PDB-7p4x: SOLUTION NMR STRUCTURE OF PALUSTRIN-CA IN 50% TRIFLUOROETHANOL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p4x

タイトル

SOLUTION NMR STRUCTURE OF PALUSTRIN-CA IN 50% TRIFLUOROETHANOL

要素

Palustrin-Ca antimicrobial peptide

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Palustrin-Ca / antimicrobial peptide / anticancer peptide / alpha helix

機能・相同性

機能・相同性情報

other organism cell membrane / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lithobates catesbeianus (カエル)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Timmons, P.B. / Hewage, C.M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Conformation and membrane interaction studies of the potent antimicrobial and anticancer peptide palustrin-Ca.
著者: Timmons, P.B. / Hewage, C.M.

履歴

登録	2021年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p4x.cif.gz	190.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p4x.ent.gz	157.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p4x_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p4x_full_validation.pdf.gz	698.7 KB	表示
XML形式データ	7p4x_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	7p4x_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3v86-d 2mg1-d 2m8o-d 2k59-d 2ovc-d 2kbv-d 7ck5-d 2mc7-d 4p6k-d 2g9l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34649SOLUTION NMR STRUCTURE OF PALUSTRIN-CA IN 50% TRIFLUOROETHANOL

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Palustrin-Ca antimicrobial peptide

3.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NA

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	medoid

#1: タンパク質・ペプチド	Palustrin-Ca antimicrobial peptide 分子量: 3308.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lithobates catesbeianus (カエル) / 参照: UniProt: C5IB04
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	anisotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	anisotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	anisotropic	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 2.27 mM NA- Palustrin-Ca, trifluoroethanol/water / Label: sample / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 2.27 mM / 構成要素: Palustrin-Ca / Isotopic labeling: NA-
試料状態	イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions / pH: 7.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	解析
NMRFAM-SPARKY	National Magnetic Resonance Facility at Madison	peak picking
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
NAMD	NIH CENTER FOR MACROMOLECULAR MODELING & BIOINFORMATICS UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA-CHAMPAIGN	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: medoid

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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