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万見
- PDB-7p4d: Crystal Structure of Agd31B, alpha-transglucosylase in Glycoside ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p4d
タイトルCrystal Structure of Agd31B, alpha-transglucosylase in Glycoside Hydrolase Family 31, in complex with covalent Cyclophellitol Sulfamidate probe KK130
要素Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / GH31 / inhibitor / carbohydrate
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-56I / OXALATE ION / Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wu, L. / Davies, G.J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)AdG-322942European Union
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: 1,6- epi-Cyclophellitol Cyclosulfamidate Is a Bona Fide Lysosomal alpha-Glucosidase Stabilizer for the Treatment of Pompe Disease.
著者: Kok, K. / Kuo, C.L. / Katzy, R.E. / Lelieveld, L.T. / Wu, L. / Roig-Zamboni, V. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Sulzenbacher, G. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S. / Aerts, J.M.F.G. / Artola, M.
履歴
登録2021年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年7月31日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity_src_gen / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,02514
ポリマ－94,5931
非ポリマー1,43213
水8,737485
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, protein monomer elutes as a single peak from SEC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.076, 197.076, 102.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-1483-

HOH

21AAA-1484-

HOH

31AAA-1485-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / Alpha-glucosidase 31B / CJAgd31B


分子量: 94592.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)
株: Ueda107 / 遺伝子: agd31B, CJA_3248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B3PEE6, oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase

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非ポリマー , 6種, 498分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#5: 化合物 ChemComp-56I / [(1R,2R,3R,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexyl]sulfamic acid


分子量: 257.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES (PH 7.0), 2% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→98.54 Å / Num. obs: 99190 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 2.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4849 / CC1/2: 0.696 / Rpim(I) all: 0.545 / Rrim(I) all: 2.741

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4b9y

4b9y


解像度: 1.85→98.538 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 4583 4.621 %
Rwork0.1884 94592 -
all0.19 --
obs-99175 99.947 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 39.213 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.224 Å2-0.612 Å2-0 Å2
2---1.224 Å20 Å2
3---3.972 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→98.538 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6237 0 83 485 6805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0175987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.6468842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3261.57913795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6875788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.5122.173359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.676151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1691542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.9630.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.021572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2170.25547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.23037
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.22928
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0320.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1460.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1950.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4383.8743143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4373.8743142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5445.7923934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5445.7933935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2444.3053375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1584.2693344
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3776.284908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2636.2254861
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.94243.9397243
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.91443.6857145
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.85-1.8980.354250.34971790.34972420.5310.45999.47530.349
1.898-1.950.2953270.30867080.30770350.7520.7481000.304
1.95-2.0060.2953700.28464960.28568670.7970.80699.98540.275
2.006-2.0680.283500.25463190.25566700.8380.85999.9850.241
2.068-2.1360.2783380.24561540.24764930.8680.87899.98460.229
2.136-2.2110.2832900.23959500.24162410.8610.88899.9840.222
2.211-2.2940.2672910.22257780.22460700.8810.90699.98350.204
2.294-2.3880.2853080.21755450.22158540.8870.91199.98290.199
2.388-2.4940.2582610.21153680.21356320.9130.9299.94670.192
2.494-2.6160.2492520.20450920.20753450.910.92699.98130.186
2.616-2.7570.2462610.20748560.20951190.9240.92999.96090.191
2.757-2.9240.2632340.20546400.20748740.9080.9311000.192
2.924-3.1260.252330.20743370.2145700.9210.9351000.195
3.126-3.3760.2072080.18640540.18742620.9540.9521000.177
3.376-3.6980.192090.16737450.16839540.9560.9631000.161
3.698-4.1330.1781890.14433990.14635880.9620.971000.14
4.133-4.7710.1551440.13230470.13331910.9730.9761000.128
4.771-5.840.1831300.13526190.13827490.9630.9731000.132
5.84-8.2450.223930.16120720.16421650.950.9631000.157
8.245-98.5380.175700.15812330.15913040.9780.97299.92330.168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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