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万見
- PDB-7pda: Crystal structure of Phenazine 1-carboxylic acid decarboxylase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pda
タイトルCrystal structure of Phenazine 1-carboxylic acid decarboxylase from Mycobacterium fortuitum
要素
  • UNK
  • UbiD family decarboxylase
キーワードLYASE / Phenazine 1-Carboxylic acid / UbiD / prFMN
機能・相同性UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain / carboxy-lyase activity / Chem-4LU / : / UbiD family decarboxylase
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium fortuitum (バクテリア)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Gahloth, D. / Leys, D.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Phenazine 1-carboxylic acid decarboxylase from Mycobacterium fortuitum
著者: Gahloth, D. / Leys, D.
履歴
登録2021年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UbiD family decarboxylase
B: UNK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2385
ポリマ－52,6352
非ポリマー6033
水79344
1
A: UbiD family decarboxylase
B: UNK
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,42930
ポリマ－315,80912
非ポリマー3,62018
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation5_655-x+y+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_545x,x-y-1,-z1
Buried area31510 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area98370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.696, 124.696, 68.846
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number149
Space group name H-MP312
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-3-

UNK

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UbiD family decarboxylase


分子量: 52191.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium fortuitum (バクテリア)
遺伝子: XA26_16650 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0N9Y7U2
#2: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: unidentified (未定義)

-
非ポリマー , 4種, 47分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-4LU / 1-deoxy-5-O-phosphono-1-(3,3,4,5-tetramethyl-9,11-dioxo-2,3,8,9,10,11-hexahydro-7H-quinolino[1,8-fg]pteridin-12-ium-7-y l)-D-ribitol / prenylated-FMN iminium form


分子量: 525.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.06 M Divalents, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 30% Precipitant mix 3

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→58.42 Å / Num. obs: 25728 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 1284 / CC1/2: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ABN

7abn


解像度: 2.65→58.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 26.797 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.678 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2581 866 4.8 %RANDOM
Rwork0.1844 ---
obs0.1881 16994 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.42 Å2 / Biso mean: 71.789 Å2 / Biso min: 35.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å2-0.27 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---1.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→58.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3663 0 38 44 3745
Biso mean--73.29 65.23 -
残基数----482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0123791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.6375182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.535480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15521.064188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.27615576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4781530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022949
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 63 -
Rwork0.281 1240 -
all-1303 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6769-0.2816-0.73570.24080.03971.8660.0313-0.18080.16380.0350.06840.2172-0.2269-0.4929-0.09970.4293-0.03080.1050.67170.06360.353918.784-40.27516.658
21.26560.11590.53161.8667-0.17221.70350.0741-0.03740.10490.03160.0280.2369-0.1554-0.2864-0.1020.2779-0.0060.01450.35940.02350.046641.605-36.064-1.036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 318
2X-RAY DIFFRACTION1A454 - 999
3X-RAY DIFFRACTION2A319 - 453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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