PDB-7p3u: Chitin-active fungal AA11 LPMO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p3u

タイトル

Chitin-active fungal AA11 LPMO

要素

Endoglucanase, putative

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LPMO / AA11 / AfAA11A / Chitin

機能・相同性

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / metal ion binding / AA11 family lytic polysaccharide monooxygenase A

機能・相同性情報

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Rohr, A.K. / Stoepamo, F.G. / Eijsink, V.G.H.

資金援助

ノルウェー, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Characterization of a lytic polysaccharide monooxygenase from Aspergillus fumigatus shows functional variation among family AA11 fungal LPMOs.
著者: Stopamo, F.G. / Rohr, A.K. / Mekasha, S. / Petrovic, D.M. / Varnai, A. / Eijsink, V.G.H.

履歴

登録	2021年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p3u.cif.gz	96 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p3u.ent.gz	68.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p3u_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p3u_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	7p3u_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	7p3u_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mahS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase, putative

ヘテロ分子

22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.986, 47.283, 115.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Endoglucanase, putative

分子量: 21763.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Neosartorya fumigata (strain CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163) (カビ)
株: CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163 / 遺伝子: AFUB_044010 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: B0XZD3

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M bicine (pH 9.0) and 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.946444 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.946444 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.28 Å / Num. obs: 36807 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.361 / Num. unique obs: 1849 / CC_1/2: 0.986

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MAH

4mah

解像度: 1.5→29.886 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 3.661 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1974	1959	5.332 %
R_work	0.1464	34779	-
all	0.149	-	-
obs	-	36738	99.677 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.943 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.348 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.644 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.703 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.886 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1527	0	14	182	1723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.664	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.489	1.583	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.248	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.373	23.816	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.359	15	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.047	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.23	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	781
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.117	0.2	709
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.083	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.4	2.766	805
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.22	2.76	804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.516	4.167	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.577	4.173	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.1	3.187	791
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.097	3.188	792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.6	4.627	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.597	4.627	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.124	34.078	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.989	33.64	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.277	3	2977

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.311	166	0.272	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.8144
1.539-1.581	0.267	138	0.232	2482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.226	133	0.173	2400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.627-1.677	0.207	143	0.16	2315	X-RAY DIFFRACTION	99.9593
1.677-1.732	0.238	121	0.142	2289	X-RAY DIFFRACTION	99.9585
1.732-1.793	0.211	113	0.134	2222	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.86	0.206	114	0.127	2133	X-RAY DIFFRACTION	99.9555
1.86-1.936	0.228	115	0.131	2049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.936-2.022	0.194	113	0.127	1962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.022-2.121	0.189	118	0.129	1863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.121-2.236	0.202	91	0.132	1826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.371	0.198	95	0.123	1702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.371-2.535	0.204	93	0.131	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.535-2.738	0.192	81	0.132	1515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.738-2.999	0.183	75	0.149	1389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.999-3.353	0.195	64	0.16	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-3.871	0.197	64	0.154	1148	X-RAY DIFFRACTION	99.7531
3.871-4.74	0.142	53	0.122	956	X-RAY DIFFRACTION	99.0186
4.74-6.698	0.199	45	0.153	755	X-RAY DIFFRACTION	98.6436

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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