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- PDB-7pdy: A viral peptide from Marek's disease virus bound to chicken MHC-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pdy
タイトルA viral peptide from Marek's disease virus bound to chicken MHC-II molecule
要素
  • 38 kDa phosphoprotein,MHC class II beta chain
  • MHC class II alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MDV / Viral infection / chicken / MHC-II / B21 haplotype
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / antigen processing and presentation / MHC class II protein complex / adaptive immune response / immune response / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus pp38 phosphoprotein / Herpesvirus pp38 phosphoprotein / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Herpesvirus pp38 phosphoprotein / Herpesvirus pp38 phosphoprotein / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 38 kDa phosphoprotein / MHC class II alpha chain / MHC class II beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Marek's disease herpesvirus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Goryanin, A. / Cook, A.G. / Kaufman, J. / Halabi, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust110106/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Viral peptide bound to chicken MHC-II molecule
著者: Goryanin, A. / Cook, A.G. / Kaufman, J. / Halabi, S.
履歴
登録2021年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MHC class II alpha chain
B: 38 kDa phosphoprotein,MHC class II beta chain
C: MHC class II alpha chain
D: 38 kDa phosphoprotein,MHC class II beta chain
E: MHC class II alpha chain
F: 38 kDa phosphoprotein,MHC class II beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,79325
ポリマ－141,3986
非ポリマー2,39519
水2,648147
1
A: MHC class II alpha chain
B: 38 kDa phosphoprotein,MHC class II beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,01911
ポリマ－47,1332
非ポリマー8879
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
2
C: MHC class II alpha chain
D: 38 kDa phosphoprotein,MHC class II beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8448
ポリマ－47,1332
非ポリマー7126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
3
E: MHC class II alpha chain
F: 38 kDa phosphoprotein,MHC class II beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9296
ポリマ－47,1332
非ポリマー7974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)238.538, 238.538, 76.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 MHC class II alpha chain / MHC class II antigen alpha / MHC class II antigen alpha chain


分子量: 21970.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B-LA / プラスミド: pFastBac1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q4U5Z6
#2: タンパク質 38 kDa phosphoprotein,MHC class II beta chain / Phosphoprotein pp38


分子量: 25161.979 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1- ...詳細: Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain,Residues 1-33 are a peptide recombinantly linked to the sequence of the MHC-II beta chain
由来: (組換発現) Marek's disease herpesvirus (strain MD11/75C/R2) (ヘルペスウイルス), (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
遺伝子: PP38 / プラスミド: pFastBac1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P68348, UniProt: Q4U5Z9

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 161分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→206.58 Å / Num. obs: 81291 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 20.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 1686668
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.54-2.6820.84.43231659111550.4050.9884.540.893.8
8.04-206.5819.50.0435326727300.9980.010.04462.799.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6kvm

6kvm


解像度: 2.54→206.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 23.409 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 4205 5.2 %RANDOM
Rwork0.2157 ---
obs0.2175 77013 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 204.25 Å2 / Biso mean: 76.821 Å2 / Biso min: 45.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----1.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→206.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9224 0 154 147 9525
Biso mean--135.69 69.31 -
残基数----1165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0139637
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0178595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.65613122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4851.58319691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64751154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.20122.018560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.069151376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2281569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022398
LS精密化 シェル解像度: 2.543→2.609 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 375 -
Rwork0.369 5657 -
all-6032 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9493-0.50040.03330.5356-0.0390.0107-0.0536-0.11940.0733-0.0770.0443-0.01440.0218-0.03830.00930.079-0.0621-0.02070.1902-0.0110.123140.6107-101.8134-9.7971
20.8993-0.1940.19250.2027-0.08950.0556-0.0988-0.24750.2369-0.0030.0242-0.1102-0.0135-0.04180.07460.0544-0.0085-0.0450.2516-0.07660.128248.2602-95.06862.3714
30.41110.04810.71680.05720.17251.42750.0130.12850.06620.0053-0.0365-0.0582-0.00930.08040.02350.03820.0033-0.00470.29380.02710.121610.1389-96.784134.9264
40.3244-0.29590.15370.3405-0.01641.67530.0260.0799-0.03790.0266-0.0078-0.01010.2998-0.1194-0.01820.0963-0.0435-0.03770.2544-0.03870.0433-0.0039-108.761336.3695
51.0246-0.00510.58410.11040.07770.63810.02890.05350.04890.0676-0.00840.04220.04390.0507-0.02040.08630.0488-0.01880.1719-0.02840.1358-19.4075-90.499247.0388
60.927-0.02310.16040.00440.00790.2931-0.02680.12310.28120.005-0.0057-0.0243-0.10520.07830.03250.07150.0011-0.05670.17110.01120.1814-10.2021-78.080943.1313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2B-27 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4D-27 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6F-28 - 201

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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