PDB-7p8j: Receptor-binding domain (RBD) of the spike protein of the bat cor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p8j

タイトル

Receptor-binding domain (RBD) of the spike protein of the bat coronavirus RaTG13 virus in complex with the extracellular domain of human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) - Crystal form 2

要素

Processed angiotensin-converting enzyme 2
Spike glycoprotein

キーワード

CELL INVASION / COVID-19 / Bat coronavirus / Spillover / Zoonotic viral infection / Evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / maternal process involved in female pregnancy / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / maternal process involved in female pregnancy / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / viral life cycle / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / apical plasma membrane / cilium / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 6.585 Å

データ登録者

Scietti, L. / Castelli, M. / Faravelli, S. / Clementi, N. / Mancini, N. / Forneris, F.

資金援助

イタリア,

米国,

スイス,

日本,

ベルギー, 7件

組織	認可番号	国
Italian Association for Cancer Research	MFAG 20075	イタリア
Italian Ministry of Education	PRIN 2017 2017RPHBCW_001	イタリア
Italian Ministry of Education	Department of Excellence 2018-2022	イタリア
Other private	Giovanni Armenise-Harvard Foundation Career Development Award CDA2013	米国
Other private	Velux Stiftung Opthalmology Grant id. 1375	スイス
Other private	Mizutani Foundation For Glycoscience Grant id. 200039	日本
Other government	NATO Science for Peace and Security Program Grant id. G5701	ベルギー

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Constrained Evolution of SARS-CoV-2 Spike in Rhinolophus affinis Bats
著者: Castelli, M. / Scietti, L. / Faravelli, S. / Clementi, N. / Forneris, F. / Mancini, N.

履歴

登録	2021年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p8j.cif.gz	298.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p8j.ent.gz	228.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p8j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p8j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vw1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (8) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (8) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Processed angiotensin-converting enzyme 2

B: Spike glycoprotein

C: Processed angiotensin-converting enzyme 2

D: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

197 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Processed angiotensin-converting enzyme 2

B: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
98.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Processed angiotensin-converting enzyme 2

D: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
98.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.900, 107.717, 251.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain C
1	2	chain B
2	2	chain D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	19 - 1547
2	1	1	chain C	C	19 - 1547
1	1	2	chain B	B	334 - 1345
2	1	2	chain D	D	334 - 1345

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

Processed angiotensin-converting enzyme 2

分子量: 69511.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Initial GS and final AAA sequences were introduced by molecular cloning
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / プラスミド: pUPE.06.45 / 詳細 (発現宿主): N-term His-Strep-TEV / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYF1

#2: タンパク質

Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 26265.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: cloning artifacts: GS sequence at the N-terminus and AA sequence at the C-terminus, + 6xHis-tag at the C-terminus
由来: (組換発現)

Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)
プラスミド: pCAGGS / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6B9WHD3

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 詳細: 0.2-0.25 M sodium thiocyanate, 18-23% PEG 3350, pH 6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 6.5→66.42 Å / Num. obs: 5280 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.5 % / CC_1/2: 0.979 / R_merge(I) obs: 0.459 / Net I/σ(I): 2.8
反射シェル	解像度: 6.5→7.26 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 2.905 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1424 / CC_1/2: 0.531 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VW1

6vw1

解像度: 6.585→49.516 Å / SU ML: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	145	5.51 %
R_work	0.3179	2486	-
obs	0.3195	2631	52.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 30 Å² / B_iso mean: 30 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 6.585→49.516 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12790	0	346	0	13136
B_iso mean	-	-	30	-	-
残基数	-	-	-	-	1580

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3748	X-RAY DIFFRACTION	0.486	TORSIONAL
1	2	C	3748	X-RAY DIFFRACTION	0.486	TORSIONAL
2	1	B	1212	X-RAY DIFFRACTION	0.486	TORSIONAL
2	2	D	1212	X-RAY DIFFRACTION	0.486	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度: 6.5855→49.516 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	145	-
R_work	0.3179	2486	-
obs	-	-	53 %

-
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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