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- PDB-7p33: Epstein-Barr virus encoded Bcl-2 homolog BHRF-1 in complex with B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p33
タイトルEpstein-Barr virus encoded Bcl-2 homolog BHRF-1 in complex with Bid BH3 peptide
要素
  • Apoptosis regulator BHRF1
  • BH3-interacting domain death agonist p15
キーワードAPOPTOSIS / Gamma herpes virus / Epstein-Barr virus / BHRF-1 / Bcl-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of fibroblast apoptotic process / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / suppression by virus of host autophagy / regulation of epithelial cell proliferation ...Activation and oligomerization of BAK protein / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of fibroblast apoptotic process / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / suppression by virus of host autophagy / regulation of epithelial cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein targeting to mitochondrion / establishment of protein localization to membrane / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of T cell proliferation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / hepatocyte apoptotic process / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / host cell membrane / Activation of BAD and translocation to mitochondria / host cell mitochondrion / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein-containing complex assembly / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Apoptosis regulator BHRF1 / BH3-interacting domain death agonist
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78542723478 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of Epstein-Barr Virus Bcl-2 Homolog BHRF1 Bound to Bid and Puma BH3 Motif Peptides.
著者: Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator BHRF1
B: Apoptosis regulator BHRF1
C: Apoptosis regulator BHRF1
D: Apoptosis regulator BHRF1
E: Apoptosis regulator BHRF1
G: BH3-interacting domain death agonist p15
H: BH3-interacting domain death agonist p15
F: BH3-interacting domain death agonist p15
I: BH3-interacting domain death agonist p15
J: BH3-interacting domain death agonist p15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,86412
ポリマ－117,70710
非ポリマー1572
水1,11762
1
A: Apoptosis regulator BHRF1
G: BH3-interacting domain death agonist p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5412
ポリマ－23,5412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
2
B: Apoptosis regulator BHRF1
F: BH3-interacting domain death agonist p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5412
ポリマ－23,5412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
3
C: Apoptosis regulator BHRF1
H: BH3-interacting domain death agonist p15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6043
ポリマ－23,5412
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
4
D: Apoptosis regulator BHRF1
I: BH3-interacting domain death agonist p15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6363
ポリマ－23,5412
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
5
E: Apoptosis regulator BHRF1
J: BH3-interacting domain death agonist p15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5412
ポリマ－23,5412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.208, 94.208, 455.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

-
要素

#1: タンパク質
Apoptosis regulator BHRF1 / Early antigen protein R / EA-R / Nuclear antigen


分子量: 19848.367 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: BHRF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03182
#2: タンパク質・ペプチド
BH3-interacting domain death agonist p15 / p15 BID


分子量: 3693.111 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55957
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 % / 解説: thick hexagonal prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4M Ammonium phosphate mono basic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.785→46.8542271629 Å / Num. obs: 28893 / % possible obs: 92.17 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 59.5883072532 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.785→2.94 Å / Rmerge(I) obs: 1.207 / Num. unique obs: 4267 / CC1/2: 0.586

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimless7.1.007データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XPX

2xpx


解像度: 2.78542723478→46.8542271629 Å / SU ML: 0.437300470854 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3497953026 / 位相誤差: 28.0524443425
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274075422541 1396 4.83563684229 %
Rwork0.22970835287 27473 -
obs0.231906605748 28869 92.1978794073 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.4775184542 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78542723478→46.8542271629 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7192 0 9 62 7263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002014675076697353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3966130372769978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03181316873081123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002118132500411277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.35679578434339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78542723478-2.8850.3795809090031410.3105538823822731X-RAY DIFFRACTION94.8794185662
2.885-3.00050.3302331044051430.2947792526842854X-RAY DIFFRACTION98.1335952849
3.0005-3.1370.3723836307291520.2666284189862851X-RAY DIFFRACTION98.0091383812
3.137-3.30230.3092669774251240.2470719983442841X-RAY DIFFRACTION97.8225008248
3.3023-3.50920.2716833110111110.2531873211692292X-RAY DIFFRACTION77.5161290323
3.5092-3.780.2766520255151120.2355467408452443X-RAY DIFFRACTION82.4725629438
3.78-4.16020.2806255163871320.2022041435272510X-RAY DIFFRACTION85.2533075186
4.1602-4.76170.2119344768981710.1791278731842886X-RAY DIFFRACTION96.8324358568
4.7617-5.99720.2440642991791560.2116721792162937X-RAY DIFFRACTION96.2651727358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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