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万見
- PDB-7p2g: Identification of low micromolar SARS-CoV-2 Mpro inhibitors from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p2g
タイトルIdentification of low micromolar SARS-CoV-2 Mpro inhibitors from hits identified by in silico screens
要素3C-like proteinase
キーワードHYDROLASE / SARS-CoV-2 / Mpro / inhibitor / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS coronavirus main proteinase / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 分子機能
Viral (Superfamily 1) RNA helicase / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation ...Viral (Superfamily 1) RNA helicase / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4N0 / 3C-like proteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rempel, S. / Halazonetis, T.D.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Non-covalent SARS-CoV-2 M pro inhibitors developed from in silico screen hits.
著者: Rossetti, G.G. / Ossorio, M.A. / Rempel, S. / Kratzel, A. / Dionellis, V.S. / Barriot, S. / Tropia, L. / Gorgulla, C. / Arthanari, H. / Thiel, V. / Mohr, P. / Gamboni, R. / Halazonetis, T.D.
履歴
登録2021年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2182
ポリマ－33,8261
非ポリマー3921
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.610, 53.790, 45.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.976, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / Growth factor-like peptide / Guanine-N7 methyltransferase / Helicase / Host translation inhibitor ...Growth factor-like peptide / Guanine-N7 methyltransferase / Helicase / Host translation inhibitor nsp1 / Leader protein / NendoU / Non-structural protein 10 / Non-structural protein 2 / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4 / Non-structural protein 6 / Non-structural protein 7 / Non-structural protein 8 / Non-structural protein 9 / ORF1ab polyprotein / Papain-like proteinase / RNA-directed RNA polymerase / Replicase polyprotein 1ab / Uridylate-specific endoribonuclease / p65 homolog


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: ORF1ab / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: A0A7L9RWV7, RNA-directed RNA polymerase, ubiquitinyl hydrolase 1, SARS coronavirus main proteinase, DNA helicase, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-4N0 / (4~{R})-~{N}-(4-iodophenyl)-2-oxidanylidene-3,4-dihydro-1~{H}-quinoline-4-carboxamide


分子量: 392.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13IN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, 25% (v/v) PEG 3350, 0.2 M lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.53 Å / Num. obs: 31270 / % possible obs: 98.65 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 74.18 Å2 / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Net I/σ(I): 8.38
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 912 / CC1/2: 0.208 / CC star: 0.587 / % possible all: 97.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WQF

6wqf


解像度: 2.5→48.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 44.4908
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 911 5.05 %
Rwork0.2244 17122 -
obs0.2271 18033 97.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2354 0 21 8 2383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00182430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42393304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1789862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.630.45241260.43152367X-RAY DIFFRACTION94.4
2.63-2.80.43391280.40782447X-RAY DIFFRACTION98.62
2.8-3.010.41141310.37642522X-RAY DIFFRACTION99.4
3.01-3.320.40271340.31352465X-RAY DIFFRACTION99.5
3.32-3.790.33541310.24622478X-RAY DIFFRACTION98.79
3.8-4.780.19981280.17612419X-RAY DIFFRACTION97.03
4.78-48.530.22261330.1562424X-RAY DIFFRACTION96.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.01858667074-0.856898357193.768492872953.45766554679-1.568929800074.633759910930.498360279929-0.666713241929-0.6247862927080.4251389475540.0566269697132-0.07047755318850.535716700074-0.569413373929-0.4684924649040.72756712923-0.133712549919-0.02752162422450.5656629111490.1394327237680.57809821939911.6786230629-14.782043705516.1568251217
23.0100853991-0.5306813152791.445575125424.92923350267-2.769263114096.17854817074-0.2125359469390.1494797353750.2081922252590.199089444551-0.178879715935-0.301994406915-0.02245531689940.2766309075570.3796694939820.569101247851-0.03733932721760.03200577358140.4707869678910.003486069229540.53200813833312.2473999636-0.07229534411736.58351430333
35.90829835607-0.9841773443630.7026615232633.922408739593.173280345468.43478402187-0.1538519845070.4140212336990.584368145689-0.2467841058760.0833119544127-0.413375320919-0.7805109342640.5651354632710.06331160383550.672102071851-0.07463644715480.1037577006240.6138463709750.1554587806040.68746128197712.486675326614.6085580528-8.94273309646
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 100 )A1 - 1001 - 100
22chain 'A' and (resid 101 through 214 )A101 - 214101 - 214
33chain 'A' and (resid 215 through 401 )A - B215 - 401215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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