.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pe0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pe0_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pe0_full_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示
XML形式データ	7pe0_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	7pe0_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pe0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pe0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6scbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperone protein IpgC

B: Chaperone protein IpgC

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.642, 57.642, 159.612
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 24 - 149 / Label seq-ID: 16 - 141

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Chaperone protein IpgC 分子量: 16310.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipgC, ippI, CP0129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2U4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-483 / 2-(1H-imidazol-1-yl)-N-(trans-4-methylcyclohexyl)acetamide 分子量: 221.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化	温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30 % PEG 4000, 0.1 M TRIS pH 7.0, 0.3 M magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.601
1	1	-K, -H, -L	2	0.399

反射

解像度: 1.5→47.64 Å / Num. obs: 50323 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 19.78

反射シェル

解像度: 1.5→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7975 / CC_1/2: 0.873 / R_sym value: 0.879

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
Coot	0.8.9	モデル構築
XDS	1.02	データ削減
XDS	1.02	データスケーリング
PHASER	7.0.047	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6scb

6scb

解像度: 1.5→47.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.487 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.013 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.185	2621	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1736	-	-	-
obs	0.1743	47701	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.14 Å² / B_iso mean: 29.19 Å² / B_iso min: 21.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	21.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	21.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-42.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→47.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2119	0	18	162	2299
B_iso mean	-	-	33.23	36.68	-
残基数	-	-	-	-	270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.233	1.942	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.55	5	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.014	24.955	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.103	15	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.449	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1818

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8674 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	174	-
R_work	0.258	3453	-
obs	-	-	98.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4675	1.5081	-0.9895	0.769	-0.9251	2.9113	-0.053	-0.1078	0.0024	-0.0045	0.0208	-0.1737	0.0723	0.3001	0.0322	0.1654	0.0384	0.006	0.1705	0.0038	0.3534	7.7159	-40.8094	24.8334
2	3.9024	-2.4255	3.8808	6.3234	-0.3646	4.7332	0.2626	-0.1931	-0.2638	-0.0596	-0.0277	0.2024	0.3296	-0.2497	-0.2348	0.18	-0.0123	0.0244	0.1227	0.007	0.3188	-2.6349	-41.3823	20.6619
3	3.0529	-2.5072	-0.15	5.2621	2.8923	2.5033	0.1807	0.1632	-0.0984	-0.1799	-0.1894	0.1507	0.0001	-0.1911	0.0087	0.0273	-0.0434	0.0012	0.1968	0.0235	0.2737	-10.0722	-29.4594	18.9525
4	2.219	0.5679	-0.9287	0.2072	-0.6453	3.1311	-0.0384	0.0174	-0.0258	-0.043	0.0018	0.003	0.2432	-0.0278	0.0366	0.0198	-0.0031	0.0108	0.0637	0.0116	0.2739	0.7339	-29.7028	20.0902
5	4.1201	0.5664	1.8589	4.8621	1.5135	6.1859	-0.0543	-0.0856	0.2403	0.4363	0.1351	0.1071	-0.2808	-0.3169	-0.0808	0.071	0.0511	0.0214	0.1407	0.0116	0.2668	-3.4961	-17.3356	17.4227
6	3.1802	-0.7681	2.6496	13.3972	-1.4615	2.2624	-0.1796	-0.1134	0.1531	0.1492	0.0606	-0.2341	-0.1707	-0.1022	0.119	0.0903	0.0214	0.0178	0.1472	0.0042	0.2432	2.3527	-14.6087	14.8376
7	1.815	-0.5437	0.5307	1.1836	-1.3122	3.4094	-0.0423	-0.0233	0.0713	-0.057	0.0672	-0.0411	-0.0702	0.052	-0.0249	0.0163	-0.0101	-0.0113	0.0744	0.0027	0.2797	4.509	-19.4767	7.1155
8	2.2498	-1.6882	-0.8212	5.8712	2.8746	4.8011	0.0387	0.2024	0.1264	-0.2651	-0.0046	-0.1985	-0.3138	0.1437	-0.0341	0.0235	-0.0052	0.0031	0.0947	0.024	0.2825	6.1639	-17.5975	-2.2126
9	0.6206	-0.4874	-0.0955	8.1784	0.7778	1.8641	-0.0158	0.0696	0.1026	-0.2739	0.0428	0.1212	-0.0761	-0.1297	-0.027	0.0641	0.0155	-0.0346	0.1521	0.0038	0.2676	-1.9926	-18.5219	-4.3266
10	5.0145	1.2685	0.7927	2.0911	-1.0185	1.7303	-0.0249	-0.3613	-0.0943	0.1752	0.0654	0.1713	-0.2707	0.0425	-0.0405	0.0467	-0.014	-0.0193	0.1491	0.0027	0.2769	10.7158	-23.6187	22.4731
11	6.1717	3.2063	-2.8323	2.5525	-1.8565	4.0223	-0.1063	0.2026	0.1468	-0.1392	0.0005	0.0719	-0.0961	-0.2805	0.1057	0.2155	0.064	-0.0019	0.1624	-0.0004	0.362	15.427	-9.4137	24.7699
12	4.2114	-2.0008	0.8631	4.2623	-0.5873	2.099	-0.0015	0.1052	0.2705	-0.1349	0.0245	-0.1274	-0.2546	0.274	-0.023	0.0732	-0.0382	0.0058	0.1229	0.0215	0.2653	32.589	-14.6151	17.0469
13	4.6877	-0.2488	1.4273	0.4654	-0.0684	3.6175	0.0464	-0.0399	-0.0347	-0.0536	-0.018	0.034	-0.1176	0.0345	-0.0284	0.0211	-0.029	-0.0184	0.0951	0.0144	0.246	24.2581	-19.573	19.8354
14	2.2038	0.0926	0.4589	3.1125	1.2681	3.4911	-0.0446	-0.0057	-0.0512	0.0714	0.0579	-0.1293	-0.0273	0.2034	-0.0132	0.0042	0.0047	0.0072	0.0962	0.008	0.2724	22.8073	-25.7255	10.4576
15	3.7293	0.2917	-4.9719	4.6452	-3.6333	8.9264	0.472	0.1973	0.4119	0.0995	-0.0075	-0.0267	-0.7237	-0.2543	-0.4645	0.1837	0.0145	-0.0199	0.1469	-0.0054	0.3141	16.279	-16.9647	2.3075
16	1.1864	0.0002	1.0201	4.2713	-1.1876	3.602	0.0203	0.054	-0.1881	0.0465	0.0378	0.0481	0.346	0.1063	-0.0581	0.0686	-0.003	0.0248	0.0806	-0.0142	0.3101	21.2872	-31.8942	0.6393
17	1.9506	-2.2129	0.6728	5.4482	-1.9906	5.2639	0.1569	0.2032	-0.154	-0.2631	-0.1308	0.293	0.4449	-0.1714	-0.0261	0.0602	-0.0318	-0.0099	0.1236	-0.0234	0.3062	17.3467	-26.8408	-7.3703
18	2.091	-0.2054	0.7437	5.5686	-1.2311	4.4445	-0.0702	0.0157	-0.1821	-0.1045	0.127	-0.0641	0.2479	0.1349	-0.0568	0.0716	0.0117	0.0258	0.1268	-0.0024	0.2948	25.6865	-27.21	-9.1636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	33 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	79 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	86 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	90 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	122 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	135 - 151
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	9 - 21
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	22 - 33
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	34 - 51
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	52 - 68
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	69 - 98
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	99 - 103
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	104 - 124
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	125 - 134
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	135 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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