+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p5g | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR structure of a peptide deriving from SARS-CoV-2 S RBD 482-506 fragment in HFIP/H2O | |||||||||
要素 | Spike glycoprotein | |||||||||
キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / mimicking peptides / Spike / Receptor Binding Domain / Covid-19 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | |||||||||
データ登録者 | Santoro, A. / Buonocore, M. / Grimaldi, M. / D'Ursi, A.M. | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Heliyon / 年: 2022 タイトル: Structural analysis of a simplified model reproducing SARS-CoV-2 S RBD/ACE2 binding site. 著者: Buonocore, M. / Santoro, A. / Grimaldi, M. / Covelli, V. / Firoznezhad, M. / Rodriquez, M. / Santin, M. / D'Ursi, A.M. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p5g.cif.gz | 241.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7p5g.ent.gz | 171.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p5g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p5g_validation.pdf.gz | 437.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7p5g_full_validation.pdf.gz | 604.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p5g_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p5g_validation.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7p55C 7p5qC 7p5sC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2772.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: UniProt: P0DTC2 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 2.5 mM SMIMIC-OR, 50 % v/v Hexafluoroisopropanol, 40 % v/v H2O, 10 % v/v [U-100% 2H] D2O, 50% hexafluoroisopropanol/40% H2O/10% D2O Label: SMIMIC / 溶媒系: 50% hexafluoroisopropanol/40% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 2.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 500 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 38 |