PDB-7p6f: 1.93 A resolution X-ray crystal structure of the transcriptional ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p6f

タイトル

1.93 A resolution X-ray crystal structure of the transcriptional regulator SrnR from Streptomyces griseus

要素

Transcriptional regulator SrnR

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / SrnR / Streptomyces griseus / nickel / transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Mazzei, L. / Ciurli, S.

引用

ジャーナル: Metallomics / 年: 2021
タイトル: Structure, dynamics, and function of SrnR, a transcription factor for nickel-dependent gene expression.
著者: Mazzei, L. / Musiani, F. / Zerko, S. / Kozminski, W. / Cianci, M. / Beniamino, Y. / Ciurli, S. / Zambelli, B.

履歴

登録	2021年7月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p6f.cif.gz	167.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p6f.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f6vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Transcriptional regulator SrnR

BBB: Transcriptional regulator SrnR

CCC: Transcriptional regulator SrnR

DDD: Transcriptional regulator SrnR

ヘテロ分子

50.8 kDa, 4 ポリマー
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1

AAA: Transcriptional regulator SrnR

BBB: Transcriptional regulator SrnR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, NMR relaxation study
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Transcriptional regulator SrnR

ヘテロ分子

CCC: Transcriptional regulator SrnR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

DDD: Transcriptional regulator SrnR

ヘテロ分子

DDD: Transcriptional regulator SrnR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.358, 113.358, 124.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	CCC-347- HOH
2	1	DDD-320- HOH

#1: タンパク質	Transcriptional regulator SrnR 分子量: 12629.319 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 遺伝子: srnR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8L1Y3
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 詳細: 1 uL of SrnR 12.5 mg mL-1 (in 20 mM TrisHCl PH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP) were added to 20 uL of volatile oil, immediately followed by 1 uL of precipitant containing 0.2 M calcium acetate ...詳細: 1 uL of SrnR 12.5 mg mL-1 (in 20 mM TrisHCl PH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP) were added to 20 uL of volatile oil, immediately followed by 1 uL of precipitant containing 0.2 M calcium acetate hydrate, 0.1 M TrisHCl 8.5, 15 % w/v PEG 4000 (G6 condition of CSSII screening by Molecular Dimensions). PH範囲: 7.5-8.5

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.82 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5
詳細: 1 uL of SrnR 12.5 mg mL-1 (in 20 mM TrisHCl PH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP) were added to 20 uL of volatile oil, immediately followed by 1 uL of precipitant containing 0.2 M calcium acetate ...
PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97622 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射	モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→124.94 Å / Num. obs: 36223 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 1.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2377 / CC_1/2: 0.633 / R_pim(I) all: 0.541 / R_rim(I) all: 1.827 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F6V

3f6v

解像度: 1.93→51.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 7.335 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2167	1789	4.945 %
R_work	0.178	34392	-
all	0.18	-	-
obs	-	36181	99.975 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.454 Å²	0.227 Å²	0 Å²
2-	-	0.454 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.471 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→51.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3075	0	19	347	3441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.756	1.649	4409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.45	1.577	7376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.172	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.194	17.685	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.555	15	563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.272	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	704
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.014	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.257	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.145	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.489	2.758	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.488	2.757	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.937	4.086	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.936	4.087	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.834	3.182	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.833	3.183	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.527	4.645	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.526	4.646	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.495	33.855	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.461	33.113	3692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.98	0.276	121	0.271	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.034	0.264	123	0.258	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.034-2.093	0.261	128	0.239	2356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.093-2.158	0.269	132	0.223	2306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.158-2.228	0.281	102	0.201	2241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.228-2.307	0.207	119	0.177	2168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.307-2.394	0.241	110	0.169	2067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.394-2.491	0.235	94	0.172	2029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.491-2.602	0.229	115	0.171	1933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.602-2.729	0.221	94	0.167	1866	X-RAY DIFFRACTION	99.949
2.729-2.876	0.246	77	0.177	1777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.876-3.051	0.244	91	0.179	1694	X-RAY DIFFRACTION	99.944
3.051-3.261	0.25	79	0.183	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.261-3.522	0.225	86	0.173	1490	X-RAY DIFFRACTION	100
3.522-3.858	0.177	76	0.166	1355	X-RAY DIFFRACTION	99.8604
3.858-4.312	0.185	51	0.141	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
4.312-4.978	0.143	66	0.138	1113	X-RAY DIFFRACTION	100
4.978-6.093	0.214	57	0.17	952	X-RAY DIFFRACTION	100
6.093-8.6	0.2	49	0.169	769	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6-51.66	0.208	19	0.211	480	X-RAY DIFFRACTION	99.0079

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4917	-0.3484	0.0232	0.1498	0.0226	0.1362	0.0208	0.024	0.2016	0.016	-0.0785	-0.0212	-0.0034	0.0432	0.0577	0.0443	-0.0057	0.0001	0.1368	0.0126	0.1594	21.9288	29.9363	68.812
2	1.2847	-0.2074	0.2613	0.1866	-0.152	0.4887	0.0677	0.0507	-0.084	-0.0206	-0.0693	-0.0425	0.0526	0.0007	0.0016	0.0458	0.0008	0.0019	0.1493	0.0082	0.1383	34.7359	12.3229	69.3792
3	0.6206	-0.2514	-0.5683	0.1494	0.1459	0.7812	0.0143	-0.0404	0.0411	-0.0152	0.0395	0.0141	0.0814	0.0478	-0.0539	0.0776	0.0097	-0.0024	0.1377	-0.0085	0.1121	6.3272	15.4277	53.7662
4	1.7614	-0.296	-0.1328	0.3548	-0.1349	0.4418	0.0861	0.2487	0.2324	-0.0201	0.0448	-0.0742	0.0077	-0.0558	-0.1308	0.0236	0.008	0.0447	0.2021	0.0666	0.1748	49.6143	28.3242	54.0478

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	5 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	4 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	5 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	7 - 103

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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