PDB-7pd5: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphogl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pd5

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 5.5 in complex with 4-aminobenzoic acid

要素

Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Glucose / UDP / thermostable / GTA-fold

機能・相同性

glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / nucleotide binding / metal ion binding / 4-AMINOBENZOIC ACID / Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

機能・相同性情報

生物種

Mycolicibacterium hassiacum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 5.5 in complex with 4-aminobenzoic acid
著者: Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Empadinhas, N. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.

履歴

登録	2021年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pd5.cif.gz	156.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pd5.ent.gz	101.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7pd5_validation.pdf.gz	673.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pd5_full_validation.pdf.gz	675.2 KB	表示
XML形式データ	7pd5_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	7pd5_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7p8gS 7p5l S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

ヘテロ分子

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.272, 100.272, 123.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁
Space group name Hall	I4bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1,x+1/2,z+5/4 #7: y+1,-x+1/2,z+5/4 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase 分子量: 35151.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence KLAAALEHHHHHH corresponds to the linker and hexahistidine tag used for protein purification 由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 株: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / 遺伝子: gpgS, C731_3243, MHAS_02845 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: K5B7Z4, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PAB / 4-AMINOBENZOIC ACID / 4-アミノ安息香酸分子量: 137.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 3 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→46.65 Å / Num. obs: 44461 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 52.01 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 14143 / CC_1/2: 0.419 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7P8G

7p8g

解像度: 1.95→46.65 Å / SU ML: 0.2733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.323
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2111	2177	4.91 %
R_work	0.1866	42117	-
obs	0.1877	44294	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2219	0	29	83	2331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	2289
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8858	3132
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0556	385
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0096	402
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.749	825

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.99	0.4312	124	0.4259	2587	X-RAY DIFFRACTION	97.41
1.99-2.04	0.3854	168	0.3769	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.04-2.09	0.3728	140	0.3405	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.09-2.15	0.2996	142	0.3107	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.15-2.21	0.3111	139	0.2904	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.21-2.28	0.2694	125	0.2668	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.28-2.36	0.2975	139	0.2587	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.36-2.46	0.2202	131	0.2273	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.46-2.57	0.2506	133	0.2311	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.57-2.7	0.251	149	0.2167	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.7-2.87	0.2873	138	0.2476	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.1	0.2673	107	0.2198	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.1-3.41	0.2083	143	0.2078	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.41-3.9	0.1986	147	0.1589	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.9-4.91	0.1457	129	0.1331	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.28
4.91-46.65	0.1693	123	0.1521	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.40762507752	-1.68261162306	2.14183984357	5.47507922803	0.109241404952	2.86003430429	-0.142719909016	-0.195096315955	0.0289194282249	-0.473881140826	0.342061714957	0.621298727468	0.160227086053	-1.1691438789	-0.212288454941	0.641037732142	-0.204244072863	0.0422116868631	1.00023215101	0.268897803823	0.884755647218	-12.5334545094	-21.8072175541	1.05674000324
2	3.43628254216	0.670529421666	-0.157020148772	2.7677023791	-0.585963027726	5.36273192922	0.0247636224672	-0.308297960543	-0.288701152186	0.173690853204	0.0277086694273	-0.0767832263145	0.476989227561	0.240568153319	-0.052867516676	0.541284346263	0.00241534591138	0.00148863251486	0.405147100161	0.075295441274	0.465120702409	13.0234801923	-27.7507013421	11.1439546254
3	4.90828170902	-1.08675221774	-1.29704138953	1.00371935304	0.3642358891	5.73330805032	0.150689559013	-0.0358003869332	0.0440480395763	-0.213106313445	-0.0905470796829	-0.26202820587	0.257204769806	0.386273642188	-0.0510094853525	0.611619208371	-0.00814836195585	0.00977539083709	0.446333640241	0.0622618662709	0.540942073587	18.9608876411	-22.5123808396	-1.36885321058
4	4.53975022406	-0.324532936593	0.474647557302	4.37980651255	-1.12548636912	5.16191094968	0.0361736996497	-0.194350703033	0.0461007461133	0.277792992714	0.158509594681	0.752514476666	0.286264171812	-0.864580463165	-0.181153284749	0.556373810028	-0.0841641879205	0.0399518305742	0.614832755718	0.144359940717	0.592295529356	-0.0904994750918	-25.1973997678	6.48806907841
5	2.99650508783	-2.14778487072	-0.158073348577	4.72766360834	-1.73412693734	2.3725947609	-0.113065078001	-0.679849732857	-0.509427521592	0.432705808614	0.421423156875	0.403168034537	0.0889586372247	-0.62252219928	-0.290281000207	0.439848033654	0.0249889551804	0.0501111866199	0.647247844459	0.124131536058	0.48856355199	-4.45810457493	-8.99953243968	0.88685925062
6	3.41024883485	-0.185709058149	-0.344219534022	2.52923793115	-1.08303843768	1.52205476893	0.247524357837	-0.0778684258342	0.0386128753515	-0.191066038088	-0.136779364513	0.173810574574	0.348115798724	-0.174861718079	-0.0963796508839	0.541144743584	-0.0464327629262	-0.0101399395068	0.592612810402	0.0609372683633	0.503770696776	3.70449580195	-19.2736886066	-5.88717408716
7	2.11060704235	0.498343941891	-1.17749230783	5.14313842053	-1.42508768182	2.97150215969	-0.153649716235	0.0469402881598	0.168888169761	0.810226162835	0.211783161258	0.545803364226	-0.77277861405	0.752318734432	-0.0906952455751	0.610515557445	-0.0742132163414	0.0334008982483	0.916195350961	0.231711775632	0.601954357897	-3.49638094208	-16.7897318709	7.45125117527
8	6.34612673655	-0.568959823946	-1.07671223069	6.24135981227	0.919668436057	4.78969669941	-0.126404844557	-0.650426054837	0.37684547543	0.233748564548	0.201649394253	-0.66827885197	-0.0970037047664	0.672738511655	-0.0688956509058	0.507846816216	0.0756838638781	0.015379157432	0.681708131127	-0.0274765473374	0.594327389713	9.26668687391	0.0818480817682	-0.517534243503
9	7.17649723207	-0.507844528133	-0.492634548713	3.08200544295	1.53585216497	8.13720724157	0.0931848001802	0.076351011666	-0.527617791032	-0.347355291273	-0.000692044478992	-0.165738699766	0.692375107629	0.110866140228	-0.124460315724	0.603660444349	0.0293974311047	0.0587566983009	0.587078202217	0.0638771976478	0.484473092366	15.5232357707	-20.1552630214	-10.1726518256

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 37 )	2 - 37	1 - 36
2	2	chain 'A' and (resid 38 through 93 )	38 - 93	37 - 92
3	3	chain 'A' and (resid 94 through 121 )	94 - 121	93 - 120
4	4	chain 'A' and (resid 122 through 178 )	122 - 178	121 - 165
5	5	chain 'A' and (resid 179 through 206 )	179 - 206	166 - 193
6	6	chain 'A' and (resid 207 through 237 )	207 - 237	194 - 224
7	7	chain 'A' and (resid 238 through 256 )	238 - 256	225 - 243
8	8	chain 'A' and (resid 257 through 298 )	257 - 298	244 - 281
9	9	chain 'A' and (resid 299 through 320 )	299 - 320	282 - 303

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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