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- PDB-7pae: The crystal structure of Deltarasin in complex with PDE6D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pae
タイトルThe crystal structure of Deltarasin in complex with PDE6D
要素Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
キーワードPROTEIN BINDING / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / RAS processing / small GTPase binding / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cilium / intracellular membrane-bounded organelle ...ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / RAS processing / small GTPase binding / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cilium / intracellular membrane-bounded organelle / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / deltarasin / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Beaumont, E. / Williams, D.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA202756
引用ジャーナル: Blood Cancer J / 年: 2022
タイトル: Validation of a small molecule inhibitor of PDE6D-RAS interaction with favorable anti-leukemic effects.
著者: Canovas Nunes, S. / De Vita, S. / Anighoro, A. / Autelitano, F. / Beaumont, E. / Klingbeil, P. / McGuinness, M. / Duvert, B. / Harris, C. / Yang, L. / Pokharel, S.P. / Chen, C.W. / Ermann, M. ...著者: Canovas Nunes, S. / De Vita, S. / Anighoro, A. / Autelitano, F. / Beaumont, E. / Klingbeil, P. / McGuinness, M. / Duvert, B. / Harris, C. / Yang, L. / Pokharel, S.P. / Chen, C.W. / Ermann, M. / Williams, D.A. / Xu, H.
履歴
登録2021年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0173
ポリマ－19,3531
非ポリマー6642
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.843, 55.843, 116.524
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-419-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / GMP-PDE delta / Protein p17


分子量: 19352.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE6D, PDED / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43924
#2: 化合物 ChemComp-O7T / deltarasin / 2-phenyl-1-[(1~{S})-2-[4-[1-(phenylmethyl)benzimidazol-2-yl]phenoxy]-1-piperidin-4-yl-ethyl]benzimidazole


分子量: 603.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H37N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 % / 解説: hexagonal rods
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.8 / 詳細: 0.1M Na acetate pH3.8, PEG300 29.50% / PH範囲: 3.6-4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.36 Å / Num. obs: 18659 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4623 / CC1/2: 0.725 / Rpim(I) all: 0.484 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
DIMPLE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NAL

5nal


解像度: 1.85→48.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Blow DPI: 0.114 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.11
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 943 5.07 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 18615 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 110.66 Å2 / Biso mean: 38.13 Å2 / Biso min: 21.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5835 Å20 Å20 Å2
2---5.5835 Å20 Å2
3---11.1669 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1218 0 50 127 1395
Biso mean--37.77 45.88 -
残基数----149
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d460SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes238HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1317HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion159SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1500SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1317HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1780HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.45
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 14 3.53 %
Rwork0.2241 383 -
all0.2259 397 -
obs--98.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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