PDB-7pdi: Crystal structure of the holo-acyl carrier protein (holo-AcpP) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pdi

タイトル

Crystal structure of the holo-acyl carrier protein (holo-AcpP) from Pseudomonas putida KT2440. Produced as an apo/holo mixture.

要素

Acyl carrier protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / phosphopantetheine / acyl-binding / fatty acid transport / holo-AcpP

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Venter, P. / Sewell, B.T. / Trindade, M. / Mandyoli, L. / van Zyl, L.

資金援助

英国,

南アフリカ, 3件

組織	認可番号	国
Global Challenges Research Fund	GCRF-START ST/R002754/1	英国
National Research Foundation in South Africa	110428	南アフリカ
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)	DSI-CSIR IBS	南アフリカ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the holo-acyl carrier protein (holo-AcpP) from Pseudomonas putida. Produced as an apo/holo mixture.
著者: Venter, P.

履歴

登録	2021年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pdi.cif.gz	47.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pdi.ent.gz	31.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pdi_validation.pdf.gz	406.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pdi_full_validation.pdf.gz	408.1 KB	表示
XML形式データ	7pdi_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	7pdi_validation.cif.gz	7.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t8kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fvf-d 1bby-d 3qo2-3 2ava-d 5ym8-1 4kmf-d 3qo2-4 7c1m-d 6zc3-2 2fve-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Acyl carrier protein

9.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Native gel electrophoresis confirmed that the acyl carrier protein was a mixture of the apo-AcpP and holo-AcpP form.

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.492, 56.973, 61.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-129- HOH
2	1	A-133- HOH

#1: タンパク質	Acyl carrier protein / ACP 分子量: 9340.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: holo-acyl carrier protein (holo-AcpP). The protein was produced and crystallized as an apo/holo-AcpP mixture and therefore has lower occupancy of the posttranslationally attached ligand (phosphopantetheine (4HH)) 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440) (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440 / 遺伝子: acpP, PP_1915 / プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88LL5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000, 0.1 M Tris Bicine buffer, pH 8.5, 0.03 M magnesium chloride hexahydrate, 0.03 M calcium chloride dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→30.988 Å / Num. obs: 9120 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.9994 / R_merge(I) obs: 0.0705 / Net I/σ(I): 14.05
反射シェル	解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 9.7 % / Num. unique obs: 459 / CC_1/2: 0.397 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS	2.210-g6dafd9427	データ削減
DIALS	2.210-g6dafd9427	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T8K

1t8k

解像度: 1.69→30.988 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.232 / WR_factor R_work: 0.189 / SU B: 4.768 / SU ML: 0.136 / Average fsc free: 0.7495 / Average fsc work: 0.7582 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2448	874	9.583 %
R_work	0.2047	8246	-
all	0.208	-	-
obs	-	9120	99.989 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.778 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.027 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.061 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.088 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→30.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	651	0	0	37	688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	656
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	625
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.555	1.655	889
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.341	1.581	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.029	5	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.664	26.364	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.762	15	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.979	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	719
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	107
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.281	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.525	4.197	327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.513	4.18	326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.031	6.271	407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.029	6.293	408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.224	5.348	329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.216	5.362	330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.327	7.674	482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.317	7.69	483
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.966	52.186	677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.974	52.296	676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.734	0.472	59	0.496	614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.734-1.781	0.494	57	0.446	572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.781-1.833	0.365	51	0.405	578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.833-1.889	0.447	73	0.361	539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.889-1.951	0.348	53	0.29	532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.951-2.019	0.309	52	0.283	530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.095	0.277	49	0.237	490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.095-2.18	0.273	62	0.211	473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.277	0.223	46	0.203	479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.277-2.387	0.275	62	0.179	434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.387-2.516	0.207	49	0.167	410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.516-2.668	0.217	43	0.19	404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.851	0.263	34	0.2	392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.851-3.077	0.232	30	0.202	359	X-RAY DIFFRACTION	100
3.077-3.368	0.295	36	0.193	330	X-RAY DIFFRACTION	100
3.368-3.762	0.269	30	0.174	304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.762-4.335	0.135	32	0.137	263	X-RAY DIFFRACTION	100
4.335-5.29	0.209	28	0.154	236	X-RAY DIFFRACTION	100
5.29-7.397	0.203	19	0.26	186	X-RAY DIFFRACTION	100
7.397-30.988	0.367	9	0.228	121	X-RAY DIFFRACTION	99.2366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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