PDB-7pdv: Crystal structure of RBM5 RRM1-zinc finger in complex with RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pdv

タイトル

Crystal structure of RBM5 RRM1-zinc finger in complex with RNA

要素

RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*CP*U)-3')
RNA binding motif protein 5 isoform 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RRM domain / Zinc finger / Splicing

機能・相同性

機能・相同性情報

spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.49 Å

データ登録者

Soni, K. / Jagtap, P.K.A. / Sattler, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for specific RNA recognition by the alternative splicing factor RBM5.
著者: Soni, K. / Jagtap, P.K.A. / Martinez-Lumbreras, S. / Bonnal, S. / Geerlof, A. / Stehle, R. / Simon, B. / Valcarcel, J. / Sattler, M.

履歴

登録	2021年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pdv.cif.gz	178 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pdv.ent.gz	139.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pcvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (5) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: RNA binding motif protein 5 isoform 1

C: RNA binding motif protein 5 isoform 1

E: RNA binding motif protein 5 isoform 1

F: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*CP*U)-3')

G: RNA binding motif protein 5 isoform 1

ヘテロ分子

59.1 kDa, 5 ポリマー
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1

A: RNA binding motif protein 5 isoform 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR relaxation study
14 kDa, 1 ポリマー
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2

C: RNA binding motif protein 5 isoform 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
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3

E: RNA binding motif protein 5 isoform 1

F: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*CP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: RNA binding motif protein 5 isoform 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.230, 65.890, 94.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.050, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	RNA binding motif protein 5 isoform 1 分子量: 13933.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S2Z549
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPGPGPCPUPCPUPUPCPU)-3') 分子量: 3091.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05M Sodium cacodylate, 18mM CaCl2, 2.7 mM spermine, 9% 2-propanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 1.27982 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.27982 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.5

反射

解像度: 3.49→47.45 Å / Num. obs: 14244 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 1.803 % / CC_1/2: 0.94 / R_merge(I) obs: 0.288 / R_rim(I) all: 0.397 / Χ²: 0.727 / Net I/σ(I): 1.9 / Num. measured all: 25689 / Scaling rejects: 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.49-3.59	1.825	0.928	0.86	1863	1138	1021	0.536	1.268	89.7
3.59-3.68	1.85	0.809	1	1896	1145	1025	0.504	1.111	89.5
3.68-3.79	1.817	0.617	1.29	1841	1112	1013	0.678	0.845	91.1
3.79-3.91	1.783	0.663	1.06	1708	1057	958	0.685	0.912	90.6
3.91-4.04	1.779	0.436	1.53	1642	1028	923	0.806	0.6	89.8
4.04-4.18	1.736	0.494	1.41	1632	1059	940	0.779	0.678	88.8
4.18-4.33	1.819	0.323	1.76	1484	939	816	0.887	0.445	86.9
4.33-4.51	1.82	0.356	1.83	1578	949	867	0.856	0.494	91.4
4.51-4.71	1.826	0.281	1.83	1479	894	810	0.933	0.389	90.6
4.71-4.94	1.799	0.22	2.29	1371	819	762	0.946	0.302	93
4.94-5.21	1.786	0.235	2.31	1372	824	768	0.926	0.325	93.2
5.21-5.53	1.736	0.217	2.2	1222	785	704	0.935	0.301	89.7
5.53-5.91	1.849	0.267	2.12	1185	696	641	0.935	0.369	92.1
5.91-6.38	1.847	0.21	2.52	1217	704	659	0.939	0.292	93.6
6.38-6.99	1.83	0.16	2.66	1052	602	575	0.961	0.223	95.5
6.99-7.81	1.764	0.157	2.83	891	546	505	0.948	0.22	92.5
7.81-9.02	1.804	0.116	3.28	792	511	439	0.983	0.162	85.9
9.02-11.05	1.798	0.097	3.76	687	403	382	0.977	0.135	94.8
11.05-15.63	1.761	0.089	3.67	516	329	293	0.974	0.124	89.1
15.63-47.45	1.825	0.069	4.35	261	173	143	0.986	0.096	82.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PCV

7pcv

解像度: 3.49→47.45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 41.13 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	1066	7.48 %
R_work	0.3373	13242	-
obs	0.3421	14244	90.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.52 Å² / B_iso mean: 31.4705 Å² / B_iso min: 11.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.49→47.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3284	138	4	0	3426
B_iso mean	-	-	25.04	-	-
残基数	-	-	-	-	435

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.49-3.68	0.404	146	0.3287	1858	2004	83
3.68-3.91	0.3356	127	0.3169	1898	2025	85
3.91-4.21	0.3954	148	0.3164	1851	1999	82
4.21-4.63	0.3733	137	0.3308	1906	2043	84
4.63-5.3	0.4074	152	0.3358	1909	2061	86
5.3-6.68	0.3517	152	0.3476	1919	2071	85
6.68-47.45	0.405	140	0.3731	1901	2041	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1568	-0.0052	-0.0229	0.0032	-0.0041	0.0111	0.0108	0.0129	-0.0422	-0.0066	0.0132	-0.0256	-0.0179	-0.0129	0.0797	-0.0775	0.2053	-0.0792	0.1694	-0.2836	0.019	13.9446	-2.0677	22.8586
2	-0.0186	0.0004	-0.0087	-0.0071	-0.0016	-0.0103	0.0155	0.0034	0.0862	-0.0189	0.0186	0.0183	-0.1331	-0.0466	0.11	-0.9879	0.1902	0.284	-0.1109	-0.2394	-0.544	24.5767	-0.7668	18.8515
3	0.0007	-0.0279	-0.0011	0.3636	-0.0255	0.0435	0.0332	0.0566	0.0297	-0.0838	-0.0176	-0.0058	-0.0047	0.0047	0.1278	0.1035	0.2351	-0.0819	0.2609	0.0155	0.0368	21.9973	1.9577	27.9431
4	0.0008	0.0263	0.0057	0.1502	-0.0768	0.2217	-0.0232	-0.0002	0.0203	0.0039	0.0048	-0.0231	-0.0132	0.0102	-0.0477	0.0256	-0.6654	-0.1595	0.1297	-0.0205	-0.3334	19.2392	-12.259	30.7916
5	0.1103	-0.0326	-0.0642	0.015	0.0123	0.0342	-0.0208	-0.0169	0.1698	0.0134	-0.0194	-0.0816	-0.1641	0.0779	-0.4143	-0.5098	-0.0542	0.7378	0.0703	-0.2172	-0.3475	17.1687	5.0619	26.4848
6	0.0015	-0	0.0322	0.0054	0.0089	0.0683	0.0316	0.1216	0.005	0.043	0.0758	-0.0031	0.0851	0.0182	0.721	-0.2195	0.1856	0.0865	0.0857	-0.0871	-0.3133	14.7818	4.1337	14.9599
7	0.1856	-0.0748	0.0795	0.0664	0.056	0.218	0.0281	-0.0516	-0.0124	0.0377	0.0493	0.0617	0.0375	-0.0702	0.3029	-0.3267	-0.1806	0.1769	0.0976	0.2959	0.0597	8.6879	1.1232	22.8423
8	0.032	0.0318	0.0872	0.1912	-0.0378	0.2656	-0.0633	0.0681	-0.013	-0.0424	-0.0506	0.0906	0.0245	0.0845	-0.7577	-0.0375	-0.1226	-0.3009	0.2855	0.2673	0.0524	6.3674	4.0736	44.0085
9	0.1398	-0.1128	0.0158	0.0818	-0.0176	0.1334	-0.0478	-0.0203	-0.0553	-0.018	0.0722	0.0039	0.0523	0.0564	0.2348	-0.1897	0.0912	0.3379	-0.0294	0.1839	-0.0974	10.9305	0.4594	43.5128
10	0.0722	-0.0076	-0.1439	0.0068	0.0272	0.2963	0.0056	0.0763	0.0267	-0.0844	0.0212	0.0051	-0.0136	-0.0032	0.0629	0.6706	0.0022	0.0826	0.3347	0.574	0.4152	17.0826	3.7915	41.772
11	-0.0143	-0.0052	0.0054	-0.0068	0.0002	-0.0113	0.1529	0.0047	-0.0232	0.0614	0.1079	0.0393	-0.0331	0.0256	1.6293	-0.8669	0.2265	-0.379	0.0129	0.2499	-0.4811	29.1	-0.6933	43.1086
12	0.3813	-0.028	-0.1873	0.0078	0.0457	0.1651	0.0369	0.1003	0.2334	-0.0165	-0.0163	0.0521	-0.1643	0.0816	-0.3531	-0.7039	0.4112	1.0115	0.2904	0.0951	-0.4357	33.3355	-2.3996	35.7921
13	-0.0001	-0.002	-0.0019	-0.0034	-0.0036	-0.005	0.0122	0.0017	0.0214	-0.0126	0.0114	0.0584	0.0314	-0.0297	0.2356	-0.3682	0.0199	0.0628	0.0379	0.0547	-0.0699	37.1724	11.2149	45.838
14	0.1478	0.0715	0.2205	0.0366	0.1072	0.3057	-0.0177	0.0044	0.0617	0.02	-0.0086	-0.085	-0.1012	0.1738	0.231	0.1764	0.0513	-0.295	0.2958	-0.1028	0.013	36.0284	-3.8429	52.7649
15	0.1112	-0.0544	0.066	0.1081	-0.0303	0.0397	0.0168	-0.0481	-0.0533	0.0933	0.0728	0.0248	0.0079	-0.0001	0.3635	-0.1864	0.1928	-0.077	-0.0839	0.1216	0.0233	43.4787	1.4807	38.8006
16	0.0693	-0.0754	-0.1299	0.2508	0.1408	0.2386	0.0044	-0.016	-0.0169	0.0117	-0.0239	-0.0088	-0.0251	-0.0412	-0.0405	-0.1481	0.0272	-0.0215	-0.0053	-0.2535	0.3203	47.8699	-0.3436	19.4686
17	0.0794	0.0655	0.0265	0.046	0.015	0.1046	0.0386	-0.0239	-0.032	0.0637	0.0216	-0.0091	-0.0339	0.0189	0.4464	-0.2518	-0.468	0.3744	0.0911	-0.2714	-0.0969	39.8394	2.8119	20.4518
18	0.1041	-0.0449	0.0299	0.1998	-0.2189	0.2422	0.0258	-0.0674	0.0396	0.0799	0.0151	0.0161	-0.0723	-0.0018	0.0454	0.6343	-0.0132	0.1428	0.6048	-0.0782	0.0535	33.6512	4.1354	23.7774
19	-0.0129	0.0127	0.0195	0.0586	0.0632	-0.0101	0.1997	0.2594	-0.2777	-0.2047	0.2248	0.1203	0.0175	0.1242	2.8841	-1.7574	-0.1992	0.3088	0.1542	-0.4573	-0.9159	5.3574	33.2381	6.3184
20	0.0918	0.1257	-0.1238	0.1657	-0.1685	0.1577	-0.0031	-0.0232	0.0225	-0.0194	0.0312	-0.0074	-0.0024	-0.0029	0.1548	-0.2721	0.2949	-0.1988	0.3271	-0.4194	0.2043	10.926	19.4768	1.9396
21	-0.0636	-0.0209	-0.0184	-0.1096	-0.0581	-0.0212	-0.0067	-0.006	0.0731	-0.0547	-0.0099	0.0451	0.0726	0.0667	-0.0367	-1.3961	0.4718	-0.2113	-0.5279	0.6418	-0.8489	15.2831	29.9962	12.9464
22	0.1267	-0.0549	0.0356	0.1529	0.1409	0.2058	0.0215	0.0232	0.0433	-0.1012	-0.0118	-0.0649	-0.0693	0.023	0.2154	0.2012	-0.0512	0.1807	0.1233	0.0318	-0.0523	7.9821	32.4003	15.1641
23	0.1018	-0.1116	-0.2076	0.1659	0.108	0.6941	0.0453	0.0497	-0.1146	0.0272	-0.0354	-0.0086	0.1298	-0.2533	0.1257	-0.0567	-0.233	-0.0728	0.4229	-0.3202	-0.1927	45.9237	37.5587	26.0946
24	0.2321	-0.0058	0.0334	0.2442	0.2646	0.2728	-0.0536	0.0303	-0.047	0.0102	-0.0033	-0.0089	0.0108	0.04	-0.3812	-0.7579	0.6058	-0.0946	0.2856	0.5859	0.0748	50.2374	26.5666	30.5326
25	-0.0047	0.0005	0.0051	-0.0047	-0.0006	-0.0083	-0.0053	-0.0305	0.0156	0.0438	-0.0178	-0.0299	-0.0736	0.0592	-0.1874	-0.2898	-0.1669	0.1611	0.1007	-0.1974	-0.2282	42.706	39.6606	17.7985
26	0.1215	0.0062	-0.0184	-0.008	-0.0072	-0.0066	-0.0165	0.0561	-0.0317	0.0932	0.0167	0.0241	0.1045	0.0848	-0.0222	-0.5933	-0.1774	-0.2282	0.2987	0.3631	-0.0252	41.897	21.3923	24.8457
27	0.4208	0.148	0.1938	0.052	0.0538	0.2499	0.027	0.0424	-0.0029	-0.0156	0.0014	0.011	0.022	-0.0094	0.1341	-0.1794	-0.0629	-0.1286	0.0419	-0.2319	0.0551	37.4687	25.7005	35.4108
28	0.0091	-0.0225	0.0439	0.0522	-0.1015	0.1962	0.0064	0.0169	-0.0353	0.0149	-0.0039	0.0169	0.0327	0.016	-0.028	0.0702	0.203	-0.161	0.087	-0.059	0.0419	44.1511	35.7431	36.4296
29	0.0229	-0.0255	0.0045	0.0214	-0.0043	0.005	0.0554	-0.0222	0.0212	-0.0862	0.0419	-0.0658	0.032	0.045	0.4573	-0.3063	0.0047	0.0351	0.1047	-0.5024	0.0772	37.5543	32.8771	30.0226
30	0.0019	-0.0082	-0.0166	0.0298	0.0756	0.1744	0.0289	-0.0279	-0.0065	0.0341	0.0056	-0.0171	0.003	-0.0073	0.168	-0.2062	-0.0182	0.0314	0.1585	-0.095	-0.1012	27.566	30.4502	13.1636
31	0.0484	-0.1678	0.0178	0.9324	-0.1327	0.1443	0.0337	0.0232	-0.0239	0.017	0.0624	-0.0364	0.0669	0.044	0.3868	-0.1593	-0.0938	-0.0028	-0.0346	-0.2812	0.0067	29.2423	28.7998	4.3197
32	0.009	0.013	0.0242	0.019	0.0254	0.038	0.0352	0.0013	0.0111	-0.0939	0.004	-0.0256	-0.0822	-0.0242	0.3506	-0.0338	0.0619	-0.3419	-0.055	-0.0984	-0.3941	36.5068	28.2912	5.8462

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 14 )	A	8 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 34 )	A	15 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35 through 40 )	A	35 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 41 through 49 )	A	41 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 50 through 59 )	A	50 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 60 through 78 )	A	60 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 79 through 88 )	A	79 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 89 through 98 )	A	89 - 98
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 99 through 108 )	A	99 - 108
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 109 through 114 )	A	109 - 114
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 8 through 40 )	C	8 - 40
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 41 through 59 )	C	41 - 59
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 60 through 69 )	C	60 - 69
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 70 through 79 )	C	70 - 79
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 80 through 89 )	C	80 - 89
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 90 through 94 )	C	90 - 94
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 95 through 109 )	C	95 - 109
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 110 through 114 )	C	110 - 114
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 8 through 58 )	E	8 - 58
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 59 through 66 )	E	59 - 66
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 67 through 114 )	E	67 - 114
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 2 through 8 )	F	2 - 8
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 8 through 23 )	G	8 - 23
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 24 through 36 )	G	24 - 36
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 37 through 52 )	G	37 - 52
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 53 through 66 )	G	53 - 66
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 67 through 71 )	G	67 - 71
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 72 through 76 )	G	72 - 76
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 77 through 86 )	G	77 - 86
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 87 through 91 )	G	87 - 91
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 92 through 96 )	G	92 - 96
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 97 through 114 )	G	97 - 114

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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