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- PDB-7p9w: Epstein-Barr virus encoded apoptosis regulator BHRF1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p9w
タイトルEpstein-Barr virus encoded apoptosis regulator BHRF1 in complex with Puma BH3
要素
  • Apoptosis regulator BHRF1
  • Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
キーワードAPOPTOSIS / BHRF-1 / Bcl-2 / Epstein-Barr virus
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / symbiont-mediated suppression of host autophagy / T cell apoptotic process / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process / Activation of PUMA and translocation to mitochondria ...positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / symbiont-mediated suppression of host autophagy / T cell apoptotic process / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / execution phase of apoptosis / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / host cell membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / host cell mitochondrion / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / release of cytochrome c from mitochondria / determination of adult lifespan / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / DNA damage response / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / 1,3-PROPANDIOL / PHOSPHATE ION / Apoptosis regulator BHRF1 / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.00010064633 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of Epstein-Barr Virus Bcl-2 Homolog BHRF1 Bound to Bid and Puma BH3 Motif Peptides.
著者: Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2021年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator BHRF1
B: Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,22125
ポリマ－23,0592
非ポリマー1,16223
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.772, 62.772, 92.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Apoptosis regulator BHRF1 / Early antigen protein R / EA-R / Nuclear antigen


分子量: 19848.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: BHRF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03182
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2 / JFY-1 / p53 up-regulated modulator of apoptosis


分子量: 3210.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1

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非ポリマー , 7種, 79分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M Ammonium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.88 Å / Num. obs: 14768 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 32.9318121567 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.992 / Num. unique obs: 1053 / CC1/2: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XPX

2xpx


解像度: 2.00010064633→35.2465186007 Å / SU ML: 0.219989114422 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33751952487 / 位相誤差: 25.9130784494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256882827465 722 4.90156143924 %
Rwork0.219650371857 14008 -
obs0.221447812589 14730 99.8035097229 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.9736061707 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00010064633→35.2465186007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1418 0 61 56 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001767620800321487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4119930816442003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0290843368927219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00283527050189252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1402002144863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.00010064633-2.15450.3190591575941180.2873843968792763X-RAY DIFFRACTION99.7921718046
2.1545-2.37130.266044573371340.2468370294472757X-RAY DIFFRACTION99.7928891957
2.3713-2.71430.2672107758831550.2264076977462784X-RAY DIFFRACTION99.898028552
2.7143-3.41930.2592176723251670.2198497429642764X-RAY DIFFRACTION99.8977505112
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 93.5433610824 Å / Origin y: -12.3516755543 Å / Origin z: 5.31897999283 Å
111213212223313233
T0.261595120868 Å2-0.0190761920424 Å2-0.0100438664959 Å2-0.228245283867 Å2-0.0131631405913 Å2--0.252150201733 Å2
L1.13265784223 °2-0.109242677499 °20.456039225959 °2-1.78138854189 °20.701418788726 °2--2.31813948912 °2
S0.0543283108051 Å °0.0624198297159 Å °0.0173431514983 Å °-0.00560847646872 Å °0.0395941807937 Å °-0.11296135727 Å °0.20160559493 Å °0.0973999547206 Å °7.55001853869E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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