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- PDB-7pcv: Crystal structure of RBM5 RRM1-zinc finger -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pcv
タイトルCrystal structure of RBM5 RRM1-zinc finger
要素RNA-binding protein 5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM domain / zinc finger domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / RNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding ...regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / RNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / apoptotic process / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others ...RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / RRM (RNA recognition motif) domain / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Soni, K. / Jagtap, P.K.A. / Sattler, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for specific RNA recognition by the alternative splicing factor RBM5.
著者: Soni, K. / Jagtap, P.K.A. / Martinez-Lumbreras, S. / Bonnal, S. / Geerlof, A. / Stehle, R. / Simon, B. / Valcarcel, J. / Sattler, M.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 5
B: RNA-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0894
ポリマ－27,9592
非ポリマー1312
水66737
1
A: RNA-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0452
ポリマ－13,9791
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0452
ポリマ－13,9791
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.380, 39.880, 96.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein 5 / Protein G15 / Putative tumor suppressor LUCA15 / RNA-binding motif protein 5 / Renal carcinoma ...Protein G15 / Putative tumor suppressor LUCA15 / RNA-binding motif protein 5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-9


分子量: 13979.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM5, H37, LUCA15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52756
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M BICINE pH 8.5, 12% PEG 6000, 10% 1M cesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→33.22 Å / Num. obs: 8712 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.067 % / Biso Wilson estimate: 52.36 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 0.872 / Net I/σ(I): 5.45 / Num. measured all: 26716
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.42-2.492.7331.1830.914626535350.2471.45881.9
2.49-2.552.9731.1431.0418616386260.3161.3998.1
2.55-2.632.9880.9351.3717966096010.4451.13998.7
2.63-2.712.9380.751.5717456015940.6030.91498.8
2.71-2.82.810.6251.8316616025910.6480.7798.2
2.8-2.92.9110.5092.1515435425300.7520.62397.8
2.9-3.013.1280.442.7217055505450.8030.53199.1
3.01-3.132.9610.3383.2415225235140.8610.41298.3
3.13-3.273.1670.2414.7216155165100.9230.29198.8
3.27-3.433.3710.1885.7615614634630.9690.223100
3.43-3.613.2950.1367.7316084914880.9770.16299.4
3.61-3.833.2410.1198.8113064054030.9790.14499.5
3.83-4.13.3280.1049.7314014254210.9880.12599.1
4.1-4.423.2650.08811.312803933920.9910.10599.7
4.42-4.853.1570.08412.2310643403370.9870.10199.1
4.85-5.422.8840.07811.289233243200.9890.09598.8
5.42-6.263.1340.08811.149152942920.9840.10699.3
6.26-7.663.1550.07212.137732462450.9880.08699.6
7.66-10.843.2950.06113.886361931930.9940.073100
10.84-33.223.0270.05114.933391171120.9990.06295.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.42→33.22 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3131 436 5.01 %
Rwork0.2584 8272 -
obs0.2613 8708 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.94 Å2 / Biso mean: 58.162 Å2 / Biso min: 23.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.42→33.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1850 0 2 37 1889
Biso mean--46.86 51.44 -
残基数----232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.42-2.770.41821400.36372648278895
2.77-3.490.37451450.29632759290499
3.49-33.220.27081510.22242865301699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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