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万見
- PDB-7p6o: ROCK2 IN COMPLEX WITH COMPOUND 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p6o
タイトルROCK2 IN COMPLEX WITH COMPOUND 8
要素Rho-associated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / Rho-associated protein kinase 2 / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta ...positive regulation of connective tissue growth factor production / cellular response to acetylcholine / positive regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of centrosome duplication / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of cell junction assembly / regulation of nervous system process / positive regulation of protein localization to early endosome / host-mediated perturbation of viral process / cellular response to testosterone stimulus / regulation of cellular response to hypoxia / embryonic morphogenesis / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of cell motility / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of establishment of endothelial barrier / response to angiotensin / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / aortic valve morphogenesis / cortical actin cytoskeleton organization / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of bicellular tight junction assembly / tau-protein kinase activity / regulation of focal adhesion assembly / RHOB GTPase cycle / positive regulation of amyloid-beta formation / EPHA-mediated growth cone collapse / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RHOC GTPase cycle / mRNA destabilization / centrosome duplication / mitotic cytokinesis / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / epithelial to mesenchymal transition / RHOA GTPase cycle / endopeptidase activator activity / regulation of cell adhesion / Rho protein signal transduction / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of endothelial cell migration / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of angiogenesis / response to ischemia / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of circadian rhythm / small GTPase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / tau protein binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of protein phosphorylation / rhythmic process / G alpha (12/13) signalling events / actin cytoskeleton organization / protease binding / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. ...: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / MRCK kinase PH domain / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Rho-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Maillard, M.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification of a Potent, Selective, and Brain-Penetrant Rho Kinase Inhibitor and its Activity in a Mouse Model of Huntington's Disease.
著者: Ladduwahetty, T. / Lee, M.R. / Maillard, M.C. / Cachope, R. / Todd, D. / Barnes, M. / Beaumont, V. / Chauhan, A. / Gallati, C. / Haughan, A.F. / Kempf, G. / Luckhurst, C.A. / Matthews, K. / ...著者: Ladduwahetty, T. / Lee, M.R. / Maillard, M.C. / Cachope, R. / Todd, D. / Barnes, M. / Beaumont, V. / Chauhan, A. / Gallati, C. / Haughan, A.F. / Kempf, G. / Luckhurst, C.A. / Matthews, K. / McAllister, G. / Mitchell, P. / Patel, H. / Rose, M. / Saville-Stones, E. / Steinbacher, S. / Stott, A.J. / Thatcher, E. / Tierney, J. / Urbonas, L. / Munoz-Sanjuan, I. / Dominguez, C.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 2
B: Rho-associated protein kinase 2
C: Rho-associated protein kinase 2
D: Rho-associated protein kinase 2
E: Rho-associated protein kinase 2
F: Rho-associated protein kinase 2
G: Rho-associated protein kinase 2
H: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,69519
ポリマ－365,6078
非ポリマー3,08711
水1,38777
1
A: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子

H: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2896
ポリマ－91,4022
非ポリマー8874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area36000 Å2
手法PISA
2
B: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子

C: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1054
ポリマ－91,4022
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area36130 Å2
手法PISA
3
D: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子

E: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1975
ポリマ－91,4022
非ポリマー7953
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
Buried area4130 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area36400 Å2
手法PISA
4
F: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子

G: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1054
ポリマ－91,4022
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area36440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.550, 101.227, 102.483
Angle α, β, γ (deg.)83.520, 73.630, 77.830
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA25 - 4177 - 399
21SERSERBB25 - 4177 - 399
12ALAALAAA24 - 4176 - 399
22ALAALACC24 - 4176 - 399
13SERSERAA25 - 4177 - 399
23SERSERDD25 - 4177 - 399
14SERSERAA25 - 4177 - 399
24SERSEREE25 - 4177 - 399
15SERSERAA25 - 4177 - 399
25SERSERFF25 - 4177 - 399
16SERSERAA25 - 4177 - 399
26SERSERGG25 - 4177 - 399
17ALAALAAA24 - 4176 - 399
27ALAALAHH24 - 4176 - 399
18SERSERBB25 - 4177 - 399
28SERSERCC25 - 4177 - 399
19SERSERBB25 - 4177 - 399
29SERSERDD25 - 4177 - 399
110SERSERBB25 - 4177 - 399
210SERSEREE25 - 4177 - 399
111SERSERBB25 - 4177 - 399
211SERSERFF25 - 4177 - 399
112SERSERBB25 - 4177 - 399
212SERSERGG25 - 4177 - 399
113SERSERBB25 - 4177 - 399
213SERSERHH25 - 4177 - 399
114SERSERCC25 - 4177 - 399
214SERSERDD25 - 4177 - 399
115SERSERCC25 - 4177 - 399
215SERSEREE25 - 4177 - 399
116SERSERCC25 - 4177 - 399
216SERSERFF25 - 4177 - 399
117SERSERCC25 - 4177 - 399
217SERSERGG25 - 4177 - 399
118ALAALACC24 - 4176 - 399
218ALAALAHH24 - 4176 - 399
119SERSERDD25 - 4177 - 399
219SERSEREE25 - 4177 - 399
120SERSERDD25 - 4177 - 399
220SERSERFF25 - 4177 - 399
121SERSERDD25 - 4177 - 399
221SERSERGG25 - 4177 - 399
122SERSERDD25 - 4177 - 399
222SERSERHH25 - 4177 - 399
123SERSEREE25 - 4177 - 399
223SERSERFF25 - 4177 - 399
124SERSEREE25 - 4177 - 399
224SERSERGG25 - 4177 - 399
125SERSEREE25 - 4177 - 399
225SERSERHH25 - 4177 - 399
126SERSERFF25 - 4177 - 399
226SERSERGG25 - 4177 - 399
127SERSERFF25 - 4177 - 399
227SERSERHH25 - 4177 - 399
128SERSERGG25 - 4177 - 399
228SERSERHH25 - 4177 - 399

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
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26
27
28

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要素

#1: タンパク質
Rho-associated protein kinase 2 / Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing ...Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / coiled-coil-containing protein kinase II / ROCK-II / p164 ROCK-2


分子量: 45700.914 Da / 分子数: 8 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK2, KIAA0619
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75116, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-5YK / 6-(2-fluoranylpyridin-4-yl)-~{N}-[(1~{R})-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]pyridine-3-carboxamide


分子量: 351.374 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18FN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 / 詳細: PEG6000, LiCl, MES/NaOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→98.79 Å / Num. obs: 88409 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 64.445 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 12.24
反射 シェル解像度: 2.75→3 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 302 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.018 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.75→98.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 22.664 / SU ML: 0.415 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.421 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2865 700 0.8 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.2413 87709 95.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 184.12 Å2 / Biso mean: 66.701 Å2 / Biso min: 7.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å2-0.47 Å21.67 Å2
2--0.19 Å2-3.78 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→98.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24806 0 226 78 25110
Biso mean--53.87 43.45 -
残基数----3046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01924709
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0222724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4151.95733527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.177351923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05353024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52923.9511154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.339153857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.28815133
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.23597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02128205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025916
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A225960.06
12B225960.06
21A228200.05
22C228200.05
31A234640.06
32D234640.06
41A229760.06
42E229760.06
51A230560.07
52F230560.07
61A231120.06
62G231120.06
71A220960.06
72H220960.06
81B221240.06
82C221240.06
91B225820.06
92D225820.06
101B222340.06
102E222340.06
111B224080.06
112F224080.06
121B224220.06
122G224220.06
131B215880.06
132H215880.06
141C228900.06
142D228900.06
151C222580.05
152E222580.05
161C224360.06
162F224360.06
171C224980.05
172G224980.05
181C217220.05
182H217220.05
191D228340.06
192E228340.06
201D233000.06
202F233000.06
211D231660.06
212G231660.06
221D221420.06
222H221420.06
231E224460.06
232F224460.06
241E225280.05
242G225280.05
251E216160.05
252H216160.05
261F226140.07
262G226140.07
271F216180.06
272H216180.06
281G217980.05
282H217980.05
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 50 -
Rwork0.371 6491 -
all-6541 -
obs--94.65 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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