ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MxCuBE | 3 | データ収集 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | Coot | 0.9.4モデル構築 | PHASER | 1.19.2_4158位相決定 | PHENIX | 1.19.2_4158精密化 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7NCZ 解像度: 1.87→36.41 Å / SU ML: 0.2074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.9231 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2096 | 983 | 5 % |
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Rwork | 0.1671 | 18669 | - |
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obs | 0.1692 | 19652 | 98.27 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.52 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→36.41 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1742 | 0 | 73 | 134 | 1949 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.0093 | 1884 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.1166 | 2579 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.0624 | 323 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.008 | 326 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d18.5421 | 633 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.87-1.97 | 0.3033 | 125 | 0.2512 | 2374 | X-RAY DIFFRACTION | 89.06 | 1.97-2.09 | 0.2714 | 139 | 0.2 | 2646 | X-RAY DIFFRACTION | 99.46 | 2.09-2.25 | 0.2799 | 140 | 0.1815 | 2661 | X-RAY DIFFRACTION | 99.72 | 2.25-2.48 | 0.218 | 141 | 0.1796 | 2682 | X-RAY DIFFRACTION | 99.86 | 2.48-2.84 | 0.2481 | 142 | 0.1946 | 2698 | X-RAY DIFFRACTION | 99.75 | 2.84-3.57 | 0.242 | 145 | 0.1744 | 2740 | X-RAY DIFFRACTION | 99.93 | 3.57-36.41 | 0.1585 | 151 | 0.1416 | 2868 | X-RAY DIFFRACTION | 99.97 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 2.39751669845 | -0.996170149148 | 2.07311450794 | 5.40749298088 | -3.00059156346 | 7.48644809112 | -0.112846678288 | 0.240139713962 | 0.0497821142659 | -0.31021168399 | 0.0721941370376 | -0.314164951862 | 0.384162523658 | 0.35448692835 | 0.0525863702086 | 0.309011290563 | 0.0160668179159 | 0.0334429868283 | 0.30837626058 | -0.0546622527726 | 0.333352724763 | 4.25240878044 | 12.8757431826 | 5.26860606925 | 2 | 1.77136151783 | 0.541954503485 | 0.877785077776 | 4.22194053166 | 1.0719347698 | 3.51833646425 | -0.0158847105056 | -0.138580642307 | 0.060004548369 | 0.42842950592 | 0.0605513605144 | -0.124449506065 | -0.00573913104621 | -0.0608880298329 | -0.0124069664452 | 0.271115206446 | 0.0196296497294 | -0.0233903208858 | 0.291253098881 | 0.00133230468784 | 0.277178303455 | 1.01890557328 | 23.3369483218 | 20.7839257836 | 3 | 2.89182031897 | 1.29704499225 | -1.816399452 | 2.65161396249 | 0.889915295626 | 3.85208343337 | -0.31776363345 | -0.150100289921 | 0.0644713172429 | 0.14465365952 | 0.341498547047 | -0.116566686101 | -0.039803958404 | -0.184924468285 | 0.0112271546456 | 0.339384466417 | 0.0101152420061 | -0.120256557092 | 0.19548803904 | -0.0650500034104 | 0.358680431649 | 2.06931958501 | 15.9096541437 | 17.4391353656 |
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth seq-ID | Label seq-ID |
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1 | 1 | chain 'A' and (resid 0 through 63 )0 - 63 | 1 - 42 | 2 | 2 | chain 'A' and (resid 64 through 223 )64 - 223 | 43 - 202 | 3 | 3 | chain 'A' and (resid 224 through 247 )224 - 247 | 203 - 226 | | | |
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