PDB-7p35: Structure of the SARS-CoV-2 3CL protease in complex with rupintrivir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p35

タイトル

Structure of the SARS-CoV-2 3CL protease in complex with rupintrivir

要素

3C-like proteinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Protease / Inhibitor / SARS-CoV-2

機能・相同性

機能・相同性情報

SARS coronavirus main proteinase / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 分子機能

Viral (Superfamily 1) RNA helicase / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation ...Viral (Superfamily 1) RNA helicase / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.256 Å

データ登録者

Fabrega-Ferrer, M. / Perez-Saavedra, J. / Herrera-Morande, A. / Coll, M.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2022
タイトル: Structure and inhibition of SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 main proteases by oral antiviral compound AG7404.
著者: Fabrega-Ferrer, M. / Herrera-Morande, A. / Muriel-Goni, S. / Perez-Saavedra, J. / Bueno, P. / Castro, V. / Garaigorta, U. / Gastaminza, P. / Coll, M.

履歴

登録	2021年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_related Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p35.cif.gz	135.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p35.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7p35_validation.pdf.gz	924.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p35_full_validation.pdf.gz	930.2 KB	表示
XML形式データ	7p35_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	7p35_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p35	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7zqvC 7zqwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7mhn-1 7k40-1 5r80-1 6zrt-1 7m8p-d 6xqu-1 7nbs-1 7cb7-d 5rfw-1 7d1o-1 3tns-1 5reo-1 7arf-1 7ay7-1 7k6e-1 5rfd-1 4zuh-d 5ree-1 7mgs-1 2q6g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: 3C-like proteinase

BBB: 3C-like proteinase

ヘテロ分子

68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.023, 54.024, 114.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.774, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3C-like proteinase / Growth factor-like peptide / Guanine-N7 methyltransferase / Helicase / Host translation inhibitor ...Growth factor-like peptide / Guanine-N7 methyltransferase / Helicase / Host translation inhibitor nsp1 / Leader protein / NendoU / Non-structural protein 10 / Non-structural protein 2 / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4 / Non-structural protein 6 / Non-structural protein 7 / Non-structural protein 8 / Non-structural protein 9 / ORF1ab polyprotein / Papain-like proteinase / RNA-directed RNA polymerase / Replicase polyprotein 1ab / Uridylate-specific endoribonuclease / p65 homolog 分子量: 33825.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: ORF1ab / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A7L9RWV7, RNA-directed RNA polymerase, ubiquitinyl hydrolase 1, SARS coronavirus main proteinase, DNA helicase, RNA helicase
#2: 化合物	ChemComp-AG7 / 4-{2-(4-FLUORO-BENZYL)-6-METHYL-5-[(5-METHYL-ISOXAZOLE-3-CARBONYL)-AMINO]-4-OXO-HEPTANOYLAMINO}-5-(2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL)-PENTANOIC ACID ETHYL ESTER / RUPINTRIVIR, bound form 分子量: 600.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₁H₄₁FN₄O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Triammonium citrate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.256→56.091 Å / Num. obs: 21599 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 2.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.256→2.295 Å / Num. unique obs: 1085 / CC_1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SARS-CoV-2 3CL protease

解像度: 2.256→56.091 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 10.11 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.963 / ESU R Free: 0.304 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2581	1115	5.162 %
R_work	0.2	20484	-
all	0.203	-	-
obs	-	21599	84.388 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.928 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.047 Å²	-0 Å²	0.022 Å²
2-	-	-0.034 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.256→56.091 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4694	0	86	34	4814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4890
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.64	6644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.222	1.575	10424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.117	5	606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.343	22.869	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.103	15	770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	17.903	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.495	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	908
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.643	5.2	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.638	5.198	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.511	7.794	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.511	7.795	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.06	5.656	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.059	5.658	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.215	8.327	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.214	8.33	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.868	61.766	5172
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.867	61.778	5173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.256-2.315	0.352	83	0.316	1527	X-RAY DIFFRACTION	87.8342
2.315-2.378	0.353	79	0.3	1534	X-RAY DIFFRACTION	87.048
2.378-2.447	0.262	68	0.271	1478	X-RAY DIFFRACTION	87.4929
2.447-2.523	0.302	63	0.269	1414	X-RAY DIFFRACTION	85.2771
2.523-2.605	0.36	74	0.261	1381	X-RAY DIFFRACTION	86.0438
2.605-2.697	0.332	94	0.252	1286	X-RAY DIFFRACTION	84.8708
2.697-2.798	0.346	75	0.232	1254	X-RAY DIFFRACTION	84.4882
2.798-2.912	0.373	68	0.214	1223	X-RAY DIFFRACTION	86.4702
2.912-3.042	0.24	56	0.187	1180	X-RAY DIFFRACTION	85.1826
3.042-3.19	0.276	72	0.188	1137	X-RAY DIFFRACTION	85.3814
3.19-3.363	0.223	65	0.175	1042	X-RAY DIFFRACTION	84.5684
3.363-3.566	0.195	51	0.169	984	X-RAY DIFFRACTION	83.1994
3.566-3.812	0.253	48	0.183	934	X-RAY DIFFRACTION	82.7993
3.812-4.117	0.23	33	0.201	863	X-RAY DIFFRACTION	80.7935
4.117-4.51	0.201	38	0.162	798	X-RAY DIFFRACTION	81.9608
4.51-5.041	0.24	38	0.172	708	X-RAY DIFFRACTION	80.9989
5.041-5.819	0.331	30	0.217	627	X-RAY DIFFRACTION	80.8118
5.819-7.122	0.172	28	0.187	519	X-RAY DIFFRACTION	79.6215
7.122-10.052	0.23	30	0.148	385	X-RAY DIFFRACTION	75.4545
10.052-56.091	0.221	22	0.188	210	X-RAY DIFFRACTION	72.5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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