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- PDB-7pcs: Structure of the heterotetrameric SDR family member BbsCD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pcs
タイトルStructure of the heterotetrameric SDR family member BbsCD
要素
  • BbsC
  • BbsD
キーワードOXIDOREDUCTASE / SDR family / pseudoenzyme / heterotetramer / anaerobic toluene degradation / enzyme / dehydrogenase
機能・相同性Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / BbsD / BbsC
機能・相同性情報
生物種Thauera aromatica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Heider, J. / von Horsten, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB987 ドイツ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Inactive pseudoenzyme subunits in heterotetrameric BbsCD, a novel short-chain alcohol dehydrogenase involved in anaerobic toluene degradation.
著者: von Horsten, S. / Lippert, M.L. / Geisselbrecht, Y. / Schuhle, K. / Schall, I. / Essen, L.O. / Heider, J.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BbsC
B: BbsD
C: BbsC
D: BbsD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,08314
ポリマ－103,0194
非ポリマー2,06410
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.600, 68.600, 191.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 7 through 25 or resid 27...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 7 through 25 or resid 27...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 2 through 196 or (resid 197...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 2 through 195 or (resid 196...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYLEUA1 - 19
d_12ens_1LEULEUA21 - 138
d_13ens_1TYRLYSA140 - 202
d_14ens_1LEUILEA204 - 244
d_21ens_1GLYLEUC1 - 19
d_22ens_1LEULEUC21 - 138
d_23ens_1TYRLYSC140 - 202
d_24ens_1LEUILEC204 - 244
d_11ens_2GLYVALB1 - 238
d_12ens_2GLYGLYB240 - 241
d_13ens_2SERGLYB243 - 247
d_21ens_2GLYVALD1 - 238
d_22ens_2GLYGLYD240 - 241
d_23ens_2SERGLYD243 - 247

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.781841730842, -0.622808271108, -0.0288680680742), (-0.622778948202, -0.782319174085, 0.0110946624807), (-0.0294938907313, 0.00930415495484, -0.999521657149)-4.09498344491, -14.7238246861, 60.4532505971
2given(0.780328956579, -0.624875622735, -0.0248430198554), (-0.624638996657, -0.780721730455, 0.0173119453066), (-0.0302132980554, 0.00200890677898, -0.999541455325)-4.13657712504, -14.7520779035, 60.6124212979

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要素

#1: タンパク質 BbsC


分子量: 25310.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pseudoenzyme subunit BbsC / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 遺伝子: bbsC / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KJF2
#2: タンパク質 BbsD


分子量: 26198.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Enzymatic subunits of BbsCD heterotetramer / 由来: (組換発現) Thauera aromatica (バクテリア) / 遺伝子: bbsD / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KJF1
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35 mg/ml BbsCD, 2mM NAD+, 2mM benzylsuccinyl-CoA, 0.2 M Mg(CH3COO)2, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5 and 20% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.894 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→43.54 Å / Num. obs: 46066 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 6818 / CC1/2: 0.858 / Rpim(I) all: 0.247 / Rrim(I) all: 0.461 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→29.7 Å / SU ML: 0.2064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.5641
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 961 2.09 %
Rwork0.1842 45091 -
obs0.1847 46052 96.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7100 0 136 297 7533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00587393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.772310032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04771180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00711307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.71282656
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.621576630846
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.720654086911
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.370.27581520.26256552X-RAY DIFFRACTION97.3
2.37-2.520.28281560.23736499X-RAY DIFFRACTION97.7
2.52-2.710.2181960.21836553X-RAY DIFFRACTION97.31
2.71-2.990.25931500.21556488X-RAY DIFFRACTION96.83
2.99-3.420.24561410.20396407X-RAY DIFFRACTION96.01
3.42-4.30.18441370.15886330X-RAY DIFFRACTION94.98
4.3-29.70.1621290.1496262X-RAY DIFFRACTION93.44
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.766169122474-0.2036232165380.001077103657840.142197134882-0.0221655861780.0257387594663-0.1015602071280.0927631596609-0.0154991802678-0.07315517252340.0152529945969-0.2775968987610.01851892555960.145359747969-0.08566228742460.202556393933-0.1387308307340.09388047959151.01166478296-0.04720049533010.56565040574527.178600906-4.221089969677.80234615756
21.890818649870.146023641301-0.3381116187470.531628656494-0.1067373187111.29869867694-0.2163818122050.154198493925-0.177802891609-0.03508720104130.122031121163-0.1774430241350.1904740687560.4552944156520.08426729696540.189997386112-0.001440022784780.04189843451330.766538643009-0.06071698053270.43986036569314.8614541962-9.9812408042519.1510300038
33.853655089470.917406133732-0.4862705330262.67771100583-0.4866129138033.36195858873-0.0286880863941-0.08879720185070.2589020719070.247043956470.2503979717380.079764411996-0.51209272421-0.141177349013-0.1893934222980.3397740142530.01697960437030.006788592170770.4745781283360.01489752723150.252428108894-6.5132703427712.151637959510.9960656326
41.561935900771.08670631855-1.654110846091.29159861241-0.6560456266192.297685354110.0638428349267-0.1953365228680.1449960631210.03977997836470.1652775989520.386340957963-0.56197889598-0.497066795709-0.1695994180130.4518198986390.264194705335-0.0006107810951250.7897428150830.1055875982250.451203956421-16.011288091514.041618380210.3982724404
50.840946551324-0.134649125571-0.6066456741670.739737361638-0.5606519315346.24301293193-0.2138073529140.127555708673-0.02697441677590.1508406336880.1196280474770.0318631414671-0.399880385373-0.2531103000590.09586419546290.2966713196420.135572477050.005830656963260.649212195560.009860405046590.34246344753-11.93594921996.4824211272326.6467604105
61.26469766183-0.109744431767-0.1800371871950.769657953515-0.3400965422840.192403095538-0.1891348034920.072573710281-0.07433528583090.0599500078340.2217414187960.0818921726476-0.12607786518-0.37069095574-0.01451645998240.1743057010020.0843690839529-0.003576182624840.7108605885010.01598364611430.370770391507-10.9427761009-1.2577220691822.3198646796
73.137952749860.0029158155831-0.02172538470971.05777254847-1.326030069682.74656932528-0.072302376031-0.7583887344040.7971848385940.593734658042-0.2349638781340.248690958922-0.861761390905-0.3513879267260.338345218030.4815704451090.122659818657-0.007417571578060.714282425462-0.1887938714070.541951720544-1.0760525560311.613161145525.0052559914
82.487566091710.0882615768961-0.2024310222541.031972024151.823426770393.273472996820.0243159294961-1.169836240790.6784327310931.145892700310.1604250660950.12658755582-0.737641499136-0.0959693587092-0.1988270414340.99300209961-0.07121706403860.006274330166161.01648685475-0.3458824609280.7035983783937.9386113898915.600204516834.2507617343
91.24441499934-0.1674106402620.9687303506531.0427171721-1.023374141661.53710604672-0.1737722308270.00418336689119-0.06498519700910.127505982650.034331697319-0.0501254993258-0.327265814629-0.08770244760090.1270974680090.18571122873-0.00562975736285-0.001746612657420.496186478264-0.0326194834630.3174158756823.892539687832.432423439519.4290001038
100.826315886415-0.441245101830.1239687027260.377893834059-0.09167427144470.0232130487652-0.006950070784140.111591239959-0.131488142104-0.0799736168587-0.10575975845-0.2287089879390.1454704211780.179560203076-0.2257227056020.7502856304030.5430373836480.03434774135130.7884560275620.08866022743650.55754206011519.5391139139-28.304405253651.8094372458
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121.92763686974-0.2294999486720.6334834407591.50517591655-0.2514634132182.015456341-0.0294630131518-0.000382181475896-0.1438665219020.1599950203540.1929121620240.2286807371790.193808545439-0.481412897958-0.1277385719490.4205972943540.05864672333430.10922107270.706920941230.09875808320440.394914517499-17.2646780485-19.921900380549.8626017977
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 82 )AA7 - 821 - 76
22chain 'A' and (resid 83 through 250 )AA83 - 25077 - 244
33chain 'B' and (resid 2 through 38 )BB2 - 381 - 37
44chain 'B' and (resid 39 through 80 )BB39 - 8038 - 79
55chain 'B' and (resid 81 through 102 )BB81 - 10280 - 101
66chain 'B' and (resid 103 through 174 )BB103 - 174102 - 173
77chain 'B' and (resid 175 through 195 )BB175 - 195174 - 194
88chain 'B' and (resid 196 through 213 )BB196 - 213195 - 212
99chain 'B' and (resid 214 through 248 )BB214 - 248213 - 247
1010chain 'C' and (resid 7 through 82 )CC7 - 821 - 76
1111chain 'C' and (resid 83 through 250 )CC83 - 25077 - 244
1212chain 'D' and (resid 2 through 38 )DD2 - 381 - 37
1313chain 'D' and (resid 39 through 80 )DD39 - 8038 - 79
1414chain 'D' and (resid 81 through 102 )DD81 - 10280 - 101
1515chain 'D' and (resid 103 through 174 )DD103 - 174102 - 173
1616chain 'D' and (resid 175 through 195 )DD175 - 195174 - 194
1717chain 'D' and (resid 196 through 213 )DD196 - 213195 - 212
1818chain 'D' and (resid 214 through 248 )DD214 - 248213 - 247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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