[日本語] English
万見
- PDB-7pdj: R12E vFLIP mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pdj
タイトルR12E vFLIP mutant
要素FLICE inhibitory protein
キーワードVIRAL PROTEIN / KSHV virus / tandem DED protein / NF-kappaB activation / IKK kinase binding / IKKgamma
機能・相同性Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Death-like domain superfamily / regulation of apoptotic process / FLICE inhibitory protein
機能・相同性情報
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Barrett, T.E.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)LiDo London Consortium DTP 英国
Wellcome Trust209250/Z/17/Z 英国
Sarcoma UKSUK203.2017 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into the activation of the IKK kinase complex by the Kaposi's sarcoma herpes virus oncoprotein vFLIP.
著者: Bagneris, C. / Senthil Kumar, S.L. / Baratchian, M. / Britt, H.M. / Assafa, T.E. / Thalassinos, K. / Collins, M.K. / Barrett, T.E.
履歴
登録2021年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FLICE inhibitory protein
B: FLICE inhibitory protein
C: FLICE inhibitory protein
D: FLICE inhibitory protein
E: FLICE inhibitory protein
F: FLICE inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,2646
ポリマ－131,2646
非ポリマー00
水00
1
D: FLICE inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8771
ポリマ－21,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: FLICE inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8771
ポリマ－21,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: FLICE inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8771
ポリマ－21,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: FLICE inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8771
ポリマ－21,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: FLICE inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8771
ポリマ－21,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: FLICE inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8771
ポリマ－21,8771
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.402, 69.324, 131.887
Angle α, β, γ (deg.)90, 89.85, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
FLICE inhibitory protein / K13 / ORF71 / ORF71 protein / ORF71/K13 / Putative apoptosis inhibitor protein


分子量: 21877.367 Da / 分子数: 6 / 変異: R12E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: ORF71, HHV8GK18_gp80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 star / 参照: UniProt: Q76RF1

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.125 M Na HEPES pH 7.0, 1 % PEG 8000 and 3% methanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96859 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月23日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→132 Å / Num. obs: 8076 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 63 Å2 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.59 / Net I/σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 4.2→4.7 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2287 / CC1/2: 0.21 / Rpim(I) all: 2.4 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CL3

3cl3


解像度: 4.2→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.839 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.776 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 1.043
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2729 790 -RANDOM
Rwork0.2234 ---
obs0.228 8075 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.92 Å20 Å212.4755 Å2
2--0.2311 Å20 Å2
3---13.6889 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7092 0 0 0 7092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0077213HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.919868HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2295SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1214HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7213HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1010SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5130SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.45
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.23 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3933 17 -
Rwork0.2269 --
obs0.2411 208 100 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6999-0.0648-0.27162.7519-0.8331.72030.2654-0.15190.1577-0.1519-0.08490.19240.15770.1924-0.18050.11290.13820.01880.1448-0.0066-0.0581-4.114618.0498180.6616
24.569-2.91381.27623.5281-1.26824.7366-0.0482-0.16380.0854-0.1638-0.07050.32830.08540.32830.1188-0.04350.04440.1520.304-0.1085-0.034214.466847.7718157.1212
32.27251.5119-0.82284.7839-0.23253.0201-0.00010.0471-0.00250.04710.1651-0.0108-0.0025-0.0108-0.1649-0.1510.05020.10990.25840.0993-0.0789-17.584656.4922136.5431
43.53992.911-0.08965.60310.21993.95690.05110.1527-0.29880.15270.1336-0.3328-0.2988-0.3328-0.1848-0.0740.1040.12040.16790.10470.0357-21.846849.0027171.0786
56.77430.1555-1.4190.1994-0.80183.7603-0.36140.54430.43480.54430.1814-0.06090.4348-0.06090.180.21570.1139-0.04010.2754-0.0304-0.13831.156225.8246150.4765
61.4106-0.25181.08644.4629-0.38943.70150.10670.1296-0.17310.1296-0.26910.265-0.17310.2650.16230.0576-0.0530.11160.27040.0198-0.173113.347449.6265194.0053
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B4 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C0 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D0 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E3 - 169
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F0 - 170

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る