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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p80 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of ClpP from Bacillus subtilis in complex with ADEP2 (compressed state) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / ClpP / Acyldepsipeptides / ADEP2 / compressed / antibiotics | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lee, B.-G. / Kim, L. / Kim, M.K. / Kwon, D.H. / Song, H.K. | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Structural insights into ClpP protease side exit pore-opening by a pH drop coupled with substrate hydrolysis. 著者: Leehyeon Kim / Byung-Gil Lee / Minki Kim / Min Kyung Kim / Do Hoon Kwon / Hyunmin Kim / Heike Brötz-Oesterhelt / Soung-Hun Roh / Hyun Kyu Song / 要旨: The ClpP serine peptidase is a tetradecameric degradation molecular machine involved in many physiological processes. It becomes a competent ATP-dependent protease when coupled with Clp-ATPases. ...The ClpP serine peptidase is a tetradecameric degradation molecular machine involved in many physiological processes. It becomes a competent ATP-dependent protease when coupled with Clp-ATPases. Small chemical compounds, acyldepsipeptides (ADEPs), are known to cause the dysregulation and activation of ClpP without ATPases and have potential as novel antibiotics. Previously, structural studies of ClpP from various species revealed its structural details, conformational changes, and activation mechanism. Although product release through side exit pores has been proposed, the detailed driving force for product release remains elusive. Herein, we report crystal structures of ClpP from Bacillus subtilis (BsClpP) in unforeseen ADEP-bound states. Cryo-electron microscopy structures of BsClpP revealed various conformational states under different pH conditions. To understand the conformational change required for product release, we investigated the relationship between substrate hydrolysis and the pH-lowering process. The production of hydrolyzed peptides from acidic and basic substrates by proteinase K and BsClpP lowered the pH values. Our data, together with those of previous findings, provide insight into the molecular mechanism of product release by the ClpP self-compartmentalizing protease. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p80.cif.gz | 227.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p80.ent.gz | 183.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p80.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p80_validation.pdf.gz | 517.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p80_full_validation.pdf.gz | 546.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p80_validation.xml.gz | 42.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p80_validation.cif.gz | 57.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p80 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22043.270 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: clpP, yvdN, BSU34540 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P80244, endopeptidase Clp #2: タンパク質・ペプチド | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6, 500 mM potassium thiocyanate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.98→50 Å / Num. obs: 26196 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 68.57 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.982→3.089 Å / Num. unique obs: 2324 / Rsym value: 0.488 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3TT6 解像度: 2.98→29.59 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.76 Å2 / Biso mean: 64.4505 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.98→29.59 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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