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- PDB-7p85: Engineered phosphotriesterase BdPTE 10-2-C3(C59V/C227V) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p85
タイトルEngineered phosphotriesterase BdPTE 10-2-C3(C59V/C227V) in complex with ethyl-4-methylbenzylphosphonate
要素Parathion hydrolase
キーワードHYDROLASE / BIOSCAVENGER / ENZYME ENGINEERING / ORGANOPHOSPHATE HYDROLASE / ORGANOPHOSPHOROUS COMPOUND / PHOSPHOTRIESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aryldialkylphosphatase activity / aryldialkylphosphatase / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
ethyl-4-methylbenzylphosphonate / FORMIC ACID / Parathion hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevundimonas diminuta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Eichinger, A. / Skerra, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other governmentBundesamt fuer Ausruestung, Informationstechnik und Nutzung der Bundeswehr, E/U2AD/GD003/GF560 ドイツ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural and Functional Analysis of a Highly Active Designed Phosphotriesterase for the Detoxification of Organophosphate Nerve Agents Reveals an Unpredicted Conformation of the Active Site Loop.
著者: Job, L. / Kohler, A. / Eichinger, A. / Testanera, M. / Escher, B. / Worek, F. / Skerra, A.
履歴
登録2021年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parathion hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,64011
ポリマ－37,6841
非ポリマー95610
水4,522251
1
A: Parathion hydrolase
ヘテロ分子

A: Parathion hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,28022
ポリマ－75,3692
非ポリマー1,91120
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area23460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.298, 69.298, 186.926
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-730-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Parathion hydrolase / Phosphotriesterase / PTE


分子量: 37684.441 Da / 分子数: 1
変異: C59V, K77A, A80M, R118E, F132E, T173N, K185R, A203D, S222D, C227V, D233G, S238D, H254G, A270S, L271W, I274N, M293V, Y309W, R319S, P342S, G348T, T352E
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
遺伝子: opd / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A434, aryldialkylphosphatase

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非ポリマー , 6種, 261分子

#2: 化合物 ChemComp-5ZG / ethyl-4-methylbenzylphosphonate


分子量: 214.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15O3P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: ammonium sulfate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日 / 詳細: Si mirror
放射モノクロメーター: Si 111 double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.467→64.977 Å / Num. all: 78996 / Num. obs: 78996 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.5 % / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.201 / Rsym value: 0.196 / Net I/av σ(I): 1.8 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 1773620
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.47-1.5523.30.9640.8264395113640.2010.9850.9643.7100
1.55-1.6421.90.7591234942107320.1640.7770.7594.5100
1.64-1.7521.70.5821.2219427101160.1260.5960.5825.8100
1.75-1.8924.50.431.523202594620.0870.4390.438.3100
1.89-2.0723.40.295220424587280.0620.3020.29511.1100
2.07-2.32200.2032.815934979520.0460.2090.20313.1100
2.32-2.6822.10.1643.115586970560.0350.1680.16415.7100
2.68-3.2823.50.1363.414137960260.0280.1390.13618.5100
3.28-4.6419.70.1173.59376547510.0270.1210.11719.4100
4.64-49.00124.30.14236822428090.0290.1450.1422199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.18 Å49 Å
Translation6.18 Å49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PSC

1psc


解像度: 1.47→49.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.683 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0504 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1744 3863 4.9 %RANDOM
Rwork0.1573 ---
obs0.1581 75013 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.07 Å2 / Biso mean: 17.411 Å2 / Biso min: 8.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→49.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2556 0 52 251 2859
Biso mean--25.28 26.54 -
残基数----331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8121.6363706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5011.5735972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5135351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.43320.272147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.16815439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7631528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0570.023113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0490.02651
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.505 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 270 -
Rwork-5490 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.718 Å / Origin y: -33.493 Å / Origin z: -10.048 Å
111213212223313233
T0.0475 Å20.0058 Å2-0.0058 Å2-0.0255 Å20.0119 Å2--0.0214 Å2
L0.1178 °2-0.179 °20.0406 °2-0.3447 °2-0.1893 °2--0.3425 °2
S-0.0229 Å °-0.0309 Å °-0.0096 Å °0.014 Å °0.0584 Å °0.0252 Å °-0.0317 Å °-0.0374 Å °-0.0355 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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