PDB-7pb3: Structural and Functional analysis of the Proline Racemase (ProR)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pb3

タイトル

Structural and Functional analysis of the Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoanaerobium sticklandii

要素

Proline racemase A (AsProR)

キーワード

ISOMERASE / pyridoxal 5-phosphate-independent racemase / diaminopimelate epimerase-like (DAPE) fold / stereo inversion / pyrrole 2-carboxylate / Gram-positive bacterium

機能・相同性

proline racemase / 4-hydroxyproline epimerase activity / Proline racemase family / Proline racemase / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / Proline racemase

機能・相同性情報

生物種

Acetoanaerobium sticklandii

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.841 Å

データ登録者

Najmudin, S. / Pan, X.-S. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Functional analysis of the Proline Racemase (ProR) from the Gram-positive bacterium Acetoanaerobium sticklandii
著者: Najmudin, S. / Pan, X.-S. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pb3.cif.gz	492 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pb3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pb3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pb3_validation.pdf.gz	851.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pb3_full_validation.pdf.gz	885.5 KB	表示
XML形式データ	7pb3_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	7pb3_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pb3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a3fC 8a4rC 6j7cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Proline racemase A (AsProR)

BBB: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

AAA: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

BBB: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

BBB: Proline racemase A (AsProR)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.041, 109.041, 105.163
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Proline racemase A (AsProR) 分子量: 37942.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: DSMZ (Leibniz Institute, DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH) 由来: (組換発現) Acetoanaerobium sticklandii (strain ATCC 12662 / DSM 519 / JCM 1433 / NCIMB 10654) (バクテリア) 株: ATCC 12662 / DSM 519 / JCM 1433 / NCIMB 10654 / 遺伝子: prdF, CLOST_2228 / プラスミド: pET-29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): lambdaDE3 pLysS / 参照: UniProt: E3PTZ4
#2: 化合物	ChemComp-PYC / PYRROLE-2-CARBOXYLATE / 1H-ピロ-ル-2-カルボキシラ-ト分子量: 110.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % 解説: Initial hits were obtained within a week. Subsequently improved by streak seeding and further optimisation screens around hit condition
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.26 M Ammonium Sulphate, 100 mM Cacodylate, pH 6.5 at rtp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.84→109.1 Å / Num. obs: 9545 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 109.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.84→3.29 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 1.877 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 734 / CC_1/2: 0.584 / R_pim(I) all: 0.769 / % possible all: 68.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
STARANISO		データスケーリング
DIALS		データスケーリング
MoRDa		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6j7c

6j7c

解像度: 2.841→77.223 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / WR_factor R_free: 0.334 / WR_factor R_work: 0.243 / SU B: 56.225 / SU ML: 0.534 / Average fsc free: 0.754 / Average fsc work: 0.804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.853 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3296	542	5.687 %
R_work	0.2513	8988	-
all	0.256	-	-
obs	-	9530	61.432 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 126.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.282 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.282 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.564 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.841→77.223 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5172	0	16	0	5188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	5072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.642	7136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.058	1.579	11764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.703	5	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.879	24.828	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.383	15	956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.501	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	6416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.741	8.34	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.741	8.34	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.996	12.51	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.996	12.51	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.32	8.49	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.32	8.491	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.429	12.688	3791
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.429	12.689	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.513	105.24	6454
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.513	105.236	6455

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.841-2.914	0.644	3	0.296	35	X-RAY DIFFRACTION	3.3688
2.914-2.994	0.452	2	0.247	68	X-RAY DIFFRACTION	6.4635
2.994-3.081	0.408	4	0.385	129	X-RAY DIFFRACTION	12.4765
3.081-3.176	0.41	13	0.41	175	X-RAY DIFFRACTION	18.2524
3.176-3.28	0.49	14	0.424	239	X-RAY DIFFRACTION	24.9016
3.28-3.395	0.414	21	0.398	372	X-RAY DIFFRACTION	40.3491
3.395-3.523	0.527	27	0.378	533	X-RAY DIFFRACTION	59.322
3.523-3.666	0.387	50	0.381	688	X-RAY DIFFRACTION	82.5503
3.666-3.829	0.386	43	0.34	786	X-RAY DIFFRACTION	95.397
3.829-4.016	0.355	36	0.316	652	X-RAY DIFFRACTION	81.8074
4.016-4.233	0.36	39	0.28	765	X-RAY DIFFRACTION	99.0148
4.233-4.489	0.241	39	0.226	705	X-RAY DIFFRACTION	99.4652
4.489-4.798	0.348	47	0.212	671	X-RAY DIFFRACTION	99.446
4.798-5.182	0.319	44	0.234	628	X-RAY DIFFRACTION	99.7033
5.182-5.675	0.325	36	0.246	581	X-RAY DIFFRACTION	99.5161
5.675-6.343	0.324	31	0.271	532	X-RAY DIFFRACTION	99.646
6.343-7.32	0.436	27	0.254	484	X-RAY DIFFRACTION	99.6101
7.32-8.956	0.366	31	0.19	408	X-RAY DIFFRACTION	99.7727
8.956-12.623	0.214	25	0.17	328	X-RAY DIFFRACTION	100
12.623-77.223	0.32	10	0.25	209	X-RAY DIFFRACTION	99.095

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.474	-1.0557	0.1702	3.1892	-1.7176	3.8989	-0.126	-0.2723	-0.5605	-0.1061	0.1549	0.0948	1.001	0.1918	-0.0289	0.3174	0.0786	0.0881	0.0715	0.0484	0.6053	7.889	-26.419	-14.054
2	2.1417	-0.4837	0.0487	3.8855	-1.1827	3.9119	0.0594	-0.0913	-1.0758	0.0895	-0.1908	0.0361	1.3892	-0.0431	0.1314	0.6103	-0.0979	0.0939	0.0776	-0.0624	0.8529	1.457	-25.703	30.189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 335
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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