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- PDB-7pax: Structure of the human heterotetrameric cis-prenyltransferase com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pax
タイトルStructure of the human heterotetrameric cis-prenyltransferase complex in complex with magnesium, FsPP and IPP
要素(Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / DHDDS / NgBR / hcit / cis-prenyltransferase / dolichol
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl diphosphate biosynthetic process / protein mannosylation / Defective DHDDS causes RP59 / dolichol biosynthetic process / dehydrodolichyl diphosphate synthase complex / Synthesis of Dolichyl-phosphate / regulation of intracellular cholesterol transport / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process ...dolichyl diphosphate biosynthetic process / protein mannosylation / Defective DHDDS causes RP59 / dolichol biosynthetic process / dehydrodolichyl diphosphate synthase complex / Synthesis of Dolichyl-phosphate / regulation of intracellular cholesterol transport / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / vascular endothelial growth factor signaling pathway / protein glycosylation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cholesterol homeostasis / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / angiogenesis / cell differentiation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit Nus1 / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FPS / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS / Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Giladi, M. / Lisnyansky Bar-El, M. / Haitin, Y.
資金援助 イスラエル, 7件
組織認可番号国
Other privateICRF-19202 イスラエル
Israel Science Foundation1721/16 イスラエル
Other privateRecanati Foundation for Medical Research イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentI2425418.13/2016 イスラエル
Other governmentICORE-1775/12 イスラエル
Other privateTel Aviv Sourasky Medical Center Orion Project イスラエル
Other privateICA-20200037 イスラエル
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for long-chain isoprenoid synthesis by cis -prenyltransferases.
著者: Giladi, M. / Lisnyansky Bar-El, M. / Vankova, P. / Ferofontov, A. / Melvin, E. / Alkaderi, S. / Kavan, D. / Redko, B. / Haimov, E. / Wiener, R. / Man, P. / Haitin, Y.
履歴
登録2021年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS
B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0825
ポリマ－63,4142
非ポリマー6693
水1,42379
1
A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS
B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1
ヘテロ分子

A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS
B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,16510
ポリマ－126,8274
非ポリマー1,3386
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_566x-y+2/3,-y+4/3,-z+4/31
Buried area13360 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area44090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.987, 183.987, 112.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-543-

HOH

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要素

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Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS / Cis-isoprenyltransferase / Cis-IPTase / Cis-prenyltransferase subunit hCIT / Epididymis tissue protein Li 189m


分子量: 39201.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHDDS, HDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86SQ9, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]
#2: タンパク質 Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1 / Cis-prenyltransferase subunit NgBR / Nogo-B receptor / NgBR / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate ...Cis-prenyltransferase subunit NgBR / Nogo-B receptor / NgBR / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate synthase 1 homolog


分子量: 24211.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUS1, C6orf68, NGBR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96E22, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]

-
非ポリマー , 4種, 82分子

#3: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FPS / S-[(2E,6E)-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / FARNESYL THIOPYROPHOSPHATE / チオピロりん酸ファルネシル


分子量: 398.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M MES, 33% w/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46 Å / Num. obs: 47371 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 20.9 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 22.94
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 7888 / CC1/2: 0.696 / Rrim(I) all: 2.005

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z1N

6z1n


解像度: 2→41.134 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 26.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 2018 4.26 %
Rwork0.2047 --
obs0.2059 47359 96.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.134 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4032 0 39 79 4150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7745714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8521497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.05010.36421470.31433314X-RAY DIFFRACTION100
2.0501-2.10550.33961490.29583323X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.16750.30721490.26823368X-RAY DIFFRACTION100
2.1675-2.23740.28961390.25623129X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.31740.241950.23592051X-RAY DIFFRACTION99
2.3174-2.41020.29051480.23413353X-RAY DIFFRACTION100
2.4102-2.51980.25661500.22853354X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.65270.25441500.2313362X-RAY DIFFRACTION100
2.6527-2.81880.26961430.23193345X-RAY DIFFRACTION100
2.8188-3.03640.28881510.2523361X-RAY DIFFRACTION100
3.0364-3.34180.27221470.23423363X-RAY DIFFRACTION100
3.3418-3.82510.23121430.19883235X-RAY DIFFRACTION96
3.8251-4.8180.19571470.16363303X-RAY DIFFRACTION97
4.818-41.1340.1961600.18493480X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.91525.1685-4.55999.7196-4.70945.87580.25040.45350.8226-0.1362-0.0166-0.0342-0.61540.3866-0.51510.41660.01230.03760.54850.04740.52985.269118.327136.882
21.3554-0.30480.0991.5863-0.04571.65640.07870.1260.45980.0566-0.1071-0.466-0.34990.15640.0340.3662-0.0613-0.03310.40130.10830.602428.5227122.412237.0268
34.7697-0.52394.56841.1442-0.48455.99350.0842-0.2192-0.51880.4150.27920.0736-0.0366-0.0641-0.38220.46430.01110.00370.45970.02670.40326.5661108.215255.5584
41.4586-1.10331.12711.032-2.04667.3684-0.3494-0.15510.33340.39230.08920.1069-0.4994-0.50550.42960.8165-0.1082-0.24050.4428-0.05010.78439.9123.762867.312
57.0002-2.884-3.63913.4315.08337.9348-0.2525-0.2575-0.46690.5184-0.0102-0.05421.1565-0.16180.15430.57140.0368-0.02650.56250.19790.581637.90887.344837.4427
61.9743-1.73360.55916.13211.48722.66220.1332-0.1019-0.0370.3082-0.177-0.40940.41740.0964-0.02580.50540.0272-0.08330.56690.06790.432237.450690.735846.9972
77.8242-3.1194-0.92023.06033.14574.3559-0.5796-0.4307-0.34480.54550.46620.33370.89510.69390.14790.84560.1204-0.10140.6760.1760.517542.381581.097949.0007
80.80891.1695-0.232.97550.62341.5329-0.03820.10220.56230.4323-0.071-1.4188-0.04830.55940.08460.4939-0.0447-0.23510.76360.08580.983949.2553108.476950.2699
90.6241-0.9857-0.70744.6459-0.88573.52380.11670.14740.1493-0.0288-0.1855-0.24770.16850.22310.06950.30260.0042-0.05340.50910.05690.468634.160798.488337.362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 236 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 237 through 282 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 283 through 327 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 78 through 113 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 114 through 144 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 145 through 176 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 177 through 230 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 231 through 293 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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