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万見
- PDB-7p2k: Solution NMR Structure of Arginine to Cysteine mutant of Arkadia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p2k
タイトルSolution NMR Structure of Arginine to Cysteine mutant of Arkadia RING domain.
要素E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia
キーワードLIGASE / Arkadia / Rnf111 / E3 Ubiquitin ligase / RING domain / Arginine / TGF-b / UbcH5b
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO polymer binding / global genome nucleotide-excision repair / pattern specification process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of protein ubiquitination / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body ...SUMO polymer binding / global genome nucleotide-excision repair / pattern specification process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of protein ubiquitination / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body / Formation of Incision Complex in GG-NER / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia, N-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia N-terminus / Ring finger domain / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Raptis, V. / Marousis, K.D. / Birkou, M. / Bentrop, D. / Episkopou, V. / Spyroulias, G.A.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
General Secretariat for Research and Technology (GSRT)5002550European Union
European Regional Development Fund285950European Union
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Impact of a Single Nucleotide Polymorphism on the 3D Protein Structure and Ubiquitination Activity of E3 Ubiquitin Ligase Arkadia.
著者: Birkou, M. / Raptis, V. / Marousis, K.D. / Tsevis, A. / Bourikas, K. / Bentrop, D. / Episkopou, V. / Spyroulias, G.A.
履歴
登録2021年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0373
ポリマ－7,9061
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, NMR relaxation data suggest that the protein is a monomer, under the present experimental conditions
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6010 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 400target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia / RING finger protein 111 / hRNF111 / RING-type E3 ubiquitin transferase Arkadia


分子量: 7905.983 Da / 分子数: 1 / 変異: R957C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF111 / プラスミド: pGex-47-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZNA4, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D 1H-15N NOESY
132isotropic23D HNHA
142isotropic23D HN(CA)CB
152isotropic23D CBCA(CO)NH
162isotropic23D HNCA
172isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
182isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
192isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1102isotropic22D 1H-13C HSQC
1112isotropic23D HBHA(CO)NH
1162isotropic23D HN(CO)CA
1152isotropic23D HNCO
1142isotropic23D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID詳細Label溶媒系
solution1recombinant protein expressed in E.coli15N-Sample90% H2O/10% D2O
solution2recombinant protein expressed in E.coli13C/15N-Sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMARKADIA RING R957C[U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.25 mMDSSnatural abundance1
0.5 mMARKADIA RING R957C[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
0.25 mMDSSnatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.5.5Rochus Kellerchemical shift assignment
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
Amber5Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CARA1.5.5Rochus Kellerpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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